Те из инков, что пережили эти события и эпидемии, лишились большей части своего имущества, которое перешло в руки конкистадоров. В одном из писем королю Карлу V, датированном 1539 годом, епископ Куско сетовал на материальные нужды детей и внуков Уайна Капака: «Ваше величество должны распорядиться, чтобы им назначили пенсию, так как они выглядят такими потерянными, что на них больно смотреть». В последующие годы король пожаловал потомкам инкских правителей дворянский статус, что освободило их от уплат податей, тяжким бременем легших на плечи простых инков. Так инкам удавалось еще почти триста лет существовать в качестве особой этнической и социальной группы. Именно из их рядов выходили касики, под властью которых на протяжении всей колониальной эпохи живут сообщества региона Куско. Другие представители этой местной знати проживали в городе, где занимались различными ремеслами. Завоевание Америки европейцами повлекло за собой беспрецедентную демографическую катастрофу в истории человечества. Подсчитано, что в 1520 году численность инкского населения составляла от 12 до 15 миллионов человек. Веком позже инков было уже не более 600 000. Местное население, изолированное на протяжении ста пятидесяти с лишним столетий от внешнего мира, оказалось бессильно против таких высокозаразных болезней, как корь, оспа, грипп, тиф, чума и холера, и эта иммунологическая уязвимость сопровождалась огромной экономической эксплуатацией, которой колониальная власть подвергала тех, кого называла «индейцами». Это демографическое падение продолжалось до начала XVIII века, когда началось медленное восстановление.
Основная хронология
До инков
8000—3000 гг. до н.э.: окультуривание растений и приручение диких животных.
4000—1800 гг. до н.э.: докерамическая эпоха (создание первых церемониальных центров на центральном побережье).
Ок. 1800 г. до н.э.: сельское хозяйство становится главным экономическим ресурсом в центре Перу.
1800—500 гг. до н.э.: период становления (развитие ирригационного сельского хозяйства и увеличение числа монументальных церемониальных центров).
500—200 гг. до н.э.: ранний горизонт (рост межрегиональных товарообменов и культурный подъем поселения Чавин).
200 г. до н.э. — 500 г.: ранний промежуточный период (развитие региональных культур Мочика, Рекуай, Лима, Наска, Уарпа, Пукара, Чирипа и т.д.).
500—1000 гг.: средний горизонт (горные империи Уари и Тиауанако).
1000—1400 гг.: поздний промежуточный период (возрождение некоторых региональных государств, особенно на побережье).
Инкская империя (поздний горизонт: приблизительно 1400—1532 гг.).
Приблизительно первая половина XV в.: правление Виракочи.
Приблизительно середина и третья четверть XV в.: правление Пачакути.
Приблизительно последняя четверть XV в.: правление Тупака Инки.
Приблизительно первая четверть XVI в.: правление Уайна Капака.
Испанское завоевание
Январь 1532 г.: испанцы сходят на берег в Тумбесе.
16 ноября 1532 г.: испанцы захватывают в плен Атауалъпу в Кахамарке.
26 июля 1533 г.: Атауальпа казнен испанцами в Кахамарке.
14 ноября 1533 г.: испанцы входят в Куско.
18 января 1535 г.: основание Лимы.
Конец апреля или начало мая 1536 г.: начало осады Куско войсками Манко Инки. Город в огне.
Август или сентябрь 1536 г.: штурм Лимы войсками Манко Инки.
1537 г.: конец осады Куско. Манко Инка отступает в Вилькабамбу. Его место на троне Куско занимает Паулью.