Вторая мировая война зафиксировала принципиальное отставание СССР по новым видам вооружений. Если сухопутные войска, несмотря на традиционные российские проблемы со средствами связи и управления, находились в зените своего могущества и, по-видимому, могли решить любую боевую задачу, состояние других видов вооружённых сил вызывало тревогу. Даже авиация, на первый взгляд, отвечающая своему назначению, в техническом отношении уступала как «Люфтваффе», так и воздушным силам союзников. К 1945 году страна не строила реактивных самолётов (эпизод 1942 года с БИ-1 не получил развития), отсутствовали современные тяжёлые бомбардировщики, безнадёжно устарели все находящиеся на вооружении транспортные самолёты.
Основу военно-морских сил составляли корабли, построенные или спроектированные ещё до Октябрьской революции. Противовоздушная и противолодочная оборона оставалась на пещерном уровне, чем в немалой степени обуславливались те потери, которые флот понёс в сражениях 1941–1945 годов от слабейшего противника.
Особое беспокойство руководства страны вызывало отставание в плане новых средств ведения войны: в радиолокации, в создании управляемых ракет и ядерного оружия. Уже к 1943 году опасность складывающейся ситуации была осознана некоторыми наркомами (Д. Устинов, Б. Ванников, В. Малышев и др.), позже она стала предметом обсуждений в Политбюро.
Политбюро, игравшее в те годы роль Стратегической Администрации, пришло к выводу о необходимости координации всех основных работ в перспективных военных областях и придания этим работам государственного приоритета. Ориентируясь на опыт немецкого ракетного центра в Пенемюнде), имея от разведки представление о принципах организации работ в американском «Манхэттенском проекте», руководители страны понимали, что возникающие задачи носят системный характер и не могут быть решены в рамках отдельных наркоматов. Необходима была специальная административная структура, возглавляемая членом Политбюро, подотчётная непосредственно И. Сталину и обладающая соответствующей полнотой полномочий. Такая структура не только была бы способна аккумулировать разнородные ресурсы, но и успешно противостояла бы интересам отдельных ведомств, поддерживая общую проектную «рамку».
4 июня 1943 года вышло постановление Государственного Комитета Обороны «О создании Совета по радиолокации при ГКО». Руководителем этой структуры был назначен Г. Маленков, заместителем председателя — А. Берг.
Проблемы атомного оружия первоначально находились в ведении самих физиков: в 1942 году Ф. Иоффе рекомендует поручить научное руководство проблемой И. Курчатову. 28 сентября 1942 года выходит Распоряжение ГКО «Об организации работ по урану», предусматривающее создание «Лаборатории № 2», рассчитанной на десять сотрудников. Позднее общей организацией исследований ведает М. Первухин, заместитель председателя СНК и нарком химической промышленности. Когда окончательно определяется масштаб работ, создаётся Комитет № 1. Председателем его назначается Л. Берия, заместителями М. Первухин, Б. Ванников.
Последним, 13 мая 1946 года Постановлением ЦК и Совета Министров № 1017-419 учреждается Комитет № 2 по ракетной технике.
Председателем этого Комитета назначен Г. Маленков, позднее его сменяет Н. Булганин. Комитет должен был действовать в тесном контакте с Министерством вооружения, возглавляемым Д. Устиновым. Для организации взаимодействия в составе министерства создавалось специальное Седьмое Главное управление под руководством С.Ветошкина.
Постановление намечало следующее разделение сфер ответственности:
• на Минавиапром возлагается ответственность за разработку и производство ЖРД
• на Минпромсредств связи — за аппаратуру и системы управления;
• на Минэлектропром — за электрическое оборудование ракет и стартовой позиции;
• на Министерство тяжёлого машиностроения — за наземное стартовое и транспортное оборудование;
• на АН СССР — за исследование условий в верхних слоях атмосферы и космическом пространстве;
• на Министерство обороны — за разработку тактико-технических требований к ракетам, организацию соответствующих войсковых частей, проведение испытаний.
Обращает на себя внимание использование «единым списком» таких различных структур, как Академия наук, Министерство обороны и отраслевые министерства.
Постановлением было определено создание в каждом из перечисленных министерств своих головных НИИ и СКБ, что было оформлено соответствующими министерскими приказами.