Приказом Д. Устинова от 16 мая 1946 года был создан Государственный союзный головной научно-исследовательский институт № 88, который определялся в качестве основной базы НИОКР по управляемым ракетам с жидкостными двигателями. НИИ-88 создавался на базе артиллерийского завода № 88, директором его был назначен Л. Гонор.
На базе авиационного завода № 84 создавалось ОКБ –456 под руководством В. Глушко (двигатели). Головным по системам управления назначался телефонный завод Министерства промышленности средств связи, переименованный в НИИ-885 (Д.Максимов), на базе завода «Компрессор» было организовано ГСКБ-СПЕЦМАШ по выпуску наземного стартового, заправочного и транспортного оборудования (В. Бармин).
НИИ-627 Министерства электропромышленности (А. Иосифьян) было поручено изготовлять преобразователи тока, позднее это НИИ разрабатывало всё бортовое электрооборудование. Его производственной базой был выбран завод «Машиноаппарат».
Наземное электрооборудование изготавливалось на заводе «Прожектор» (А. Гольцман). Взрыватели были поручены НИИ взрывателей (М. Лихницкий). Министерство высшего образования обязали создать ряд кафедр для подготовки специалистов по ракетной технике. Разработка гироскопов была передана в НИИ судостроительной промышленности.
В рамках Министерства обороны взаимодействие с ракетчиками осуществляло Главное Артиллерийское Управление маршала Яковлева, в рамках которого было создано специальное 4-е Управление во главе с генералом Соколовым. На базе Института артиллерийских наук был организован специальный военный институт НИИ-4, задачей которого было изыскание путей военного применения ракет.
В этой административной структуре обращает на себя внимание создание «связки» «министерство — НИИ
• базовый завод» (по существу, именно такая связка должна рассматриваться как единица планирования).
Весьма интересна организация другой связки: между заказчиком (Министерство обороны) и исполнителем (Министерство оборонной промышленности) По существу, взаимодействие между этими звеньями обеспечивалось самим Государственным Комитетом по ракетной технике, который работал в ритме военного времени и широко использовал властные полномочия, делегируемые Политбюро.
Государственный союзный головной научно-исследовательский институт № 88 состоял из трёх разнородных блоков: опытного завода, специального конструкторского бюро и блока тематических исследовательских и проектных отделов.
Завод имел артиллерийское прошлое и не в полной мере отвечал предъявляемым к нему новым требованиям.
СКБ состоял из следующих рабочих отделов:
• отдел № 3 (главный конструктор С. Королёв) — проектирование баллистических ракет дальнего действия;
• отдел № 4 (Е. Синильщиков) — проектирование управляемых зенитных ракет дальнего действия;
• отдел № 5 (С. Рашков) — проектирование управляемых зенитных ракет среднего радиуса действия;
• отдел № 6 (П. Костин) — проектирование неуправляемых твёрдотопливных и жидкостных зенитных ракет;
• отдел № 8 (Н. Уманский) — проектирование ЖРД для зенитных ракет на высококипящих окислителях с испытательной станцией и экспериментальным цехом;
• отдел № 9 (А. Исаев) — проектирование ЖРД для зенитных ракет.
Блок научных отделов находился в ведении главного инженера Победоносцева и включал следующие структуры:
• отдел М (материаловедение, начальник В. Иорданский);
• отдел П (прочность, В. Панферов);
• отдел А (аэродинамика и газодинамика, Х.Рахматулин);
• отдел И (испытания, П. Цыбин);
• отдел У (системы управления, Б. Черток). Практически каждый из этих отделов имел самостоятельную производственную базу. Так, при отделе У существовал опытный цех, специализированное конструкторское бюро и ряд лабораторий.
Понятно, что административная структура НИИ-88 была перетяжелена и с трудом могла управляться в реальном времени (на заседании партхозактива в декабре 1947 года присутствовало более 1000 человек). В результате большую роль в организации работ играли субъективные факторы: напористость и связи С. Королёва, статус заместителя главного инженера Б. Чертока.
В 1950 году НИИ-88 был преобразован. СКБ разделили на два особых конструкторских бюро: ОКБ-1 С. Королёва, созданное на базе третьего отдела, и ОКБ-2 Тритко, интегрирующее все остальные направления деятельности бывшего СКБ. С. Королёв реорганизовал попавшие в его подчинение отделы и довольно быстро сформировал полноценную конструкторскую организационную структуру. Уже в 1952 году в НИИ-88 возник и быстро принял институциональную форму конфликт между С. Королёвым и неожиданно назначенным директором института М. Янгелем: институт для ОКБ-1 или ОКБ-1 для института? С. Королёв, естественно, отстаивал и отстоял первую версию.