К началу 1953 года в состав ОКБ-1 входило более 1000 человек, 14 августа 1956 года специальным постановлением ОКБ-1 было выделено в самостоятельную организацию.
Согласно этому постановлению, ОКБ-1 передавался опытный завод-88, директор завода Р. Турков получил статут первого заместителя С. Королёва. Первым заместителем С. Королёва по проектно-конструкторским разработкам остался В. Мишин, группу проектных отделов возглавил К. Бушуев, конструкторские отделы — С. Охапкин, отделы испытаний — Л. Воскресенский, наземный комплекс — А. Абрамов, отделы двигательных установок — М. Мельников.
При формальном равноправии отделов некоторые направления развивались быстрее, образуя сначала филиалы ОКБ-1, затем — самостоятельные организации.
После создания первой ядерной ракеты Р-5 и начала разработки двухступенчатой пакетной ракеты Р-7 в общей структуре отрасли выделились, как принципиально важные, организационные связи в треугольнике ОКБ-1 — НИИ-456 (двигатели) — НИИ-885 (электрика). Возникла необходимость в создании отдельного испытательного полигона, подчинённого Министерству обороны.
Важным обстоятельством, несколько упрощающим работу НИИ-88 и всего Комитета № 2, была возможность использования на первом этапе работ немецкого опыта по созданию ракеты А-4 (Фау-2). В ядерном проекте аналогичную роль играли данные, предоставленные научно-технической разведкой.
Роль этих сведений необходимо очень точно представлять. Конечно, не могло быть и речи о точном копировании немецких или американских разработок. Например, немцы использовали в ракете А-4 86 марок стали, 59 марок цветных металлов и 87 видов неметаллов. Советская промышленность могла предложить соответственно — 32, 21 и 48. Рулевые машины, изготовленные опытным заводом НИИ-88 «точно по немецким чертежам», не удовлетворяли ни одному требованию ни по статическим, ни по динамическим характеристикам и, кроме того, были негерметичны. В ядерной области, где требования к точности были ещё выше, технологическое отставание выглядело ещё значительнее.
Зарубежный опыт, однако, играл существенную роль в решении административных проблем. Было известно, что ядерную бомбу или управляемую баллистическую ракету сделать в принципе можно, и это имело огромное значение на стадии принятия управленческого решения. Кроме того, учёные и конструкторы точно знали, что стоящая перед ними задача имеет решение.
Как следствие, базовым процессом в советских оборонных мегапроектах было не познание, но управление, прежде всего управление технологиями. Основной задачей был подъём технологической культуры производства, причём за три-пять лет следовало ликвидировать пятидесяти-, семидесятилетнее отставание. Этого можно было достичь исключительно административными методами.
Главным ресурсом системы в решении данной задачи были «красные директора» — опытные управленцы, прошедшие индустриализацию и Отечественную войну, компетентные, жёсткие и успешные.
Понятно, что мегапроекты (прежде всего, атомные) широко использовали административные возможности для привлечения мало— и среднеквалифицированного человеческого капитала.
Фактически, была создана огромная машина социокультурной переработки, «на вход» которой поступали рабочие, инженеры, управленцы, учёные эпохи поршневых моторов и релейной электроники, а «на выходе» возникали специалисты-атомщики, ракетчики, электронщики.
Интересно, что если в управленческих звеньях использовались, как правило, кадры, имеющие огромный опыт и большие заслуги (Д. Устинов, Б. Ванников, Л. Берия, Г. Маленков, Л. Гонор и др.), то научное руководство сосредотачивалось обычно в руках молодых амбициозных исследователей (С. Королёв, А. Сахаров, Ю. Харитон и др.). Считалось, что они способны работать с большей отдачей, нежели «заслуженные академики».