Государь сам принимал подношения в приёмной палате владыки Троицкого в Паозерье, сдержанно улыбался, кивал, но более всё помалкивал. И хотя бояре его всё активнее заселяли и обживали великокняжеский дворец на Ярославовом дворе, шныряли по Новгороду, высматривали и выспрашивали, обиды он пока Новгороду никакой не чинил, людей не трогал, в том числе и самых ярых своих противников. Некоторые даже думали, что он, может быть, и вправду сдержит слово, не станет людей хватать да следствие разводить. Хотя опыт подсказывал совсем иное. Не случайно те, кто чувствовал свою вину, — затаились.
22 января на Ярославов двор официально, как в свою собственную резиденцию, явились назначенные государем в Новгород наместниками братья Оболенские — Иван Васильевич, по прозвищу Стрига, отец недавно поставленного епископом Тверским Вассиана, и Ярослав Васильевич. Отныне им предстояло руководить жизнью Новгорода Великого, диктовать ему волю государеву. Сам Иоанн на торжество поставления не явился, ибо в городе не на шутку разгулялся мор и рисковать лишний раз своей жизнью он не пожелал, оставаясь в уже обжитой и достаточно удобной своей резиденции — в Троицком монастыре. Тут и отметил достаточно скромно 22 января, день своего рождения.
Однако вовсе не явиться в Новгород он не мог. Приняв меры предосторожности, приказав не допускать постороннего люда в детинец, прибыл туда 29 января со всеми тремя братьями. Как исстари водится, ударил челом Софии Святой Премудрости Божией и отстоял обедню. Однако после её завершения ни на минуту больше в городе не остался, обедать уехал в свой стан в Паозерье, пригласив владыку и всех знатнейших новгородцев к себе. Злые языки судачили, что государь не столько мора боится, сколько отравы или иного зла, но то было только ему самому ведомо. У себя, однако, он гостей многочисленных не сторонился, с удовольствием говорил с ними, ел и пил доброе вино, чем, кстати, по всеобщему мнению, не злоупотреблял.
Тут снова владыка Феофил явил Иоанну свои дары, преподнёс их прямо к столу пировальному: панагию, обложенную златом и жемчугом, редкостный кубок, сделанный из огромного страусиного яйца, окованного серебром, чарку сердоликовую, тоже в серебре, бочку хрустальную, искусно серебром же оправленную, мису серебряную тяжёлую, весом аж в 17 гривенок, почти полпуда! Да двести иностранных золотых монет-корабельников. Подарки Иоанн с удовольствием осмотрел, приказал унести, владыку поблагодарил и наградил кубком доброго вина.
Да, видно, не всем остался доволен государь. Не зря просиживал он в Паозерье и принимал людишек самых разных, выслушивал их. Не зря шныряли его дьяки-дознаватели, проводили следствие. 1 февраля, как и опасались новгородцы, начались аресты. Первым взяли старосту купеческого Марка Памфильева. Дознался-таки Иоанн, что выступал он против него, участвовал в отправке посольства к Казимиру, заказывал оружие для обороны и призывал не отдавать Новгород великому князю. На следующий день взяли и Марфу Борецкую. Да не одну, а с любимым внуком-подростком, сыном покойного Фёдора. Чтобы и корня Борецких не осталось в Новгороде. А огромное богатство их приказал на себя отписать.
Приказал Иоанн наместнику своему Стриге-Оболенскому изъять в управе или где найдутся все грамоты договорные с Казимиром и представить их ему лично. Побоялись посадники новгородские ослушаться приказа нового грозного властителя и отдали все бумаги, которые от них требовались. Изучил их Иоанн, вызвал к себе владыку Феофила: нашёл в договорах и письмах к Казимиру подписи его наместника Юрия Репехова. Хитёр оказался Феофил, распоряжения свои сам не подписывал, приказывал всё оформлять наместнику своему. Теперь на него всё и свалил, мол, не знал о заговорах и переговорах, без его ведома всё делалось, лишь его именем прикрывались. Словом, сдал Репехова Иоанну с потрохами и словом за него не вступился. А сам после встречи тут же помчался к наместнику, обгоняя государевых приставов, первым сообщил Репехову о свалившемся несчастье, обещал ему, что вызволит непременно, казны своей не пожалеет, если промолчит Юрий, возьмёт всю вину на себя.