Отказ королевы от гибеллинского Милана был поддержан папством, но французское предложение имело поддержку Церкви и должно было быть рассмотрено с деликатностью. Иоанне не нужен был такой молодой муж, и она опасалась, что Франция может попытаться поглотить Неаполь, который, прежде всего, она хотела оставить независимой монархией. В письме к Папе она подчеркивала, что королевству необходимо заполучить человека, способного "мудро править и мужественно защищать королевство"[260]. Королю Иоанну, она написала письмо, в котором благодарила его за великую честь, которую он решил ей оказать, но с сожалением отклонила кандидатуру Филиппа на том основании, что брак между кровными родственниками препятствует зачатию детей. Ее брак с сыном Екатерины Валуа уже оставил королевство без наследников, и королева винила покойного мужа в многочисленных несчастьях, включая "противоречивые желания знати и народа, смуты, вторжения, увечья нанесенные некоторым людям, бесчисленные выкупы и бесчисленные трагедии и другие беды, слишком большие, чтобы их перечислять". Иоанна также сообщила послам короля Иоанна, что дала клятву удалиться в монастырь, а не "увековечивать несчастье своего бесплодия, выходя замуж за другого члена дома Валуа"[261].
Но короля Франции было нелегко разубедить, и он попытался принудить Иоанну к браку, оказывая на нее давление через Святой престол, который находился в состоянии разброда и шатаний в связи со смертью Иннокентия VI. Старый Папа, ослабленный и подавленный рядом внешнеполитических неудач, скончался 12 сентября 1362 года. При всей своей добродетельной приверженности реформам, непримиримый подход Иннокентия к своим противникам оставил Церковь гораздо менее богатой и могущественной, чем при его коррумпированном предшественнике Клименте VI, и это положение дел не осталось незамеченным кардиналами. В ходе первого голосования, состоявшегося 22 сентября, Священная коллегия избрала брата Климента, Гуго Роже, с перевесом в пятнадцать голосов против пяти.
Однако Гуго не захотел быть Папой и категорически отказался от этой чести, что заставило провести еще один тур голосования. И снова соперничество между кардиналами Талейраном Перигорским и Ги Булонским привело к тому, что ни один из них не смог получить большинство голосов, и папские амбиции обоих прелатов угасли вместе с этими выборами. Вместо этого 28 сентября Священная коллегия в поисках приемлемого кандидата выбрала другого, более старшего, компромиссного кандидата, пятидесятиоднолетнего Гийома де Гримоара, аббата бенедиктинского монастыря Сен-Виктор в Марселе.
В момент избрания Гийом исполнял обязанности папского нунция при Неаполитанском дворе. Извещенный тайными посланниками о решении кардиналов, он поспешил вернуться в Авиньон, где и был коронован 6 ноября 1362 года, приняв имя Урбана V.
Возведение аббата Сен-Виктора на папский престол оказалось весьма удачным для Иоанны. Ее отношения с Иннокентием VI, с которым королева никогда не встречалась лично, с самого начала были предрешены явной неприязнью Папы (полностью взаимной) к Людовику Тарентскому, из-за чего ее королевство страдало в течение многих лет от интердикта и навязчивого папского вмешательства. Краеугольным камнем внешней политики королей из Анжуйской династии всегда было партнерство с папством, но пока был жив ее муж, Иоанна так и не смогла установить с Иннокентием такие же крепкие и доверительные отношения, какие были у нее с Климентом. Королева была вынуждена полагаться на своего великого сенешаля, чьи усилия, хотя и были в конечном итоге полезными, но в то же время слишком корыстными. Когда дело касалось папского двора, Никколо всегда был больше заинтересован в собственном продвижении, чем в установлении подлинного взаимопонимания между Неаполем и Авиньоном.
Все изменилось с избранием Урбана. Между Иоанной и бывшим нунцием существовали взаимное уважение и симпатия, порожденные знакомством с характерами, религиозными и культурными взглядами друг друга. Хотя Урбан, как и его предшественник, был аскетом (на протяжении всего своего правления он твердо придерживался устава и традиций своего монашеского ордена, в том числе отказался от традиционного папского одеяния в пользу простой монашеской рясы и спал на голом полу), характер нового Папы был гораздо более легким, чем у Иннокентия. При общении с просителями Урбан в первую очередь стремился максимально удовлетворить просьбы каждого; в этом его подход к своим обязанностям напоминал Климента VI (хотя у него не было пристрастия Климента к раздаче привилегий). Урбан также был чрезвычайно щедрым и большим покровителем искусств. Став Папой, он благоустроил свое бывшее аббатство в Марселе, лично контролируя работу архитекторов и украсив церковь прекрасными гобеленами и церковной утварью, отлитой из золота и украшенной драгоценными камнями. Среди прочих проектов Папа построил собор и приорство на юге Франции. Не менее страстной была его приверженность к литературе и просвещению. Урбан активно поддерживал университеты и студентов и даже основал музыкальную школу. Петрарка восхищался Папой и писал ему восторженные письма.