Ошеломленная и разъяренная, правящая элита Неаполя ополчилась на архиепископа. 18 июня самые высокопоставленные бароны и придворные, при полном одобрении королевы, направили Папе коллективное письмо в весьма резких формулировках, в которой жаловались на вмешательство в дела королевства и называли архиепископа "великим обманщиком, который совратил одного человека лестью, другого — обещаниями… [который] сумел воспрепятствовать браку герцогини с Федериго, разрушив все надежды на мир и спокойствие в королевстве… [Далее дворяне поклялись] до последнего сопротивляться браку Жанны Дураццо с Аймоном Женевским"[286]. Ги Булонский дал отпор, убедив Урбана прислать папского легата, который прибыл в королевство в начале июля с новыми буллами, отлучающими Иоанну и Марию от Церкви, если Жанна не будет передана под папскую опеку до 20 августа. Буллы были обнародованы в столице 11 июля. Вечером того же дня Иоанна холодно сообщила легату Урбана, что герцогиня Дураццо находится под опекой своей матери, а не королевы. Мария, разгневанная таким вмешательством в то, что она считала частным семейным делом, обрушилась на архиепископа в присутствии папского легата, а затем приказала своим слугам напасть на дворец архиепископа и похитить двух его слуг, которые впоследствии были спасены другими церковниками. Столкнувшись с такой открытой враждебностью, архиепископ счел благоразумным отступить и бежал из королевства. Папский легат дождался крайнего срока — 20 августа, и когда Жанна не была отпущена под его опеку, он объявил отлучение и наложил на королевство интердикт. Затем он тоже бежал.
Наперекор папскому двору Жанна, 23 ноября 1365 года, "по совету королевы Иоанны, ее тетки и… ее матери [Марии]"[287] была обручена с младшим братом Карла Злого Людовиком Наваррским, а в следующем году вышла за него замуж. "18 июня 1366 года Людовик Наваррский вошел в гавань Неаполя с тремя галерами и на следующий день женился на Жанне, герцогине Дураццо, и в ту же ночь переспал с ней"[288], — сообщается в официальной хронике. Со своей стороны, Аймон Женевский, не сумев добиться руки Жанны, отправился, в 1366 году в Константинополь, чтобы принять участие в крестовом походе против турок. Хотя летом 1367 года Аймон благополучно вернулся в Венецию, по дороге домой в Женеву он заболел и умер 30 августа. Мужа Жанны также постигло несчастье: желая утвердить свою власть над владениями своей жены, он нанял вольную компанию наваррских наемников и в 1372 году начал подготовку к нападению на город Дураццо, перешедший в руки врага. Но не успел он прибыть в порт, как заболел или был ранен (сведения разнятся) и вскоре умер.
Однако истинной жертвой вмешательства Святого престола в брачные дела, несомненно, стало Неаполитанское королевство, которое потеряло единственный шанс удержать свои долгожданные территориальные приобретения на Сицилии. К 1372 году Иоанна была вынуждена признать главенство каталонцев на острове и подписать мирный договор с Федериго III. Хотя королеве удалось выторговать ряд условий по которым Федериго III обязался не использовать титул "король Сицилии", который Иоанна оставляла за собой и своими наследниками, а именоваться "королем Тринакрии"; выплачивать ежегодную дань Неаполитанской короне в размере 3.000 унций золота, что составляло около половины суммы, необходимой Иоанне для ежегодной выплаты Церкви в рамках первоначального договора с Карлом Анжуйским, договор, тем не менее, представляло собой окончательный отказ от неаполитанских амбиций на Сицилии. 31 октября 1372 года этот договор был еще более изменен в ущерб Неаполю Папой, который потребовал, чтобы Сицилия перешла под его власть и чтобы и Иоанна, и Федериго принесли Церкви оммаж за остров. Согласие Федериго на это и другие папские условия привело к тому, что 30 марта 1375 года он был коронован как король Сицилии и в дальнейшем пользовался этим титулом, а не титулом короля Тринакрии. Поскольку Иоанна также сохранила за собой титул королевы Сицилии, это могло вызвать некоторую путаницу, но средневековый мир не отличался находчивостью и легко разрешил эту проблему, просто придумав название Королевство обеих Сицилий — гениальное решение, которое сохранялось в течение следующих пятисот лет.
Несмотря на отлучение от церкви, противостояние в связи с браком герцогини Дураццо представляло собой явную аномалию в отношениях королевы с Папой. Почти во всех остальных вопросах Иоанна неуклонно сотрудничала с Урбаном. В основе этого сотрудничества лежали общие цели и понимание сложившейся политической ситуации. Каждый из них признавал в другом сторонника того, что оба считали важнейшей проблемой эпохи: необходимости возвращения папского двора в его прежнюю резиденцию в Италии.