Возвращение в Рим было заветной целью понтификата Урбана. Он считал, что почти все беды, обрушившиеся на Италию, связаны с переездом папского двора в Авиньон, и, конечно, лучшим способом использовать значительные военные достижения кардинала Альборноса было возвращение под власть Папы патримония Святого Петра. Урбан знал, что его план встретит яростное сопротивление как со стороны Священной коллегии кардиналов, большинство членов которой были французами, так и со стороны европейских государей, таких как король Франции, который привык оказывать значительное влияние на церковную политику в силу близости Авиньона к французской столице. Чтобы осуществить свою мечту, Урбану нужны были влиятельные союзники в Италии, готовые оказать материальную поддержку в виде кораблей для переезда папского двора, солдат для охраны его членов и проведения в жизнь его политики после прибытия в Рим.
В этом стремлении у Папы не было более стойкого союзника, чем королева Неаполя. Возвращение папского двора в Италию означало возобновление тесного сотрудничества, которое было характерно для папства во время царствования предыдущих анжуйских королей. Кроме того, сама Иоанна была очень религиозна и по этой причине также желала, чтобы резиденция церковной власти находилась поблизости. Поэтому, хотя они ссорились из-за брака Жанны, и, конечно же, из-за потери Сицилии, этот вопрос никогда не вызывал серьезных разногласий между Иоанной и Урбаном, как подобные споры отдалили Иннокентия VI от Людовика Тарентского.
Напротив, Урбан часто делал все возможное, чтобы помочь Иоанне, чтобы укрепить ее правление. В мае 1364 года, когда королева не смогла собрать деньги на ежегодную дань Церкви (архиепископ Неапольский сообщал, что в целом королевство в том году получило около 290.000 флоринов дохода, но из-за отчуждения многих доменов доля короны в этом доходе была настолько мала, что королева едва могла позволить себе купить хлеб), Урбан простил девять десятых долга, а затем через посредника одолжил Иоанне оставшуюся сумму в 15.000 флоринов. Когда 17 сентября 1364 года тяжело болевший Роберт Тарентский наконец умер, а Филипп Тарентский попытался помешать Иоанне вернуть земли и доходы, из владений его брата, ранее принадлежавшие короне, Урбан вновь поддержал королеву, особенно после того, как она пообещала направить доходы от этих владений на выплату ежегодной дани.
Следующий 1365 год, стал для королевы поворотным. Очевидно, что несмотря на свой страх перед вспышками безумия Хайме, Иоанна возобновила с мужем интимные отношения, что свидетельствует о том, как отчаянно она стремилась произвести на свет собственного наследника трона. В январе 1365 года ее усилия были вознаграждены. Тридцатидевятилетняя королева Неаполя была беременна.
Радость и облегчение Иоанны по поводу зачатия нетрудно представить. Урбан тоже был доволен и в письме от 5 февраля отменил ее отлучение от церкви (все еще действовавшее из-за сопротивления браку Жанны с Аймоном), чтобы оно не мешало предстоящему рождению ребенка. Но в июне ликование сменилось отчаянием, когда у королевы случился выкидыш.
Резкое прерывание беременности, которой так страстно желали, сильно повлияло на Иоанну. Она выдержала испытание сожительства с третьим мужем только потому, что верила, что сможет родить детей от кого-то, кто не является ее близким родственником. Когда же судьба распорядилась иначе, она обратилась к Церкви. Тем летом, как только она оправилась, королева написала Урбану письмо, приглашая его перевести папский двор в Неаполь под ее защиту и предложила ему свой флот в качестве средства передвижения.
Выбор Неаполя, а не Рима, имел свой прецедент. Иоанна знала, что ее прадед Карл Хромой, в 1294 году, побудил Папу Целестина V короноваться в Аквиле и прожить весь свой понтификат (хотя и длившийся пять месяцев) в маленькой комнатке в Кастель-Нуово. Кроме того, королевство Иоанны обещало быть гораздо более безопасным местом, чем Рим, чьи печально известные склонные к бунту жители лишь недавно согласились вновь подчиниться папской власти, да и то лишь под нажимом кардинала Альборноса и его наемников.
При поддержке королевы и императора Священной Римской империи Карла IV, который был обеспокоен тем, что итальянские правители становятся слишком могущественными, и хотел иметь в качестве противовеса сильную папскую власть, Урбан пришел к судьбоносному решению. 1 октября 1365 года он написал Иоанне письмо, в котором благодарил ее за приглашение и предложение помощи и сообщал, что намерен вернуть папский двор в Италию, как только политические условия покажутся ему благоприятными. Хотя было ясно, что Папа намерен поселиться в Риме, а не в Неаполе, Иоанна не выразила разочарования, а только радость — еще одно свидетельство того, что ее мотивы были скорее духовными, чем политическими. "Я сожалею только об одном, — сообщала королева в ответном письме Урбану, — что Создатель не счел нужным создать меня мужчиной; ведь если бы мой пол позволил мне это сделать, то, увидев прибытие моего господина [Папы]… я бы поспешила отправиться пешком, как когда-то апостол Петр, чтобы с благоговением приветствовать его"[289].