Появление на свет третьего ребенка Иоанны, к сожалению, еще одной дочери, Франсуазы, в марте следующего года спровоцировало кризис. Энрико Караччоло к этому времени был казнен, а Людовик Тарентский фактически посадил Иоанну под домашний арест, и более того угрожал королеве смертью или пожизненным заключением. Никому не разрешалось разговаривать с Иоанной, если при этом не присутствовал ее муж, и ходили слухи, что Людовик Тарентский намерен ее убить. Королева сделала все возможное, чтобы обойти своих преследователей, тайно отправив в Авиньон секретного эмиссара с инструкциями донести до Папы опасность ее положения. Очевидно, ее посол так и сделал, поскольку 17 апреля Климент, который к этому времени научился прислушиваться к угрозам причинения смерти, исходящим из Неаполя, написал дожу Генуи: "Ссора между Людовиком и королевой, если прочесть все их письма, ставит под угрозу жизнь Иоанны. Защитите ее!"[181] В ответ, Генуя, обещавшая предоставить корабли Людовику Венгерскому, отказалась от своих обещаний и с этого момента поддерживала в войне сторону королевы. Затем папство направило в Неаполь непрерывный поток писем, в которых всем сторонам, включая Аччаюоли, предписывалось способствовать восстановлению мирных отношения между мужем и женой.
К июню Людовик Венгерский со своей армией был у ворот Аверсы и начал осаду города. Приближение венгерского короля породило новую интригу, в которой приняла участие и сестра Иоанны, Мария. Молодая жена Людовика Венгерского, Маргарита Богемская, умерла в предыдущем году, что дало повод предположить, что теперь ситуация в Неаполе может быть решена путем заключения брака, а не войны. Принцы из домов Таранто и Дураццо, которые, несмотря на все усилия папства их освободить, все еще находились в плену в Вишеграде, выдвинули Марию в качестве возможной кандидатуры в жены Людовику, несмотря на то, что король Венгрии приказал казнить Карла Дураццо и заставил его вдову бежать, спасая свою жизнь. Удивительно, но Мария с энтузиазмом отнеслась к идее выйти замуж за убийцу своего мужа. Овдовевшая герцогиня Дураццо тайно отправила одного из своих придворных, по имени Марино Румбо, на встречу с королем в маленькую деревню Трентола под Аверсой, чтобы обговорить условия брачного контракта. Согласно Chronique of Parthénope, "после обсуждения с королевской семьей, находившейся в плену в Вишеграде, король Венгрии заключил с мадам Марией тайное соглашение о браке с ней, согласно которому король получал во владение Сицилию [Неаполь], а королева Иоанна оставалась графиней Прованса"[182]. Документ об этом был действительно составлен и скреплен печатями обеих сторон.
Но какой бы безвыходной ни казалась ситуация, Иоанна была далеко не беспомощна. Своим выступлением в консистории королева приобрела могущественного союзника в лице Папы, а в Провансе у нее оставалось много верных подданных, которые были возмущены тем, что Людовик Тарентский узурпировал власть у законной наследницы Роберта Мудрого. Теперь эти сторонники и пришли ей на помощь. Папа отправил Уго дель Бальцо, графа Авеллино (того самого Уго дель Бальцо, которого Климент послал после убийства Андрея для преследования фаворитов Иоанны), и нунция, епископа Сент-Омера, в Неаполь, чтобы они вступились за королеву. Подозревая, что может потребоваться демонстрация силы, Уго принял меры предосторожности и прежде чем отправиться в путь набрал, в основном в Марселе, целую эскадру сторонников королевы.
Таким образом, примерно 20 июля 1350 года жители Неаполя проснувшись, обнаружили, что флот из шести галер, заполненных вооруженными людьми из Марселя, под знаменами Церкви и королевы Неаполя (но не Людовика Тарентского) бросил якорь у побережья между Кастель-Нуово и Кастель-дель-Ово. Людовик послал своих представителей, чтобы узнать о намерениях графа Авеллино, на что Уго ответил, что находится в Неаполе по просьбе Папы, который поручил ему обеспечить восстановление гармоничных отношений между Иоанной и ее мужем. Затем епископ Сент-Омера попросил о личной аудиенции с королевой, которую Людовик не посмел запретить. Впервые за почти год Иоанне позволили поговорить с союзником без присутствия мужа. Нет никаких сведений о том, что обсуждала эта пара. Выйдя из дворца, епископ лишь сказал, что был рад увидеть королеву в таком хорошем расположении духа, а затем отправился в Аверсу на встречу с королем Венгрии, оставив Уго разбираться с ситуацией.