Коллектив музея успешно решал задачу, поставленную В. И. Лениным перед организациями и учреждениями культуры, перед партией и народом. «Нужно взять всю науку, технику, все знания, искусство, - говорил Владимир Ильич. - Без этого мы жизнь коммунистического общества построить не можем». В соответствии с новым направлением музея начинается перестройка его экспозиции, которая была прервана Великой Отечественной войной 1941 - 1945 годов.
РЕСТАВРАЦИЯ
В начале Великой Отечественной войны музей был закрыт для посетителей, а в его здании разместилось центральное хранилище объединенного хозяйства музеев и дворцов. Сюда из пригородных музеев привезли скульптуру, мебель, фарфор, архивы и научную документацию. Были приняты меры для защиты собора от снарядов и бомб. Окна замуровали кирпичом.
Спустя несколько дней после объявления войны было решено замаскировать купол. Первоначально предполагали покрыть его брезентом. Но найти брезент площадью 2,5 тысячи квадратных метров и затем укрепить его было нелегким делом. Оставался единственный выход - закрасить купол серой масляной краской.
В условиях блокады Ленинграда здание не отапливалось, и зимой стены промерзали, а с наступлением лета оттаивали, и по ним текли потоки воды. Вскоре образовалась плесень.
В результате нарушения режима температуры и влажности декоративное убранство стало разрушаться. От сырости пострадала мраморная облицовка. На ее загрязненной поверхности появились трещины, куски камня выпадали, а обнаженные места интенсивно разрушались. Гипсовый орнамент во многих местах был испорчен, исчезла позолота. Мозаики покрылись налетом плесени, местами стала выпадать смальта. В наиболее поврежденном состоянии оказалась живопись. Потрескавшийся красочный слой шелушился и отваливался от полотна. От стен отставала штукатурка вместе с живописью, появилась реальная опасность ее утраты. От вражеских снарядов и фугасных бомб пострадало остекление собора, в нескольких местах была пробита кровля и разрушена западная часть антаблемента южного портика.
После окончания войны, весной 1946 года, ящики с экспонатами пригородных музеев из здания собора были вывезены. В Ленинграде и его пригородах начались работы по восстановлению и реставрации памятников архитектуры, пострадавших во время войны. На эти цели Советское правительство отпустило большие средства.
Реставрация Исаакиевского собора была поручена Специальным научно-реставрационным производственным мастерским Главного архитектурно-планировочного управления Исполкома Ленгорсовета. Работу возглавил опытный архитектор А. Л. Ротач.
Однако первое время работать в промерзшем здании было невозможно - следовало прежде всего просушить стены. Попытки проветривать собор в теплые солнечные дни приводили к тому, что в помещении образовывался густой туман. В связи с этим было решено открывать двери лишь в случае, когда разность наружной и внутренней влажности и температуры не превышала 5 процентов. Собор проветривали ночами, добиваясь постепенной просушки здания. После этого реставраторы смогли приступить к работам.
Исаакиевский собор в годы войны. Рисунок художника П. А. Павлова.
В 1947 - 1950 годах была произведена консервация картин аттика и пилонов, для того чтобы сохранить картины от дальнейшего разрушения. Картины, находившиеся в пилонах, были сняты еще до прихода реставраторов. О состоянии, в котором они находились, рассказывает старейший музейный работник А. М. Куч умов, в годы войны бывший директором центрального хранилища, расположенного в Исаакиевском соборе: «Поверхность живописных икон покрывала грязная серо-зеленая корка, красочный слой был сильно разрушен и отслаивался, лак разложился. Некоторые полотна представляли собой отдельные, едва связанные друг с другом куски, и чтобы спасти их, сохранить для реставрации, необходимо было принимать самые неотложные меры». А. М. Кучумов решил снять картины с подрамников и просушить их. Только благодаря этим мерам пилонная живопись оказалась спасенной.
В 1947 году картины перевезли из Исаакиевского собора в Русский музей, где была произведена консервация, а затем расчистка и живописная реставрация. Работу исполнял незадолго до этого созданный коллектив реставраторов под руководством Н. В. Перцева. В его бригаду входили художники Р. П. Саусен, С. Ф. Коненков, И. У. Моисеев, Н. Д. Михеев, И. И. Михеев и другие замечательные мастера. Картины реставрировались около двух лет.
Возникли сложные проблемы, касающиеся методов обработки поверхности стенных росписей. Многие вопросы решались экспериментальным путем.