Строительство собора было временно приостановлено. Комитет приступил к изучению замечаний, изложенных Модюи, и ответного документа, составленного Монферраном. Показания архитекторов проверялись опросом каменных дел мастеров, непосредственно связанных со строительством. Монферран энергично защищался. Отстаивая свою репутацию, он писал в объяснительной записке Александру I: «Чтобы отразить клевету, которую соперники распространяют, представляя его как простого рисовальщика, архитектор позволяет себе напомнить, что за 6 лет, которые работает в России, он построил больше, чем его критики…»
Защищая проект, Огюст Монферран изложил свою точку зрения и привел примеры из истории мирового зодчества, подкрепив теоретические положения детальным объяснением выполненных работ. В результате некоторые пункты обвинения, и в частности вопрос о фундаментах, отпали. Монферран заявил, что и раньше отдавал себе отчет в трудностях, связанных с соединением построенных в разное время частей здания, но, будучи связан пропорциями старого, ринальдиевского здания, не мог увеличить расстояние между опорными пилонами в соответствии с увеличением диаметра купола.
В объяснениях комитету Монферран еще раз подчеркнул свою зависимость от императора. «Поскольку из нескольких проектов, которыя я имел честь представить, - писал архитектор, - предпочтение было отдано тому, который уже осуществляется, то… следует обсуждать этот вопрос не со мной; мне надлежит скрупулезно сохранить то, что приказано сохранить…». В письме к архитектору Ш. Персье Монферран уже откровенно признавался: «Легко видеть, что, подчиниясь приказу императора, я не мог удовлетворительно решить купол». Таким образом, проект был признан неудачным не только членами комитета, но и самим автором.
План собора по проекту О. Монферрана. 1825 г.
После нескольких месяцев разбирательства было окончательно установлено «невозможным произвести перестройку Исаакиевского собора по известным до сего времени проектам архитектора Монферрана».
Члены комитета считали необходимым устранить недостатки проекта и только после этого продолжить строительство. О сделанных выводах президент Академии художеств А. Н. Оленин доложил императору, который приказал комитету заняться исправлением проекта, соблюдая при Этом следующие обязательные условия: сохранить основные черты проекта Монферрана - пять глав и колонные портики. Решение внутреннего пространства собора, главного купола, освещенности здания предоставлялось на усмотрение комитета. Отдельные предложения по улучшению проекта или новые самостоятельные проекты должны быть составлены с учетом необходимости «сохранения, если так можно, существующих теперь стен, а более того, старых и новых фундаментов». Монферрану разрешалось участвовать в работе на общих основаниях.
Фасад собора по проекту О. Монферрана. 1825 г.
Начались поиски комитетом возможностей исправления и улучшения проекта. Из представленных вскоре проектов лучшими были признаны работы В. П. Стасова, А. И. Мельникова и А. А. Михайлова-старшего.
Монферран, тяжело переживавший неудачу, упорно работал над проектом. Он учел советы и замечания крупнейших русских архитекторов, творчески использовал технические предложения большой группы инженеров, скульпторов и художников и на этой основе выработал новый вариант проекта перестройки собора, который был значительно лучше и продуманнее первого.
По новому проекту собор предполагалось оформить четырьмя колонными портиками, тогда как в проекте 1818 года они намечались лишь с южной и северной сторон. Центр подчеркивался подкупольным квадратом, образованным четырьмя новыми опорными пилонами, поставленными шире остальных. Благодаря этому главный купол, опирающийся на них, четко вписывался в квадрат пилонов и исключалось его провисание. Квадратное построение усиливалось постановкой по углам основного объема колоколен, как бы врезанных в стены и расположенных ближе к центральному куполу, чем в первом варианте проекта.
В новом варианте предусматривалось сохранить лишь очень небольшую часть старой ринальдиевской церкви: алтарные стены, фундамент и два восточных пилона. Принципиально новым было и решение фасада, неузнаваемо изменившее весь облик собора. Монферран применил принцип пирамидальности, заимствовав его из проектов Стасова и Михайлова. Таким образом, в новом проекте были учтены все основные замечания и пожелания комитета.
3 апреля 1825 года был утвержден новый проект Монферрана. Вслед за этим начинается новый этап в строительстве собора.