Корсиканский авантюрист знал о власти, которой обладал дон Мануэль в Испании, и считал, что тот может быть полезен.
Проведав о замыслах заговорщиков, Годой добился их изгнания из Испании вместе с Великим инквизитором.
В эпоху крушения французской монархии и наполеоновских войн положение инквизиции в Испании не было особенно прочным, однако с тем большей энергией она боролась против революционных идей, распространявшихся главным образом из Франции. Поскольку Франция и Англия находились в состоянии войны, Испании пришлось определяться. Годой подписал договор в Сан-Ильдефонсо, вследствие чего Англия объявила войну Испании. Испанцы потерпели поражение при мысе Сан-Винцент и потеряли Тринидад, а позднее в великой Трафальгарской битве Нельсон разгромил французский и испанский флоты.
Поняв, что нанести Англии военное поражение не удается, Наполеон решил прибегнуть к континентальной блокаде. Поскольку Португалия отказалась в ней участвовать, император решил принудить ее к этому, и появился план совместного завоевания Португалии силами Франции и Испании. Таким образом, у Бонапарта появился повод послать войска в Испанию, и это не могло не вызвать тревоги в Мадриде. Принц Астурийский был арестован за участие в заговоре, против Годоя, и в столице начались беспорядки. Дело кончилось отречением Карла IV в пользу наследника, принца Астурийского, который стал Фердинандом VII. Но Карла и Фердинанда вызвал к себе в Байонне Наполеон и настоял на их отречении в пользу его брата Жозефа.
После этого в Испании начались восстания против французов, которые переросли в войну за независимость. В 1808 г. Наполеон взял Мадрид, и, войдя в город, он, в частности, ликвидировал инквизицию, так как считал, что она подрывает монархию и гражданскую власть. Хотя он приказал арестовать членов Высшего совета инквизиции, они скрылись, и, покинув Мадрид, некоторые из них смогли организовать суды инквизиции в районах, не захваченных французами. Разумеется, в этот период возможности инквизиции были крайне ограниченны. Историк Ли, ссылаясь на архивные данные, отмечает, что в 1808 г. было рассмотрено 67 дел, в 1809-м — 22, в 1810-м — 17, в 1811-м — 25, в 1812-м — 1, в 1813-м — 6. Именно в этот период стали распространяться в Европе рассказы о жестокостях инквизиции. Согласно одному из таких рассказов, инквизиторы принимали французов в здании инквизиции в Мадриде и показывали им все помещения, заявляя, что сведения о жестоких методах трибунала содержат сильные преувеличения. Рассказывали, что один из французских офицеров, желая найти тайные камеры, разобрал плитчатый пол в одном большом зале и обнаружил темницы и камеры пыток, в которых, как он слышал прежде, содержались жертвы Святой палаты..
История злоключений Наполеона, потерпевшего поражение в России, достаточно известна. Его брат Жозеф не смог удержать Мадрид, так как не был способен противостоять военному гению Веллингтона. Жозеф вынужден был вернуться во Францию, и война за независимость закончилась. Однако вторжение французов принесло в Испанию ряд новых идей. В частности — идею конституции.
Если раньше король правил самовластно, то теперь пытался править Кастильский совет: хотя и не очень успешно, но в разных районах страны возникли органы самоуправления — хунты.
Сторонники церковной партии настаивали на восстановлении инквизиции, но кортесы признали ее несовместимой с конституцией, Право церковного суда снова было возвращено епископам. Фердинанд, прежде живший в изгнании как почетный пленник Наполеона, теперь с триумфом вернулся в Мадрид. Народ верил, что с возвращением короля закончатся все беды.
Испанцы плохо знали своего короля. Ленивый, развращенный и коварный, он не был способен выполнять выпавшую на его долю миссию.
Прежде всего, он хотел править самовластно и заявил, что не признает новой конституции, а все ее сторонники являются изменниками, которых следует казнить. Все враги короля действительно были арестованы, а 21 июля 1814 г. Фердинанд заявил о восстановлении инквизиции, и Ксавьер де Меир, епископ Альмерфский, был назначен Великим инквизитором.
Несмотря на надежды Фердинанда, освободительное движение было не так легко подавить. В 1820 г. астурийский офицер Риего поднял восстание против короля. В Испании началась революция под знаменем возвращения к конституционному строю.