Другой формой поощрения растущего капиталистического уклада явились меры по расширению применения вольнонаемного труда. 29 марта Сенат на основании именного указа Петра III запретил владельцам фабрик и заводов покупать к ним деревни для использования крепостного труда в промышленности. Это решение было временным «до принятия Уложения», то есть до нового свода законов, но тем не менее являлось весьма показательным. Может быть, император намеревался включить данное требование в Уложение и сделать его таким образом постоянным. Характерной особенностью законодательства Петра III является внимание к крестьянству и другим непривилегированным слоям населения: их положению посвящено восемнадцать процентов от общего количества указов этого времени, а фактически даже больше, поскольку некоторые детали жизни простого народа затрагивались также в манифестах и других актах общего содержания.
Несомненное влияние личных взглядов Петра III прослеживается в требовании государственной бережливости, необходимость которой была осознана наследником престола еще в молодости, когда он наблюдал чисто женское мотовство тетушки с ее тысячами платьев и бесконечными украшениями. Теперь император объявил насущной задачей внутренней политики страны борьбу с роскошью и уменьшение государственных расходов. Последнее требование соблюдалось во всем, вплоть до мелочей. Например, Коллегия иностранных дел получила указание выслать подарки грузинскому владетелю, но подобрать их «так, чтоб при этом крайняя экономия и бережливость наблюдена была и ни одного рубля напрасно потеряно не было». Решение императора по сокращению расходов являлось весьма своевременным, поскольку казна была опустошена Семилетней войной почти до основания.
Ряд мероприятий Петра III был направлен на упорядочение системы государственной власти и управления. Двадцать второго января 1762 года император установил, что словесные указы от его имени могут объявлять только сенаторы, генерал-прокурор и президенты «трех первых коллегий" — Иностранных дел, Военной и Адмиралтейской. Эти устные повеления не должны были касаться „лишения живота, чести и имения“, выдачи денежных сумм свыше десяти тысяч рублей, награждения деревнями и чинами выше подполковника. Кроме того, словесные указы не могли отменять акты, собственноручно подписанные императором. Тексты устно объявленных высочайших повелений Сенат должен был еженедельно представлять Петру III „с надлежащею отметкою об исполнении оных“. Двадцать девятого января Глебов объявил Сенату указ Петра III о создании Апелляционного департамента при Сенате и аналогичных департаментов при Юстиц-коллегии, Вотчинной коллегии и Судебном приказе для ускоренного рассмотрения жалоб по судебным делам. Шестнадцатого февраля была образована Комиссия „для обсуждения мер к приведению флотов в лучшее состояние“, а шестого марта — аналогичная Военная комиссия.
Девятого января Петр III утвердил доклад Сената об упразднении в городах полицмейстерских должностей с поручением заведывания городскими полициями губернским, провинциальным и воеводским канцеляриям, а также о подчинении Главной полицмейстерской канцелярии Сенату. Но 22 марта был принят императорский указ о восстановлении полицмейстеров в провинциях и городах в ведении губернаторов и воевод, которые по полицейским делам были подведомственны Главной полиции. Как уже отмечалось, назначенный за день до этого «главным директором над всеми полициями» Н.А. Корф должен бы л подчиняться непосредственно императору. Таким образом, дела по управлению полицией изымались из ведения Сената, что, возможно, являлось частью запланированных мер по ограничению компетенции этого органа.
Вероятно, Петр III предполагал впоследствии заняться и другими учреждениями. Однажды он сказал Штелину: «Я очень хорошо знаю, что и в вашу Академию наук закралось много злоупотреблений и беспорядков. Ты видишь, что я занят теперь более важными делами, но, как только с ними управлюсь, уничтожу все беспорядки и поставлю ее на лучшую ногу».
Упоминания о «вкравшихся злоупотреблениях» и необходимости их пресечения часто встречаются в указах Петра III, который, по-видимому, всерьез собирался наводить порядок в стране. Но для успеха этой миссии нужно было лучше знать Россию и более систематично и целенаправленно заниматься государственными делами. Тем не менее некоторые шаги в этом направлении были императором сделаны. Например, 21 марта он учредил при дворе Особую комиссию «для производства исследования по жалобам из Новой Сербии» на генерал-поручика И. Хорвата. В состав комиссии вошли доверенные лица Петра III: генерал-поручик А.П. Мельгунов, генерал-фельдцейхмейстер А.Н. Вильбуа и генерал-адъютант императора А.Г. Чернышев.
Примечательны решения Петра III в области религиозной политики и связанные с ними меры по секуляризации церковных и монастырских имений. Двадцать девятого января 1762 года А.И. Глебов объявил Сенату повеление Петра III о запрещении притеснять раскольников: «чтобы им в отправлении своих обрядов по их обыкновению и старопечатным книгам ни от кого возбранения не было». В императорской резолюции подчеркивалось, что «внутри Всероссийской империи и иноверные, яко магометане и идолопоклонники, состоят, а те раскольники — христиане, точию в едином застарелом суеверии и упрямстве состоят, что отвращать должно не принуждением и огорчением их, от которого они, бегая за границу, в том же состоянии множественным числом проживают бесполезно". Вслед за тем Сенат издал указ „разведать, нет ли где раскольнических для сожжения своего сборищ“, и в случае их обнаружения „немедленно посылать туда достойных людей“ для удержания самосожженцев „от такого пагубного намерения“. При этом раскольникам следовало объяснять, что они не будут больше подвергаться притеснениям и преследованиям. Манифестом от 28 февраля старообрядцам и другим представителям социальных низов, бежавшим за границу, разрешалось возвращаться в Россию до 1 января 1763 года „без всякой боязни или страха“.
Не менее решительно Петр III и его советники разобрались с затянувшимся вопросом об имениях духовенства и предоставлении доходов с них государству. Постановление Елизаветы Петровны от 30 сентября 1757 года о передаче монастырских деревень под управление отставных офицеров встретило резкое сопротивление Синода, вступившего в пререкания с Конференцией при высочайшем дворе и Сенатом. Последний в течение трех лет провел с духовным ведомством ряд совещаний, окончившихся безрезультатно. Седьмого января 1762 года Сенат вновь постановил «иметь с Синодом общую конференцию" и настоять на том, чтобы половина денежного оброка монастырских крестьян шла в казну. Семнадцатого января Петр III одобрил идею Сената, но затем дело приняло другой оборот. Шестнадцатого февраля император подписал составленный Волковым указ о немедленном исполнении постановления Елизаветы Петровны от 30 сентября 1757 года. Инициатива тайного секретаря в данном случае не вызывает сомнений, поскольку именно он в свое время разработал текст этого решения для императрицы, оформленного в виде протокола Конференции при высочайшем дворе. Сам Волков писал по поводу указа от 16 февраля: „Дело казалось мне справедливое, и я рад был случаю воздать должную хвалу памяти покойной государыни императрицы“. Утвержденный Петром III указ Сенату действительно начинался с восхваления Елизаветы Петровны, которая, „соединяя благочестие с пользою отечества и премудро различая вкравшиеся злоупотребления и предубеждения от прямых догматов веры и истинных оснований… Церкви“, сочла необходимым „монашествующих… освободить от житейских и мирских попечений“. Далее Сенату и Синоду объявлялся выговор за напрасную трату времени в совещаниях по уже решенному делу. Сенату повелевалось осуществить „вышеписанное узаконение“ Елизаветы Петровны немедленно и „непременно навсегда“. Указом от 16 февраля подтверждался также законодательный акт Петра I „О непострижении в монастыри без особливых именных указов“. Возможно, это положение было внесено в подготовленный Волковым текст документа по личной инициативе Петра III.