Богдан Бельский попытался организовать контрпереворот в пользу малолетнего Дмитрия. Богдан ввёл в Кремль несколько стрелецких сотен и пообещал им «великое жалование» и привилегии, если они не будут слушаться бояр, а станут подчиняться только ему. А тем временем бояре, разъехавшиеся по домам обедать, узнали о происшедшем. Никита Романов и Иван Мстиславский вернулись в Кремль с большой толпой вооружённых дворян и холопов. Стрельцы отказались открыть ворота вооружённой толпе, но одних бояр пропустили через калитку. Тогда боярская дворня попыталась взять ворота силой. На шум стал собираться народ, стрельцы схватились за оружие.
Среди москвичей разнёсся слух, что Богдан Бельский со своими приспешниками извёл царя Ивана, а теперь хочет побить бояр, извести царя Фёдора и сам сесть на царский престол.
Московские мещане и ратные люди собрались к Кремлю. Руководство толпой приняли рязанские дворяне — Ляпуновы, Кикины и др. Москвичи захватили пушки, стоявшие на Красной площади, и подтащили их к Фроловским (Спасским) воротам. Засевшие в Кремле стрельцы открыли огонь из пищалей, толпа также ответила огнём. В ходе перестрелки было убито около двадцати и ранено до ста человек.
Бельский струсил и выпустил из Кремля бояр Ивана Фёдоровича Мстиславского, Никиту Романовича Романова-Юрьева и двоих дьяков — братьев Щелкаловых. Увидев бояр, толпа заревела: «Выдайте нам Богдана Бельского: он хочет извести царский корень и боярские роды».
Тогда бояре объявили, что царь Фёдор приказал сослать Богдана Бельского в Нижний Новгород. Действительно, Богдан был отправлен в Нижний, правда, не как преступник, а на воеводство. Стрельцы покинули Кремль, успокоились и бунтовавшие москвичи.
Тем не менее обстановка в столице оставалась весьма неспокойной. По словам летописца, «пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Фёдора, чтоб был на Московском государстве царём и венчался царским венцом». Это очень любопытно — зачем явились именитые люди в Москву? В столь опасном положении Боярская дума сочла необходимым призвать в Москву «лучших людей» со всей страны, чтобы решить вопрос, кому быть царём — совершеннолетнему, но не способному править Фёдору или младенцу Дмитрию. Горсей сообщает, что собор состоялся 4 мая 1584 года в присутствии митрополита, архиепископов, епископов, игуменов и всего дворянства. До нас дошли сообщения современников иностранцев Пертея и Горсея о соборе в Москве. Англичанин Горсей даже сравнивал собор с английский парламентом.
Собор практически единогласно избрал Фёдора Ивановича на царство. 31 мая 1584 года Фёдор торжественно венчался на царство «по греческим обычаям». Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Фёдор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу (тяжёлое золотое яблоко) — Борису Годунову. Этот в принципе незначительный эпизод произвёл гнетущее впечатление на всех присутствовавших.
Царь Фёдор мало походил на своего отца. Он был небольшого роста, приземист, одутловат, имел нетвёрдую походку. С его лица не сходила блаженная улыбка. Фёдор был крайне набожен. Ежедневно он подолгу молился, любил сам звонить на колокольне. Раз в неделю царь отправлялся на богомолье в ближние монастыри.
Набожность у Фёдора сочеталась с любовью к диким забавам и кровавым потехам. Фёдор буквально упивался зрелищем кулачного и, в особенности, медвежьего боя. На его глазах вооружённый рогатиной охотник отбивался, как мог, от медведя в круге, обнесённом стеной, из которого некуда было бежать. Потеха редко обходилась без крови. Кроткий царь Фёдор периодически бил палкой ближних бояр, доставалось и шурину Борису.
Положительно отзывался о Фёдоре лишь патриарх Иов, который видел в нём разумного политика и образец государя. Все остальные современники, и особенно иностранцы, были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен... мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишён его».