В ходе Ливонской войны в конце декабря 1572 года русские войска взяли крепость Вейсенштейн (Пайда) в Эстляндии. При штурме погиб Малюта Скуратов. Иван Грозный в отместку сжёг на костре всех пленных шведов, а Скуратова велел торжественно похоронить в Иосифо-Волоколамском монастыре (в районе Волоколамска были его родовые владения). Таким образом, Годуновы лишились важного союзника, но зато смерть Малюты усилила расположение к ним царя.
Как уже говорилось, жизнь семейства Годуновых протекала в царских хоромах. Ирина росла на глазах Ивана Грозного. Более преданной родни царю было не сыскать, и 7 сентября 1580 года состоялась свадьба царевича Фёдора и Ирины. Любопытно, что месяц спустя, 6 октября, в московском Спасо-Преображенском соборе протопоп Никита венчал Ивана IV и Марию Нагую. Посаженным отцом жениха был его собственный сын — двадцатитрёхлетний Фёдор, дружкой жениха был князь Василий Иванович Шуйский, а дружкой невесты — Борис Фёдорович Годунов. Таким образом, все участники свадебной церемонии позже побывали на царском престоле.
В 1580—1581 годах царь даёт боярские чины Дмитрию и Борису Годуновым. В 30 лет получить чин боярина было лестно даже Рюриковичу, а ведь за Борисом никаких заслуг не числилось, кроме, разумеется, близости к царю. Даже двоюродный брат Бориса Степан Васильевич Годунов стал окольничим.
После свадьбы Иван Грозный выделил царевичу Фёдору большое удельное княжество, по размерам превосходившее многие европейские государства и включавшее города Суздаль, Ярославль и Кострому со многими волостями и сёлами. Это удельное княжество фактически перешло под контроль Годуновых.
С начала 70-х годов XVI века происходит резкое увеличение земельных владений Дмитрия и Бориса Годуновых. Часть земель была пожалована им царём, часть была куплена у других землевладельцев. Так, царь пожаловал Дмитрию Годунову дворцовые бортные сёла Ижевск и Киструсь в Рязанском уезде, вотчины Путилово и Беседы в Московском уезде и т. д. Дмитрий скупил вотчины во Владимирском и Дмитровском уездах. Каким-то образом ему же досталась Совьюжская волость в Солигалицком уезде, что дало Годунову огромные доходы от продажи соли.
Борис получил в приданое от Малюты Скуратова большую вотчину в Малоярославском уезде. Борис покупает у Третьяковых село Хорошово под Москвой, затем покупает несколько сел в Тверском и Бежецком районах. Каким-то образом Борис приобретает вотчину Горетево в Московском уезде и т. д.
Богатыми землевладельцами стали и троюродные братья Бориса — Григорий, Степан и Иван Васильевичи Годуновы.
Как видим, при Иване Грозном Годуновы успешно делали карьеру и богатели, что резко контрастировало с жизнью других знатных родов. Вся страна трепетала от террора психически нездорового царя.
Весной 1579 года царь Иван тяжело заболел. Не надеясь на выздоровление, он вызвал в Александровскую слободу бояр и высшее духовенство и объявил своим преемником старшего сына царевича Ивана. Он увещевал присутствующих верно служить будущему государю.
Двор двадцатипятилетнего наследника сразу стал центром большой политической игры. Но надежды бояр на перемены вскоре рассеялись: царь выздоровел. Отношения старшего Ивана с младшим ещё больше ухудшились.
В начале 1581 года в Польшу бежал Давид Бельский, который рассказал королю Стефану, что царь Иван «не любит старшего сына и нередко бьёт его палкой».
К этому времени царевич Иван имел уже третью жену. Первый раз Иван женился в 18 лет на Евдокии Юрьевне Сабуровой. Через три года Иван Грозный сосватал сыну новую жену — Параскеву Михайловну Соловую, а Евдокия была отправлена в монастырь. Вскоре в монастыре оказалась и Параскева. До нас не дошли ни поводы, ни истинные причины двух разводов царевича, но в любом случае они произошли если не по принуждению, то, по крайней мере, с согласия отца.
Третьей женой царевича стала Елена Шереметева — дальняя родственница Захарьиных-Кошкиных.
9 ноября 1581 года Иван Грозный убивает своего сына Ивана. Ссора отца с сыном произошла из-за Елены Шереметевой. По одной версии, царь застал её не вполне одетой, пришёл в ярость и избил беременную сноху посохом. По другой версии, царь не желал иметь наследника престола от Шереметевой, и недостаточное число одежд на ней (три вместо семи) было лишь поводом к расправе.