В Вильне, на том месте, где во времена язычества горел неугасаемый огонь Зничь перед кумиром Перкуна, основан кафедральный костел св. Станислава. Ягайло основал виленское епископство и первым епископом назначен был Андрей Василло. Вместе с тем обеспечено было содержание четырех прелатов и восьми каноников. С этой целью Ягайло подарил капитулу несколько значительных имений в окрестностях Вильна.
С принятием римско-католической веры Ягайло последовал за стремлением свойственного ей духа нетерпимости. Еще не прошло года со времени крещения жителей Вильна, а уже начались первые предвестия тех преследований, которые, усиливаясь беспрестанно, терзали русское население, в продолжении нескольких веков. 22-го февраля 1387 года Ягайло издал манифест, в котором объявил, что дал клятвенное обещание привести все народонаселение великого княжества к одной римско-католической вере и подчинить папскому престолу. А потом лишил русских всех преимуществ, коими пользовались католики; запретил брак между лицами разных исповеданий, разве только если лице восточного исповедания примет западное. Если же такие лица вступят в брак, не переменив своего исповедания, то не разлучать их, а всеми силами склонять и принуждать не принадлежащего к римской церкви, непременно к ней присоединиться, употребляя для успешного достижения этой цели даже телесные наказания. Может быть издание этого манифеста внушило русским летописцам сказание о жестоком преследовании русских и насильственном обращении их в Латинство Ягайлою.
Впрочем этот манифест, как свидетельствуют неоспоримые исторические факты, был обнародован, но не приведен в исполнение. Множество русских князей и бояр, занимавших важные места на поприще государственного управления, и большая часть собственно-литовской аристократ, принявшая православную виру, защищали ее усердно и деятельно. Знаменитый Витовт, принявший в руки свои власть в Литве, при жизни Ягайлы, являлся более покровителем нежели противником православия. Свидригайло, явно благоприятствовал Руси и восточному вероисповеданию. В царствование потомков Ягайлы, хотя и обнаруживались следы нетерпимости и пристрастия к католичеству, но открытаго преследования не было, а пример великого князя, Александра, вступившего в брак с дочерью Иоанна III, которая осталась верною своему исповеданию до самой смерти, свидетельствует явно, как мало заботились о исполнении манифеста Ягайлы. Решительный перевес латинства и явное преследование православия начались с восшествием на престол Сигизмунда III и усилились со времени введения Унии.
По водворении католицизма в Литве, тотчас возникли споры и несогласия между двумя исповеданиями. Западные католики основывали преимущество свое на том, что исповедание их провозглашено господствующим, а восточные, что еще прежде 1387 года большая половина Вильна исповедовала христианскую веру по обрядам греческой церкви и имела своих мучеников Ольгердовых времен.
Ягайло дал городу Вильну, по образцу главнейших польских городов немецкое городовое право, вообще называемое Магдебургским. По этому праву выбираем был горожанами, из среды их, бургомистр и члены войтовских судов, которые судили исключительно одних виленских жителей. Поселившиеся на земле, принадлежавшей замку, капитулу, костелам, епископу, не пользовались магдебургским правом. Наконец на мещан возложена обязанность защищать оба виленские замка. Ягайло поместил в обоих замках польские гарнизоны и оставил наместником Литвы Скиргайлу.
Управление этого князя не представляло ничего благоприятного для Литвы. Сидя в Троках, он не обращал внимания на Вильно, не занимался распространением христианской веры, не поддерживал промышленности ни торговли, впрочем тайно благоприятствовал русским и их вероисповеданию. Но предаваясь часто пьянству употреблял во зло власть свою и по неосновательным подозрениям и доносам осуждал на смерть приближенных и друзей своих. Ягайло, не доверяя ему и опасаясь ссоры его с Витовтом, отправил для охранения виленских замков польский гарнизон под начальством Москоржевскаго.