Опасности мирных интриг и происков уступили на время опасностям и тревогам отечественной войны 1812 года. Поляки, так увивавшиеся около императора Александра I, сделали разом volte-face [поворот на сто восемьдесят градусов (фр.)]. Они держались русского правительства, пока употребляли его как орудие для своих действий, направленных против русского народа. Теперь они бросили русское правительство как ненужную подставку. В самый день вступления Наполеона в Вильно, 16 (28) июня 1812 года, варшавский сейм преобразился в генеральную польскую конфедерацию, приглашая всех подвластных России поляков присоединиться к конфедерации, покинуть русскую службу, и уже провозглашал восстановление прежнего королевства Польского. Во главе конфедерации стоял староста Подолии, на которого Литва смотрела как на своего представителя, князь Адам-Казимир Чарторыйский. 2 июля Вильно, 12 сентября Минск торжественно приступили к этой конфедерации. В самом виленском соборе Иосиф Сераковский взывал к полякам идти на Москву под знаменами Наполеона и на стенах Кремля водрузить старинное польское знамя. От 400 до 500 студентов Виленского университета немедленно изъявили желание образовать из себя полк волонтеров. Священники, дворянство, женщины, как сказано было в 6-м бюллетене «великой армии», все требовали независимости их родины от России. Шесть пехотных полков были навербованы в Литве для этой «великой армии», а дворянство добровольно предложило от себя Наполеону I еще четыре кавалерийские полка, и все это несмотря на холодный прием, оказанный им в Вильне депутации от варшавской генеральной конфедерации, несмотря на то что он не обещал ей восстановления прежней Польши, а прямо указал, что поляки должны всего ожидать от собственного единодушия и не должны никаким движением, никакими происками тревожить Австрию в спокойном обладании Галицией (речь 30 июня (11 июля) в Вильне).
Москва узнала на опыте, каково отзывается на России этот польский патриотизм, ею же подогреваемый. Изо всех солдат Наполеона польские солдаты производили на Русской земле самые большие неистовства. Казалось, что по крайней мере теперь Россия не возьмет на себя забот о возбуждении в поляках тех самых притязаний, которые привели их на Москву. Но судьба судила иначе. Война уже приближалась к концу; для наполеоновских полчищ началось позорное и гибельное отступление. Стало явно, что ни собственною силой, ни с помощью Наполеона полякам не удастся отторгнуть от России ее исконное достояние и восстановить свое прежнее королевство. С изумительною бесцеремонностью они обратились к прежним своим проискам, и еще 7 октября 1812 г. князь Михаил Огинский представил императору Александру I проект воззвания к полякам, подданным России, герцогства Варшавского и Галиции, о том, что он восстановляет королевство Польское в пределах 1772 г. с конституцией 3 мая 1791 г. и не только дарует всепрощение за присоединение к неприятелю и за враждебные действия против России, но и обнадеживает их особенною своею милостью и покровительством, если только они действовали против России из одного лишь польского патриотизма, и сверх всего обещает вознаграждение из русского государственного казначейства за ущерб, нанесенный польским провинциям переходами и стоянкою русских войск. Это был уж чересчур либерально: император Александр I ограничился дарованием прощения (12 декабря 1812 г.); впрочем, в то же время в письме к князю Адаму Георгию Чарторыйскому (от 1 января 1813 г.) заявил, что он остается верен своим планам, но что образ действий польской армии при разорении Смоленска, Москвы и т. д. возбудил старую национальную ненависть и что герцогство Варшавское, заключив союз с Россией, должно наперед примирить с собой эту последнюю. Между тем и этого союза не потребовалось. Русские войска заняли герцогство Варшавское, которое не имело ни малейшей возможности сопротивляться. Герцогство Варшавское, имевшее еще большие размеры, чем нынешнее Царство Польское, фактически, по праву войны, было уже во власти России.