Несмотря на развитие книгопечатания в России, оно не могло удовлетворить потребность населения в книгах, поэтому в XVI—XVII вв. продолжала преобладать рукописная книга. Учебники для Славяно-греко-латинской академии, открытой в 1687 г. в Москве, также большей частью были рукописными. Издание учебников в типографиях начинается в широком масштабе только со времени Петра I. В конце XVII — начале XVIII в. Московская типография выпустила несколько учебников нового образца. В 1694 г. Карионом Истоминым был составлен букварь, в котором в художественной форме были изображены предметы обихода, названия их начинались на соответствующую букву. Сами буквы давались во всевозможных начертаниях. В 1701 г. вышел букварь Федора Поликарпова. В нем были изложены основы латинского и греческого языков. В 1703 г. был издан учебник «Арифметика» Леонтия Магницкого. В этом учебнике впервые применялись арабские цифры; до этого времени в московских книгах использовалась исключительно буквенная система цифр (греческая), так как употребление более удобной арабской письменности считалось ересью и преследовалось.
Книгопечатание привело и к массовому распространению опечаток и ошибок, которые часто искажали смысл текста. Особенно много таких опечаток было в церковных книгах, что приводило к нарушениям в ритуале идеологического воздействия на массы. В середине XVII в. патриарх Никон решил произвести систематическое и коренное исправление книг и внести соответствующие изменения в богослужение. Это вызвало массовый протест и породило целое движение, названное старообрядчеством или расколом. Старообрядчество привело к появлению большого потока литературы полемического характера. Послания противника Никона протопопа Аввакума Петровича (1620—1682) и особенно написанное им «Житие» усердно переписывались и распространялись старообрядцами. Аввакум, будучи священником Казанского собора в Москве, резко выступил против реформ Никона, за что был сослан сначала в Тобольск, затем в Даурию, в Мезень и, наконец, был сожжен вместе с ближайшими сподвижниками в срубе. Движение раскольников стало объединять недовольных не только церковным, но и общественным строем. Сам Аввакум писал, что «везде в начальных людях, во всех чинах нет никакой правды».
Раскольники не признавали книг, напечатанных после никоновской реформы, и пользовались в своих службах либо книгами старой печати, либо рукописями. Во второй половине XVIII в. они стали устраивать собственные типографии. Такие типографии строго преследовались. Книги, вышедшие из тайных типографий, часто имели сознательно неверные указания на место их печатания. В некоторых книгах-перепечатках оставлялись дословно старые выходные данные, и лишь по бумаге и шрифту можно определить, что они являются подделкой позднейшего происхождения.
В свою очередь, официальная печать, чтобы отличать исправленные книги от неисправленных, уничтожила все старые орнаментальные украшения и сделала новые деревянные доски для заставок. Во всех рисунках новых заставок обязательно имелся маленький крест, который дает возможность сразу отличить послереформенную книгу от старой.
Еще задолго до раскола в церковные книги иногда вставлялись антицерковные слова и даже целые тексты. Как установил академик Б. А. Рыбаков, в заставках и орнаменте некоторых церковных книг XIV—XV вв. зашифрованы воззвания антицерковного движения стригольников, обличавших церковников в лихоимстве и т. п. На рисунках, сопровождавших обычный религиозный текст, церковь изображалась как вместилище всех пороков и злоупотреблений. В инициалах изображались веселые, а иногда и неприличные сценки из народной жизни и содержались призывы славить бога не бесплодными молениями, а веселым пиршеством и честным трудом. При увеличении вязи орнамента были обнаружены надписи антицерковного содержания. Таким образом, исследование орнамента, инициалов и других деталей даже церковных книг может дать ценную информацию по истории нашего прошлого.
В XVII — начале XVIII в. книги для России печатались и за границей. Так, в Голландии в типографии Яна Тессинга было издано около 20 книг. Напечатаны они кириллицей, но с некоторыми изменениями: значительно уменьшено количество сокращений, введены некоторые буквы из латинского алфавита. В амстердамских изданиях кирилловский шрифт имел предельно упрощенный рисунок, но приспособить церковный шрифт к научным книгам все равно было трудно. В связи с этим под руководством Петра I разрабатывается новый шрифт — гражданский. В 1708 г. новым шрифтом была набрана первая книга «Геометрия словенски землемерие», а в 1710 г. новый шрифт был утвержден Петром I.