Его преемник, Солиман II Великий (1520-66) своими завоеваниями в Европе, Азии и Африке расширил пределы Турции и возвел ее на высшую ступень могущества. Он был фанатически предан мусульманству и являлся страшным врагом христианства. Солиман намеревался в Константинополе и других городах разрушить христианские церкви или превратить их в мечети. Известно было, что фирман Магомета II патриарху Геннадию сгорел, почему христианам не удастся доказать своих прав на свободу вероисповедания. Только с помощью больших подарков турецким властям удалось отвести эту грозу. За большие деньги удалось найти трех престарелых янычар, которые дали показания в пользу христиан. Они засвидетельствовали, что Константинополь был сдан добровольно. Все же фанатикам удалось при патр. Дионисии (1544-52) добиться снятия креста с храма Всеблаженной. Солиман сильно угнетал христианские церкви. Отбирая у них владения, он допускал выкуп их через три поколения. Церкви попали в страшную нужду. В Иерусалиме для них была установлена плата за посещение храма Воскресения. Усилилось взимание десятины детей, или подати душ, которая взималась самым варварским способом. Отбирались красивые и здоровые дети, причем независимо от возраста, которых воспитывали в мусульманстве. Поступая затем в янычары или на службу при дворе султана, они иногда достигали важных государственных должностей. Солиман увеличил подать на христиан.
Преемник Селимана, Селим II (1566-74), называвший себя разрушителем веры христиан, относился к ним так же жестоко, как и его предшественник. В 1557 г., когда турецкий флот был разбит западными союзными государствами, Селим намеревался истребить поголовно всех христиан в Константинополе, от чего его отговорил благоразумный визирь. Паши тоже проявляли свою жестокость. В 1570 г. в Иерусалим прибыл новый паша. Много монахов Лавры Саввы Освященного пришли с подарками поздравить его. Паша подарки принял, но, указывая на то, что нельзя допустить такое множество людей в одном монастыре, приказал многих из них тут же умертвить. Селим одобрил распоряжение паши.
Большим гонениям подверглись христиане при следующем султане Мураде III (1574-95), корыстолюбивом, развратном, любившем роскошь. Он распорядился отобрать в Константинополе все церкви. Патр. Иеремия II (1572-94) с твердостью восстал против такого распоряжения, ссылаясь на фирман Магомета II. Он был заключен в тюрьму и затем сослан на остров Родос. Во время его заточения в 1586 г. церковь Всеблаженной и еще один храм были превращены в мечети. Та же участь постигла бы и другие церкви, если бы христиане не откупились золотом, и за них не вступились иностранные посланники. Патриархию перенесли в две церкви и, наконец, в 1609 г. - к церкви св. Георгия в Фонаре (квартал города), где она находится и теперь.
Преемник Мурада, Магомет III (1595-1603), отличался корыстолюбием и особенной жестокостью. По его приказанию, 19 его родных братьев были удавлены на его глазах, а беременные жены его отца, Мурада, брошены в море. В его правление христиане страдали, главным образом от насилий и грабительства янычар и пашей. Янычар стали побаиваться сами султаны.
В конце 16 века Турция вошла в близкие отношения с западной Европой и преимущественно с безнравственной и своекорыстной Венецианской республикой. Влияние ее сказалось в Константинополе. Султаны были корыстолюбивые, безнравственные и ленивые деспоты. Великие визири, управлявшие от их имени государством, допускали всевозможные злоупотребления и старались лично обогатиться. Паши делали то же самое на местах. В войсках упала дисциплина янычары постоянно устраивали бунты, грабежи и убийства. И от всего этого больше всего страдало бесправное христианское население. Турки с 17 и даже с 16-го веков начали играть роль в системе политического равновесия Европы и потому слишком опасались заступничества за христиан со стороны западноевропейских государств. Россия не была еще сильной. В 17 и 18 веках бывали султаны, собиравшиеся истребить всех христиан. Сделать это намеревался Мурад IV (1623-40), когда к Константинополю подступили казаки, из опасения, чтобы к ним не присоединились христиане. Только благоразумные члены дивана отговорили его. То же случилось, когда в 1768 году русские войска разгромили турок. Мустафа III положил истребить христиан во всей своей империи, подозревая их в сочувствии России. Представление патр. Самуила и знатных греков, подкрепленные подарками приближенным султана, отвратили опасность.
Низложения, ссылки, умерщвления патриархов - частые явления. В 17 веке патриарха Кирилла Лукариса, правившего с 1613 по 1638 г., по приказанию Мурада IV, несколько раз ссылали в заточение и, наконец, задушили (1638). Патр. Кирилл II также был задушен в 1639 г. Патр. Парфений II, трижды правивший, был удавлен в 1650 г. Патр. Парфений III (11656-57) был удавлен, и прославляется греческой церковью как священномученик. С 1622 по 1700 год на патриаршем престоле сменилось 48 патриархов, причем некоторые из них по два, три и пять раз возводились на престол и свергались. Вообще редким явлением была смерть правящего патриарха. Правда, греческие архиереи своими интригами часто давали повод туркам по их усмотрению распоряжаться патриаршим престолом. Но чаще к этому турок побуждало их корыстолюбие. Понадобятся султану или великому визирю деньги, - они низлагают одного патриарха и ставят другого, который, по обычаю, вносит пескезий. Не внесет патриарх ежегодной подати, его низлагают и ставят другого, с которым повторяется та же история. Отправится патриарх, с разрешения правительства, в Россию для сбора пожертвований - его, по возвращении, обвиняют в измене, низлагают и отбирают имущество и т. п. Турецкое правительство, поступая так, довело патриаршее достоинство до крайнего унижения. Должность патриарха сделалась должностью чиновника, назначаемого и увольняемого правительством. При этом впоследствии утверждение патриархов производилось не султаном, а великим визирем. О жаловании патриархам из казны, которое назначил Магомет II, теперь не было и речи.
Вообще все восточные христиане подвергались насилиию и жестокости со стороны турок. Янычары, во время бунтов, прежде всего нападали на христиан. Так в 1737 г., бунтовавшие янычары напали на патриархию и потребовали от патр. Паисия II большую сумму денег. Не получив ее, они ворвались в храм, изрубили в куски св. мощи, вылили св. миро, попирали ногами Св. Дары, уничтожили много икон и т. п. От янычар не отставала и чернь, подстрекаемая муллами. Взрывы фанатической черни против христиан во всей турецкой империи в 17 и 18 веках были нередкими и сопровождались избиением христианского населения.
Гражданские права христиан в 17-18 веках ущемлялись и все больше ограничивались. Они стали бесправными. Их обкладывали очень большими податями. Положение ухудшалось тем, что сборщиками чаще всего были евреи, работавшие на откуп. Откупщики, вместе с пашами, старались не только собрать положенное, но и приобрести барыши. Обеднение христиан было большое. Военная и гражданская служба была для них закрыта, т. к. на них смотрели, как на рабов. Исключение делалось только для флота, куда допускались христианские жители островов архипелага, хорошо знавшие морское дело. С конца шестидесятых годов 17 века греки стали занимать при дворе султана должности драгоманов и нередко приобретали большое значение в управлении делами по сношениям с иностранными государствами. Но на эту должность назначались греки из немногих знатных фамилий. Известны они под именем фанариотов. Они жили в квартале Фанар, богатели и образовали среди греков особое сословие.