В 971 г. византийский имп. Иоанн Цимисхий завоевал предбалканскую Болгарию с Доростолом. Патриаршую кафедру перенесли в Сердику (Софию), затем в Воден, Моглену, Пресну, и, наконец в Охриду. В Болгарии того времени возникла крупная ересь богомилов. Но появились примеры и аскетической жизни. Наиболее ярким выразителем аскетизма был преп. Иоанн Рыльский (ум. 946 г.), положивший основание знаменитой Рыльской обители, оставшейся навсегда всенародной святыней Болгарии.
В 1019 г. имп. Василий, прозванный Болгаробойцем, завоевал все Болгарское царство и положил конец его существованию. Но он же подтвердил сохранение автокефалии охридской Церкви, поставив архиепископом Иоанна. Но в скором времени она преобразовалась в греческую, т. е. ее архиепископами, начиная с Льва Болгарского, императоры назначали греков. Некоторые из них заботливо относились к своей болгарской пастве. Таким был, напр., бл. Феофилакт, оставивший "Благовестник" и другие труды.
В 1185г. болгары свергли греческое иго. Два брата, бояре Петр и Асень, восстановили царство, хотя и не в прежних пределах, со столицей в Тернове. Так как архиепископия находилась во власти греков, то, по распоряжению новых государей, в 1185-6 г. был поставлен болгарский архиепископ, с кафедрой в Тернове. Оказалось два автокефальных болгарских архиепископа - один в Византии, другой в Болгарии. Цари Петр и Асень и преемник их Иоанн Калиан (1195-1207) находились в неприязненных отношениях с Византией. Нуждаясь в признании другими государствами, Болгария завязала отношения с папой. На папском престоле был известный Иннокентий III. Он предложил царю Калияну короновать его, но с подчинением болгарской церкви папскому престолу. В 1204 г. папский легат короновал Калияна королевским венцом, а терновского архиепископа Василия возвел в звание примаса болгарской церкви. Но подчинение состоялось только на бумаге и в политических целях. Сношения с Римом вскоре прекратились.
После завоевания крестоносцами в 1204 году Константинополя, греческая империя ограничилась малоазиатскими владениями (Никейское государство). Болгарское же царство, при царе Асене II (1221-45), обладая большей частью Балканского полуострова, достигло высшей степени своего могущества. Вследствие этого греческий имп. Иоанн Дука (1222-55) просил руки дочери Асеня для своего сына. Используя такое положение, Асень добился того, что император и патриарх константинопольский, с другими патриархами, предоставили тер-новскому архиепископу титул патриарха, после чего он стал именоваться, как и архиепископы первого царства, патриархом. Первым патриархом, посвященным в Лемсаке в 1234 г., был Иоаким I. В последующие времена константинопольские патриархи, признавая за тернов- скими архиепископами автокефальные права и патриарший титул, все-таки не признавали их равными себе.
В пятидесятых годах 14 в., при патриархе Феодосии II, в Тернове состоялся собор по поводу ереси богомилов, продолжавшей еще смущать болгарскую Церковь и после формального суда над еретиками во время владычества в Болгарии греков. Последним патриархом во второй половине 14 века был Евфимий. Он известен не только своей ревностной пастырской деятельностью, но и особенными своими трудами по исправлению богослужебных книг. Исправленные патр. Евфимием "добрые терновские изводы" разошлись не только по Болгарии и Сербии, но были принесены и в Россию.
В 1393-98 гг. Болгария пала под оружием османских турок, еще раньше утвердившихся на Балканах, а вместе с ней окончилось и существование терновского патриархата. Последний патриарх Евфимий, после взятия Тернова, был изгнан из своей соборной церкви, обращенной турками в мечеть, а затем в скором времени сослан в заточение. Патриархия, стараниями греков, была закрыта и все ее епархии подчинены константинопольскому патриарху. Охридская же архиепископия, став греческой, осталась автокефальной как до падения Византийской империи (1453 г.), так и после него. Только в 18 веке патриарху Самуилу I удалось (1767 г.), подчинить ее своей власти.
Греки, сами страдая от турок, не стеснялись умножать страдания болгар. Они отняли у них национальную иерархию. Греки-епископы, преследуя свои интересы, делали все, чтобы только подавить болгарскую народность, не говоря уже о поборах и вымогательствах. Испытывая двойной гнет и не имея своего объединяющего центра, которым мог быть терновский патриарх, болгары в течение 400-летнего рабства стали утрачивать свое национальное сознание. Некоторые принимали мусульманство и примыкали к туркам. Некоторые, главным образом в городах, усваивали греческую народность и её язык. Богослужение в городах и многих сёлах совершалось на греческом языке. Болгарской письменности почти не существовало. Известны только некоторые труды болгар. В 1762 г. хиландарский монах Паисий, родом болгарин из Самокова, написал книгу: "История славяноболгарска о народах, и о царях, и о святых болгарских", в которой приводятся из тьмы забвения факты минувшей славы болгарского народа, как предмет, достойный памяти и подражания. Ученик Паисия, Софроний, еп. Врачанский (1815 г.), издал на новоболгарском языке: "Собрание поучений, переведенных со старославянского и греческого языка" (Кириако-дромион, Рымник, 1806 г.), которая тоже указывала на живучесть болгарской народной речи, заслужившей внимание и сочувствие своего народа (Прав. Богослов. Энциклопедия). Среди деревенских жителей еще сохранялась болгарская национальность, но вследствие забитости и притеснений со всех сторон национальное сознание у них было развито слабо.
В 19 веке христианские народности, подвластные Турции, мало-помалу, при содействии России, начали приобретать политическую и религиозную независимость. Началось движение в пользу национального возрождения, затронувшее и церковный быт. После "гатти-гумаюна" 1856 г. болгары, основываясь на нем, просили о назначении епархиальным архиереям определенного жалования, взамен тех податей и поборов, которыми их облагали архиереи-греки. Правительство передало это дело константинопольской патриархии, которая отказала болгарам в их просьбе. Не имела успеха и просьба болгар иметь им архиереев-болгар по выбору патриархии. После этого раздраженные болгары решили формально отложиться от константинопольского патриарха.
В 1860 г., 3 апреля, в первый день Пасхи, во время торжественного богослужения в церкви при болгарском подворье, депутаты и болгары, проживавшие в Константинополе, за- претили еп. Илариону (из огречившихся болгар, не принявшему сторону болгарской народности), возношение при богослужении имени константинопольского патриарха. С этого времени и началась греко-болгарская распря. В самой Болгарии часть епископов из болгарских уроженцев также примкнули к национально-церковному движению. Архиереи же греки удалились из епархий и лишились власти. Турецкое правительство отправило епископов, отложившихся от патриарха, в ссылку в Малую Азию, откуда они через некоторое время были возвращены.