Крестовые походы, вместо ожидаемого облегчения участи восточных христиан, принесли им много зла. До сих пор их притесняли сарацины и турки, теперь же стали притеснять и латиняне. Крестовые походы начались по инициативе пап. Убеждая крестоносцев освободить от власти неверных св. Землю и Гроб Господень, папы имели в виду еще другую цель - распространить, при их пособничестве, свое влияние на востоке и даже подчинить себе восточные церкви. Для пропаганды латинства на востоке и своей власти, они посылали туда, вместе с крестоносными ополчениями, своих епископов, священников и монахов, которые сами лично и с помощью крестоносцев страшно притесняли восточных христиан. Притеснения начались со времени первого же крестового похода (1096 г.). Так, проходя через европейские владения Византийской империи, грубые крестоносцы, подстрекаемые латинским духовенством, с презрением и неприязнью относились к грекам и православной церкви. Были даже случаи ограбления греков крестоносцами. Когда же они пришли в Азию и стали понемногу отнимать у турок греческие области, то своей насильственной пропагандой в пользу латинства и папства совершенно вытеснили православное население востока.
Только благодаря хитрой политике византийского императора Алексия 1-го Комнина, некоторые малоазийские области и города, отнятые крестоносцами у султана, например, Никея, не подверглись влиянию латинян. В Сирии же и Палестине они взяли решительный перевес над православными. Так, завоевав Антиохию (1098 г.), они поставили там своего латинского патриарха и подчинили ему Антиохийскую православную церковь. Патриарх Антиохии, престарелый Иоанн должен был оставить свою кафедру и искать убежища в Константинополе; там он и умер. То же было и после взятия крестоносцами Иерусалима (1099 г.); латиняне и здесь поставили своего патриарха. Православный патриарх Иерусалима, Симеон, подавший первую мысль об освобождении Гроба Господня, был забыт. Он удалился на Кипр и там скоро умер. Хотя православные и выбрали ему преемником Евфимия, но не имея возможности устроить кафедру в Иерусалиме, он все время проживал в Константинополе. Вместе с тем латиняне в завоеванных областях поставили своих митрополитов и епископов: в Вифлееме, Тире, Кесарии, Назарете и других городах. Все они зависели от латинского патриарха в Иерусалиме. При таком усилении латинской иерархии на востоке, естественно, православные монастыри и церкви поступили в их распоряжение.
По праву завоевателей, латиняне считали и все православное население востока принадлежащим к их церкви и, поэтому, требовали от всех безусловного подчинения папе. Если же со стороны православных были попытки восстановить значение православной церкви, то латиняне с негодованием отвергали их. Так было, например, в начале 12-го века, когда Византийский император Иоанн Комнин (1118-1143 г.), просил крестоносцев разрешить жить в Антиохии православному патриарху вместе с латинским. Сами латиняне свидетельствовали об усилении своей церкви на востоке. Во второй половине 12-го века один латинский епископ доносил папе, что церковь их начала процветать на востоке и Господний виноградник начал пускать новые отрасли.
Положение крестоносцев в Палестине было непрочно и держалось только силой оружия. Когда у них начались раздоры, христианские государства на востоке стали приходить в упадок. Турки вели с ними постоянную борьбу и султаны Нурредин и Саладин отняли у крестоносцев Иерусалим и другие города. Только тогда был восстановлен православный патриарх в Иерусалиме. В конце 13 века турки положили конец владычеству крестоносцев на востоке. Притеснения со стороны латинян испытывали еще с первого похода крестоносцев преимущественно церкви Сирии и Палестины. Со времени же 4-го похода (в начале 13 века) иго латинян испытала на себе и константинопольская церковь.
В 1195 году византийский император Исаак II Ангел был низвержен с престола, ослеплен и заключен с тюрьму своим братом Алексеем III, который провозгласил себя императором. Сын Исаака, царевич Алексей, бежал из Константинополя и отправился на запад искать помощи против дяди. В это время готовился четвертый крестовый поход и крестоносцы собирались уже в Венеции, чтобы оттуда отправиться на Восток. Сюда же прибыл и царевич Алексей. Он просил крестоносцев, прежде чем отправиться в Палестину, помочь ему и его отцу в возвращении престола. Венецианский дож, Генрих Дондоло, рассчитывая, что из этого дела Венецианская республика может много выиграть для своей торговли, убедил крестоносцев согласиться на предложение царевича. К тому же Алексей обещал им заплатить 200 000 марок серебра, снабжать в течение года продовольствием, послать с ними в Палестину 10 000 войска и постоянно содержать там 500 рыцарей и, наконец, обещал подчинить восточную церковь папе. В 1203 году крестоносцы подошли к Константинополю и немедленно приступили к осаде. Малодушный Алексей III ночью бежал из города. Тогда греки сочли за лучшее возвести на престол сверженного Исаака Ангела, вместе с его сыном Алексеем IV. Цель похода крестоносцев была достигнута. Оставалось только выполнить договор, заключенный с ними царевичем. Хотя Исаак подтвердил этот договор, но выполнить его было трудно. В казне денег не было, платить нечем. Императоры объявили новые налоги, стали забирать церковные драгоценности - золотые и серебряные оклады с икон и сосуды. Но такие действия вызвали крайнее недовольство греков, которое еще более усилилось, когда выяснилось, что царевич обещал подчинить папе Восточную церковь. Алексей был в дружеских отношениях с крестоносцами, но они раздражали греков своим поведением и уже было несколько кровавых столкновений.
Положение дел в Константинополе было напряженное. Вскоре оно разрешилось возмущением: народ потребовал избрания нового императора. Этим воспользовался один из предводителей возмущения, некто Алексей Мурзуф. Царевич Алесей IV по его приказанию был удавлен, а старый и больной Исаак вслед за тем умер с горя. Мурзуф был провозглашен императором. Крестоносцы, потеряв надежду получить обещанное, решили сами себя вознаградить разграблением Константинополя. К этому же подстрекало их и латинское духовенство, имея целью подчинение Восточной церкви папе. Они вторично осадили город и вскоре его взяли. Алексей Мурфуз, патриарх Иоанн Каматир и тысячи греков бежали. Крестоносцы же, мужи крови (по выражению современного им историка), предали Константинополь огню и мечу. Они убивали поголовно всех греков, не различая ни пола ни возраста, грабили церкви и монастыри, расхищая ценности, грабили даже св. мощи, древние рукописи и книги, которые потом переправляли на запад. К этому они еще присоединили поругания бесчестили монахинь, вводили в церковь лошадей, иконы бросали на землю и, сидя на них, пиршествовали и играли в карты. Латинское духовенство не только не останавливало крестоносцев, но даже помогало им в грабеже и поругании святынь. Словом, латиняне поступили с Константинополем так же варварски, как впоследствии поступали с ними турки.