Чехи при решении всех дел получали в университете 3 голоса, а немцам был оставлен один голос. Это было большой победой чехов. В декрете было сказано, что коренные жители должны пользоваться в своём государстве преимуществами по сравнению с чужеземцами, под которыми в первую очередь подразумевались немцы. Немцы не хотели признать декрет и продолжали выбирать по три человека в экзаменационные и другие комиссии. Чехи выбирали по новому закону. Занятия и экзамены срывались. Между студентами чешской и немецких наций происходили столкновения. Немцы не соглашались подчиниться декрету. Поэтому в мае 1409 г. по приказу короля в университет был послан вооружённый отряд, и ректор должен был отдать печать, казну и матрикулы (списки) университета. Лишённые привилегий, немцы дали клятву не учиться в реформированном университете. Несколько тысяч немецких магистров и студентов покинуло Прагу. В том же году ими был основан университет в Лейпциге по образцу Пражского.
Пражский университет после реформы превратился в национальное чешское учебное заведение. Он стал центром реформационных идей. Гус был избран первым ректором реформированного университета. Его учение широко распространялось по всей стране. «Германия, страна филистеров, неистовствовала против Гуса, как против еретика-виклефита и заклятого врага „священной“ нации…Как защитник национальных и народных прав Гус становился тем популярнее среди чехов, чем яростнее нападали на него немецкие остолопы»[13].
Высшее духовенство, испуганное ростом популярности революционных идей, возбудило против Гуса дело в папской курии по обвинению его в ереси. В связи с этим в Чехии снова запретили книги Виклефа. Папа обнародовал буллу об искоренении виклефистов[14] в Чехии и сожжении книг Виклефа. В 1410 г. в осуществление буллы пражский архиепископ Збынек Заяц приказал отдать ему на просмотр книги Виклефа. На двор архиепископа было доставлено до 200 экземпляров книг, из которых несколько книг были очень красиво украшены. Гус и его друзья ждали замечаний об ошибках в этих книгах. Но колокольный звон и торжественные звуки песнопения «Тебе, бога, хвалим…», доносившиеся с архиепископского двора, возвестили о сожжении книг английского реформатора. На следующий день вся Прага распевала насмешливую песенку о том, что Збынек Заяц сжёг книги, не зная, что в них написано. В песенке содержался намёк на безграмотность архиепископа. Сожжение книг вызвало волнения в Праге. Король Вацлав приказал возместить стоимость книг владельцам и наложил арест на доходы архиепископа. Ян Гус, несмотря на отлучение папы, ещё смелее выступал в Вифлееме и говорил, что в делах веры должно повиноваться больше богу, чем людям. В университете чешские магистры выступали с защитой книг Виклефа в публичных лекциях, привлекавших большое внимание. Гус и Иероним принимали в этом участие. Король и королева ходатайствовали за Гуса перед папой, который вызывал его в Рим. За отказ явиться в Рим Гус был ещё раз отлучён от церкви, а на страну архиепископом был наложен интердикт.