Римляне стремились препятствовать укреплению Македонского государства. В частности, они пытались создать проримскую партию в среде высшей македонской знати и возвести на македонский престол своего ставленника — сына Филиппа Деметрия, который жил долгие годы в Риме в качестве заложника. Однако эта политическая интрига римлян не удалась: Деметрий был казнен и на македонский престол после смерти Филиппа вступил другой его сын — Персей, убежденный противник Рима. Персей повел открытую антиримскую политику. Он начал создавать антиримскую коалицию. К нему примкнули Иллирия и Эпир. Вмешательство римлян во внутренние дела греков доставило Персею многочисленных союзников. Коалиция была направлена против Рима и против его союзника — Пергамского царства. Антиримская деятельность Персея стала известна в Риме. На закрытом заседании сената с участием пергамского царя война с Македонией была решена и объявлена в 171 г. до н. э.
Вначале римляне вели военные действия вяло и терпели поражения. Римские дипломаты стремились разложить созданную Персеем антиримскую коалицию. Греческие союзники Македонии оказались ненадежными и с появлением римских легионов в Греции вновь перешли на сторону Рима. Персей, оставленный своими греческими союзниками, попытался повести с Римом мирные переговоры, но сенат отклонил его предложения.
В 169 г. до н. э. легионы под командованием консула Луция Эмилия Павла начали наступление на Македонию. Персей отступал к Пидне, решив оборонять горные проходы в Македонию. Здесь, при Пидне, в 168 г. до н. э. произошло решающее сражение, которое Персей проиграл. Персей бежал, но был настигнут и захвачен римлянами. Ему была сохранена жизнь, он был поселен в Италии и умер римским пленником два года спустя. Разбив македонян, Эмилий Павел двинулся со своей армией против союзников Персея — иллирийцев и Эпира. Он разгромил эпиротские города и совершенно опустошил эту страну; 150 тыс. эпиротов были проданы в рабство. В результате победы над Персеем римляне уничтожили Македонское государство. Специальная сенатская комиссия разделила страну на четыре округа. Каждый округ был совершенно самостоятельным — чеканил свои монеты и не имел права сноситься с другими округами. Граждане данного округа не имели права приобретать землю в другом округе. Было запрещено разрабатывать золотые россыпи, вывозить соль и корабельный лес. Это наносило македонскому населению громадный ущерб и затрудняло нормальное функционирование его экономики. Иллирия была также разделена на три округа и устроена по примеру Македонии. В Греции римляне подвергли наказаниям всех, кто был на стороне Персея. Более 1000 ахейцев были отправлены в Рим в качестве заложников, в том числе и знаменитый впоследствии историк Полибий. Господство римлян в Греции, отвечавшее интересам господствующих кругов, встречало глухое недовольство широких масс населения. Попытки протестов жестоко подавлялись.
Уничтожение единого Македонского государства привело к резкому изменению всей внешней политики Рима на Востоке. В первую очередь для Рима отпала необходимость в сохранении родосско-пергамского союза и в дальнейшем укреплении этих государств. Наоборот, Рим теперь был заинтересован в их ослаблении. Воспользовавшись восстанием галатов, отданных в свое время Римом под протекторат Пергама, римляне объявили самостоятельность Галатии. Они признали также свободной и Пафлагонию. Желая создать затруднения для Пергамского царства, римляне заключили союз с Вифинией, постоянно враждовавшей с Пергамом, и с Гераклеей Понтийской, торговым конкурентом Пергамского царства, создав тем самым повод для постоянных трений между этими государствами.
Еще более суровой была политика Рима по отношению к Родосу. Третья Македонская война нанесла ущерб родосской торговле, нарушая нормальные экономические связи в Восточном Средиземноморье. Родос неоднократно ратовал за прекращение войны перед римским командованием. Наконец, родосцы объявили, что если война не кончится, то Родос должен будет вступить в войну против римлян. Они даже заключили военный союз с Критом, но явно переоценили свои силы и после победы над Персеем просили римский сенат даровать им прощение и союз. Римляне воспользовались этим случаем для ослабления Родоса: ценой лишений всех владений в Малой Азии родосцы избежали войны с Римом и получили титул «друзей и союзников римского народа», который на самом деле прикрывал прямую зависимость от Рима.
Желая ущемить экономические интересы Родоса, Рим объявил остров Делос «свободным» портом — «порто-франко». Через него и пошли теперь вся торговля и связи с Востоком. Делос становился главным портовым центром в Эгейском море, в частности центром работорговли.