В этой политике разрыва со старыми македонскими традициями препятствием для Александра стала его собственная армия, до сих пор представлявшая основную опору его власти. Поэтому Александр стремится изменить ее характер, включив в нее 30 тыс. юношей, которые еще во время похода мальчиками были отобраны из местного населения и обучены греческой грамоте и умению обращаться с македонским вооружением. С этой целью, а также заботясь о подъеме боеспособности войска, царь велит отправить по домам воинов, «не годных к военной службе по старости и увечьям». Приказ вызвал настоящий бунт, в котором приняли участие и другие македоняне, но Александр круто расправился с зачинщиками и в результате 10 тыс. македонян были отправлены по домам. Он проводит и некоторые другие реформы в армии, включая в нее новые контингенты из местных племен, но теперь уже соединяя македонян и персов внутри отдельных подразделений.
Вместе с тем греки и македоняне оставались народами — завоевателями. Когда по возвращении Александру пришлось сместить многих сатрапов, которые во время походов в Среднюю Азию, считая маловероятным, что он вернется, почувствовали себя независимыми, то во всех важнейших областях сатрапами были назначены македоняне и греки.
Александр по существу мало изменил прежнюю административную систему Ахеменидов: сочетание сатрапий и зависимых государств. Правда, боясь сепаратизма сатрапов, он ограничил их власть гражданскими делами, поставив наряду с ними военных комендантов, подчиненных непосредственно ему самому.
Среди других мероприятий Александра в политической области особое место занимает указ 324 г. до н. э. о возвращении в греческие города всех изгнанников и восстановлении их в правах собственности. Отношения Александра с греками Балкан формально регулировались статьями соглашения о Коринфском союзе. Указ 324 г. до н. э. противоречил принципам невмешательства во внутренние дела полисов, предусмотренным этим соглашением. Изменения, которые произошли в характере власти Александра во время похода, сделали Коринфский союз ненужным, и если раньше Александр интерпретировал его принципы так, как ему это было нужно, то теперь он просто игнорирует этот союз, поручая Антипатру в случае необходимости применить против ослушавшихся полисов военную силу.
С греками связано еще одно мероприятие Александра — это насильственное обожествление его личности. Неясность свидетельств источников не позволяет решить, Александр ли потребовал своего включения в число олимпийских богов в качестве тринадцатого божества или греки сами пошли навстречу его желанию. Во всяком случае несомненно, что обожествление Александра шло в общем русле его политики и должно было освятить его власть.
В организации управления и эксплуатации местного населения немаловажная роль принадлежала вновь основанным городам. Проблема колонизации, вопрос о том, сколько именно городов основал Александр и с какой целью, вызвали оживленную дискуссию среди ученых нового времени. Согласно Плутарху, Александр основал 70 городов, но цифра эта справедливо подвергается сомнению. Сопоставление литературной традиции с данными археологии позволяет говорить примерно о 30 городах, важнейшие из которых — Александрия в Египте, Александрия Ариана (Герат), Александрия Арахозия (Кандагар). Почти все города были основаны на востоке империи, в Иране, Средней Азии и Индии. В историографии существует тенденция рассматривать эту политику Александра как стремление принести на отсталый Восток более высокую городскую культуру эллинов. Однако города в перечисленных землях существовали уже давно, а кроме того, Александр, основывая новые города, преследовал прежде всего военные цели, видя в них опорные пункты своей власти. Поэтому города и строились главным образом там, где сопротивление оказывалось наиболее сильным. Та цель, которую преследовал Александр при основании городов, соответствовала общим тенденциям его политики — города не были полисами со свойственными им органами самоуправления, состав их населения был смешанным. Это были подданные царя, поставленные под контроль его уполномоченных.