Следует, однако, иметь в виду, что природные условия архипелага предопределили и значительную изолированность друг от друга отдельных регионов. Начиная по крайней мере с VII в. и вплоть до «обновления Мэйдзи» (1867 г.), политико-административная карта Японии неизменно представляла собой структуру, образованную 60–70 провинциями. Подавляющее большинство из них располагало выходом к морю, а также имело в своем составе как равнинные, так и горные участки, что делало эти провинции в значительной степени самообеспечивающимися образованиями. Такая самообеспеченность ресурсами явилась материальной предпосылкой политического сепаратизма, который мы наблюдаем на протяжении достаточно продолжительного исторического периода (без всяких оговорок о «единой Японии» можно говорить лишь после «обновления Мэйдзи»).
Кроме того, следует отметить большую протяженность Японского архипелага. Узкая гряда островов вытянута в направлении с северо-востока на юго-запад в пределах от 45 до 24 градусов северной широты, что обеспечивает сильно различающиеся между собой экологические условия обитания населении для разных регионов этой страны, чему способствует и обилие гор, служащих естественным консервантом локальных особенностей стиля жизни. Еще в XIX в. обитатели севера и юга Японии испытывали значительные лингвистические затруднения при общении друге другом (не изжиты они окончательно и в настоящее время).
Начиная с яёй и вплоть до второй половины XIX в. из зоны «японской» культуры и истории в значительной степени выпадает Хоккайдо (прежде всего потому, что там было невозможно рисоводство, а японское государство было заинтересовано в первую очередь в освоении потенциально рисовыращивающих территорий). Архипелаг Рюкю в силу его удаленности от Кюсю и Хонсю также ведет вполне независимое культурно-хозяйственное и историческое существование начиная с яёй и окончательно попадает в сферу влияния Японии только после присоединения к ней в 1879 г., когда была образована префектура Окинава.
Японские реки, берущие свое начало в горах и впадающие в море, короткие и бурные, текут почти исключительно в широтном направлении, но ни одна из них не пересекает главные острова архипелага насквозь (т. е. пройти водным путем от Тихого океана до Японского моря было невозможно). Вследствие этого значение рек в качестве транспортных и информационных артерий было ограничено, и они не играли той глобальной объединяющей роли (хозяйственной и культурной), которая принадлежит великим рекам в других древних цивилизациях (Нил, Янцзы, Волга и т. д.). Альтернативу речному сообщению могли составлять прибрежные морские пути и, в особенности, сухопутные дороги. Строительство последних активизируется в периоды сильной централизованной власти — периоды Нара (710–784), Токугава (1603–1867), после Мэйдзи.
Следует подчеркнуть особую значимость моря для хозяйственной жизни японцев ввиду чрезвычайного богатства морепродуктов в прибрежных водах. Поскольку в непосредственной близости от архипелага встречаются теплые и холодные морские течения, это создает очень благоприятные условия для размножения планктона и воспроизведения рыбных запасов. В настоящее время в прибрежных водах архипелага обитает 3492 вида рыб, моллюсков и морских животных (в Средиземном море — 1322, у западного побережья Северной Америки — 1744). Подавляющее большинство их концентрируется в районе Рюкю, однако наиболее продуктивные виды добываются на Хонсю и Хоккайдо. Особенно важным фактором сточки зрения добычи пищевых ресурсов было наличие богатых запасов кеты и горбуши, поднимающихся на нерест в материковые (островные) реки северо-восточного Хонсю и Хоккайдо.
Несмотря на заимствование японцами иероглифов из Китая, в стране имеют хождение и некоторые чисто японские иероглифы. Большинство из них были сконструированы ввиду отсутствия в Китае определенных видов растений и пород рыб.
В связи с этим необходимо отметить: морской промысел в прибрежной зоне являлся для Японии не чем-то, что носит по отношению к земледелию лишь дополнительный характер, но необходимым фактором его полнокровного развития в том виде, в каком оно там сформировалось. Морской промысел был для японцев основным источником животного белка, микроэлементов, соли (залежи каменной соли на территории архипелага отсутствуют). Мелкая рыба использовалась также и в качестве удобрений для суходольного земледелия. Это позволяет говорить о фактическом (и притом весьма значительном) увеличении территории, подверженной интенсивному хозяйственному освоению.