25 июня 1593 г. недалеко от Парижа, в древнем Сен-Дени, король торжественно перешел в католическую веру. Несмотря на запреты герцога Майенского и лигерского руководства, толпы парижан отправились приветствовать короля, которого они совсем недавно именовали не иначе, как «еретик Бурбон». Лион, Орлеан, Мо, Перонн изгнали лигерских правителей и присягнули королю. 27 февраля 1594 г. в соответствии с коронационным чином было произведено миропомазание короля.
Достоверных сведений о том, произносил ли король знаменитую фразу «Париж стоит мессы», не сохранилось. Однако 21 марта 1594 г. король во главе четырехтысячного отряда въехал в город через ворота Сен-Дени, заранее открытые лигерским комендантом Парижа Бриссаком, которому был обещан маршальский жезл и солидная пенсия.
Генрих IV еще долго отвоевывал страну, чередуя военные действия и торги с лигерскими вождями, обещая им должности и пенсии, а городам — сохранение их привилегий и амнистию. В 1595 г. он объявил войну Испании, ослабленной неудачами в борьбе с Англией и Северными Нидерландами, но представлявшей по-прежнему грозную силу. Король, однако, в какой-то мере сумел осуществить старый план адмирала Колиньи — сплотить дворянство вокруг короля в «патриотической» войне. Этому способствовало и папское прощение: французские послы убедили папу Климента VII не осуждать короля и от его имени произнесли в Риме формулу отречения от ереси. После этого на сторону Генриха IV перешли герцог Майенский и герцог Гиз — сын убитого Генриха Гиза. Вскоре они совместно с королем выступили против испанцев, угрожавших в 1597 г наступлением на Париж.
В феврале 1598 г. сдался последний из лигеров — губернатор Бретани герцог Меркер. 13 апреля 1598 г. в Нанте король подписал знаменитый Нантский эдикт, явившийся формальным завершением Религиозных войн. По сути, он повторял серию «эдиктов умиротворения», начало которым было положено еще канцлером Лопиталем. Гугеноты, или, как они официально именовались, «приверженцы так называемой реформированной религии», уравнивались в правах с католиками. Им разрешалось занимать государственные должности, в парламентах создавались «смежные палаты» для разбора дел между ними и католиками. Секретные статьи Нантского эдикта предоставляли гугенотам несколько крепостей и оставляли за ними право собирать свои периодические собрания, как это они делали в период существования «Соединенных провинций юга».
3 мая 1598 г. был подписан Вервенский мир с Испанией, практически подтвердивший условия мира в Като-Камбрези 1559 г. Но тогда договор с Испанией ознаменовал начало глубочайшего кризиса, теперь же королевская власть вышла из войны окрепшей.
Религиозные войны закончились «вничью» — стороны не сумели навязать королевству свой вариант решения религиозного спора. В Религиозных войнах победил абсолютизм, который при новой династии Бурбонов приобретет свои классические черты.
Суровые реалии нескончаемых религиозных войн пагубным образом сказались на развитии французского общества. Тем не менее Возрождение и гуманизм вступили во Франции в стадию зрелости.
В стране продолжалось строительство замков и дворцов, отличавшихся пышностью декора. Блестящие традиции французской школы живописи развивал Франсуа Клуэ — сын Жана Клуэ. Он так же, как и отец, был тонким виртуозным портретистом.
Большие достижения наблюдались в области политической мысли. О государственных и религиозных проблемах писали известные политические деятели Жак де Ту и Агриппа д’Обинье. В своем трактате «Рассуждение о добровольном рабстве» Этьен Ла Боэси выступал против абсолютизма. Историк Жан Боден, наоборот, в произведениях «Метод легкого познания истории» и «Шесть книг о государстве» обосновывал учение о государственном суверенитете.