Наполеон не добился от Александра I тех уступок, которых он ожидал. Байлен показал, что почва под наполеоновской империей начинает колебаться, и Александр I сделал из этого свои выводы. Советы не идти на чрезмерные уступки Александр получил не от кого иного, как Талейрана. Испытывая недоверие к Талейрану и его постоянным интригам, Наполеон отстранил его с поста министра иностранных дел, но опрометчиво взял с собою в Эрфурт, чтобы использовать авторитет крупнейшего дипломата. Однако Талейран понимал уже, что наполеоновская Империя уязвима, и с присущим ему двуличием торопился подготовить пути для отступления. Этим и объяснялось его вероломное по отношению к Наполеону поведение в Эрфурте, за что он был впоследствии щедро награжден Россией.
Хотя Эрфурт и не оправдал надежд Наполеона, положение в Испании не терпело отлагательств. В ноябре 1808 г. «великая армия» начала испанский поход. Уже в декабре Наполеон вступил в Мадрид. Он издал ряд декретов, по которым уничтожалась испанская инквизиция, резко уменьшалось число монастырей и конфисковывались их владения. Но покорение Испании сопровождалось огромными трудностями. Два месяца продолжалась осада Сарагосы, и, хотя французские войска возглавлял один из лучших военачальников, маршал. Ланн, им с величайшим трудом удалось овладеть городом, где приходилось брать улицу за улицей, дом за домом. Задачу сбросить англичан в море удалось решить только частично — английская армия отступила, но окружения она избежала, успев погрузиться на суда.
Уже в январе 1809 г. Наполеону спешно пришлось покинуть Испанию из-за усиленных военных приготовлений Австрии. Испанский поход императора не был доведен до конца. Испанские повстанцы не были окончательно сломлены. Наполеон вынужден был оставить в Испании значительную часть армии во главе с маршалами Неем и Сультом, и это значительно его ослабило в предстоящей войне с Австрией. Испанская рана продолжала кровоточить, и начиная с 1808 г. это постоянно и очень болезненно ощущалось Наполеоном. Позднее, уже на о-ве Святой Елены он признал, что вся его испанская политика была серьезной ошибкой. Но эта ошибка была неразрывно связана со всем курсом наполеоновской политики.
К марту 1809 г. у Наполеона была готова новая, 300-тысячная армия. Но она была все же значительно слабее той армии, которой он располагал в 1805 г. Она не была уже однородна — большую ее часть составляли итальянские и немецкие контингенты. Часть своих лучших, старых испытанных солдат и офицеров Наполеону пришлось оставить в Испании. Между тем Австрия на этот раз представляла гораздо более серьезную угрозу. Она выставила сильную армию, и самая война была неизмеримо более популярна в стране. Австрия пользовалась теперь симпатией во всех немецких государствах, особенно в Пруссии, где шла лихорадочная подготовка к реваншу, сопровождавшаяся реформами устарелых общественных отношений, провозглашением отмены крепостного права, реорганизацией армии, выдвижением новых государственных деятелей.
Военные действия с Австрией возобновились в апреле 1809 г. На первых порах они шли успешно: уже 12 мая Наполеон был в Вене, австрийская армия отступила на другой берег Дуная, правда не так беспорядочно, как в 1805 г., и успев взорвать мосты. Но Наполеон стремился к молниеносному уничтожению противника. Не обеспечив тщательной организации переправы, он уже 21 мая на понтонных мостах перебросил на другой берег Дуная несколько десятков тысяч своих солдат и вступил в бой с австрийцами. Однако в самый разгар сражения мосты оборвались, и над частью французской армии, успевшей переправиться, нависла угроза оказаться отрезанной и уничтоженной преобладающими силами противника. Ценой тяжелейших потерь французским войскам удалось уйти от полного окружения и спастись на о-ве Лобау, находящемся на середине Дуная. До сих пор начиная с 1796 г. из всех сражений с австрийцами Наполеон неизменно выходил победителем; теперь впервые он потерпел неудачу. На этот раз под Эслингом была разбита не отдельная французская дивизия, как под Байленом, а императорская армия под командованием самого Наполеона. В Европе это произвело сильнейшее впечатление: на помощь австрийцам выступил отряд прусских гусар под командованием майора Шилля. Правда, он был немедленно разбит, но это выступление свидетельствовало о том, насколько усилилось национальное движение в Пруссии, ставившее своей задачей уничтожение наполеоновского господства. В тылу Наполеона вспыхнуло восстание в Тироле, во главе с трактирщиком Андреасом Гофером, и его подавление оказалось далеко не легким делом.