Поводом к столкновению между немецкими церковными сановниками и папским престолом послужило следующее обстоятельство. Со времен реформации папа стал назначать во многие места Германии (напр. в Вену, Кельн) и Швейцарии (Люцерн) нунциев с целью иметь возможность лучше вести борьбу против протестантизма. Особенно нунций в Вене был «олицетворенный идеей противореформации». Эти нунции были представителями папы, хотя снабжены были неодинаковыми в различных местах полномочиями. В учреждении этих нунциатур местные епископы увидели посягательство на свою власть, и когда в 1785 году предполагалось учредить новую нунциатуру в Вене, то они заявили протест. Правда, в Баварии не было особого местного епископа, который бы мог чувствовать посягательство на свою власть; но в церковном отношении эта область была подчинена архиепископу зальцбургскому и курфюрсту майнцкому. Эти высокие церковные сановники, державшиеся фебронианских воззрений, пришли к убеждению, что при учреждении новой нунциатуры главною целью собственно было не что иное, как желание подорвать их влияние в Баварии, тогдашний курфюрст которой находился вполне в руках у местных иезуитов. Поэтому они отправили в Рим запрос касательно пределов полномочия нового нунция, и когда ответ не удовлетворил их, то они составили так называемую Эмскую пунктацию (25 августа 1786 г.). На конгрессе в Эмсе курфюрсты майнцский, трирский и кельнский вместе с архиепископом зальцбургским подписали грамоту, в которой говорилось, что хотя и видят в папе примата церкви, однако отнюдь не хотят признавать за ним того значения, какое присвоили себе папы, особенно в силу лже-исидоровских декреталий. Далее они требовали от императора созвать собор, или вообще каким бы то ни было образом дать епископам возможность мало-помалу устранить вторгшееся заблуждение и опять должным образом восстановить порядок церковного управления. Эти требования, последовательно проведенные, должны бы были привести к полной отмене папского приматства в его средневековой форме; и поэтому легко было предвидеть, что в Риме они будут встречены решительным отпором. Новый нунций в Кельне, через 25 лет позже столь прославившийся кардинал Пакка, получил приказ открыть поход против эмских мятежников. Вскоре по его прибытии, в Бонне был открыт новый университет, и на него смотрели как на торжественное объявление войны римскому престолу. Через несколько лет после этого в Майнце собран был окружный синод, на котором между прочим, предполагалось отчасти отменить целибат, так, чтобы в будущем к нему обязывались только духовники; возбуждались вопросы далее о воспитательных заведениях в монастырях, об употреблении народного языка в богослужении, об ограничении культа святых, наконец о чтении Св. Писания и отмене существующего запрещения в этом отношении. Однако Пакка, несмотря на свою молодость, был на высоте своего положения и не испугался ничего такого. Тотчас после своего вступления в должность он писал ко всему духовенству Майнца, Трира и Кельна: «До слуха папы дошло, что некоторые архиепископы позволили себе превысить свою власть, причем они самовластно раздавали известные, принадлежащие папе диспенсации, особенно касательно брака среди родственников. Дети от таких браков, заключенных без папского соизволения, должны считаться рожденными в кровосмешении». Архиепископы сделали возражение и принесли жалобу императору, который стоял на их стороне; но все-таки папа одержал победу и над этой формой фебронианства. Именно все более и более обнаруживалось, что церковные сановники в Эмсе руководились в своих действиях не столько желанием устранить религиозный соблазн, причиняемый папскими притязаниями, сколько архиепископским властолюбием, почему и не находили себе надлежащего сочувствия и поддержки. Первым против «пунктации» восстал епископ шпейерский, а затем к нему пристали и остальные епископы: все епископы предпочитали непосредственно стоять под властью папы, чем под властью своих митрополитов. Некоторые из государей, особенно курфюрст Баварский, также стали на сторону, папы, так что архиепископы остались в одиночестве. В ноябре 1789 года, по повелению курии, вышло в свет составленное одним бывшим иезуитом сочинение, в котором не только приписывался папе высший авторитет в церкви и отвергались положенные в основу Эмсской пунктации принципы, но и апостольское изречение: «Богу следует повиноваться более, чем людям», прилагалось ко всем тем случаям, в которых воля папы сталкивалась с законами страны. Но это сочинение по времени совпало с взрывом французской революции, и под влиянием этого мирового события Эмсская пунктация подверглась забвению.