Университеты обладали юридической, административной, финансовой автономией, которая даровалась им специальными указами государей и пап. Относительная независимость университета сочеталась со строгой регламентацией и дисциплиной внутренней жизни. Две корпорации — преподавателей и студентов, избирали должностных лиц: ректоров, деканов и т. д.; большую роль в обеих корпорациях играли землячества.
Университет разделялся обычно на четыре факультета: богословский (теологический), юридический, медицинский и факультет семи свободных искусств (артистический). Последний был необходимой приготовительной ступенью к любому из трех других. Чтобы поступить на высший факультет, надо было пройти курс наук на артистическом факультете и получить здесь ученые степени сперва бакалавра, а потом магистра. Они присуждались по результатам диспутов, в которых участвовали преподаватели и студенты. На высших факультетах магистру соответствовала весьма почетная степень доктора: теологии, права или медицины. Многие магистры свободных искусств являлись выдающимися логиками, математиками, астрономами. Практически все преподаватели были священниками или монахами. Особым уважением пользовался богословский факультет.
К XV в. существовало уже около 60 университетов. В это же время получают развитие коллегии (отсюда — колледжи). Первоначально так назывались общежития студентов, но постепенно коллегии превращаются в центры занятий, лекций, диспутов. Основанная в 1257 г. духовником французского короля Робером де Сорбон коллегия, названная Сорбонной, постепенно разрослась и так укрепила свое влияние, что ее именем стал называться весь Парижский университет.
Общим для всей средневековой культуры являлось стремление к универсализму, целостности, что отразилось на формировании схоластики — значительнейшей системы знаний того времени. Схоластика (греч. «схоластикос» — школьный, ученый) — средневековая религиозная философия, сложившаяся под влиянием позднеантичных (Прокл), византийских (Иоанн Дамаскин) и арабских (Аверроэс) образцов. Огромное воздействие на схоластическое мышление оказало и стойко сохранявшееся в средние века римское юридическое наследие. Поиски истины схоласты строили по типу судебного разбирательства. Место авторитета закона здесь занимал авторитет церковной догмы или человеческого разума. Норму первого содержат тексты Библии, сопровождаемые комментариями отцов церкви, норму второго — книги Платона и Аристотеля, содержащие комментарии античных и арабских философов [1, с. 639]. В тех и других уже дана «вечная истина», надо лишь вывести из текстов их логические следствия с помощью цепи правильно построенных умозаключений (силлогизмов). В отличие от ученых Нового времени или своих современников-мистиков, схоласты отводили опыту и наблюдению над природой или внутренним миром человека гораздо меньшую роль, чем чисто логической связи понятий, хотя и не отрицали их совсем.
Наибольшую важность представляла собой задача согласовать «истины веры» и «истины разума». Воззрения почти всех схоластов были близки формуле Петра Дамиани (XI в.): «Философия есть служанка богословия». Однако уже в XII в. Абеляр показал, что на выбранном схоластикой пути рассудочного богословия без философии не обойтись. Книга Абеляра «Да и нет» содержала множество взаимно противоречащих высказываний из Библии и отцов церкви. Как их согласовать? Схоласты выстраивают иерархию более и менее авторитетных высказываний. При этом цитаты, одна из которых должна отменить другую, рассматриваются не только с позиций церковного предания, но и с точки зрения их разумности и логичности.
Ранняя схоластика XI–XII вв. ярче всего представлена Ансельмом Кентерберийским и преподавателями школы при соборе г. Шартра (Франция). В этот период выявляются различные позиции в споре об универсалиях, т. е. общих понятиях. Сторонники реализма считали, что общее понятие существует независимо от сознания человека и предметов, которые оно обозначает. Представители номинализма полагали, что действительно существуют лишь единичные вещи, а понятия — это имена вещей, появляющиеся только в уме человека и звуках голоса. Создатель концептуализма Абеляр утверждал, что в единичных вещах существуют общие признаки, на основе чего возникает концепт (понятие), выражаемый словом. Церковь отдавала предпочтение реализму, а номиналисты и концептуалисты нередко подвергались преследованиям. Недовольство мистически настроенных монахов — Бернарда Клервосского, Петра из Блуа — вызывала и схоластика в целом, так как она ставила вопросы веры в зависимость от разума.