Однако на деле победило другое направление, представленное иосифлянством, в идеологии которого получили последовательное воплощение тенденции к стяжанию, обогащению, с одной стороны, и трезвый политический расчет, ориентация на «собирание Руси» — с другой. Их лидером был игумен Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий, в миру Иосиф Санин. Он, как и Нил Сорский, стоял за реформу монастырей для поднятия их авторитета. Но если Нил видел выход в аскетизме и нравственном усовершенствовании монахов, то у Иосифа на первый план выдвигалась строжайшая монастырская дисциплина. В его идеологии положительный идеал созидания был подменен отрицательным идеалом повиновения и покаяния. Он не считал физический труд обязательным для монахов.
Победа иосифлян означала, что главные ценности христианства — спасение души после смерти, с одной стороны, и труд как ценность, с другой стороны, были отделены друг от друга, даже противопоставлены друг другу. Основной формой деятельности по спасению души в православии стала заупокойная молитва. Это вело к снижению нравственного уровня общества, так как позволяло людям меньше думать о своих грехах в надежде, что они будут замолены другими после смерти. В результате труд не вошел в систему основных духовных ценностей русского человека. Ценность личности лишилась важной идеологической базы и уже не могла стать ценностью номер один, что обусловило становление в качестве главной ценности государства.
В обстановке усиливающейся секуляризации и европеизации страны Иосиф Волоцкий был едва ли не единственным церковным идеологом конца XV — начала XVI в., который бесповоротно встал на позиции светской централизации, разработал теорию, обосновывающую право московских князей на абсолютное «самодержство». Благодаря этому политическая линия Иосифа Волоцкого приобрела прогрессивное значение и куда более соответствовала новому положению объединяющегося государства, чем консервативное направление заволжских старцев с их стремлением создать независимую от светской власти церковь [7, с. 89]. Начатое Иосифом идеологическое возвышение самодержавной власти стало нормой русской политической мысли в XVI–XVII вв.
Ереси середины XVI в. очень близко подходят к новгородско-московским антитринитариям, что свидетельствовало о преемственности антицерковной мысли в средневековой Руси. Но в отличие от всех предшествующих ересей они впервые выразили антифеодальную тенденцию, подвергнув острой критике все более усиливающееся закабаление крестьян, свидетельствовали об идейном оформлении крестьянско-плебейских еретических движений. Так, ересь Матвея Башкина, служилого сын боярского, организовавшего в конце 40-х — начале 50-х годов XVI в. московский кружок вольнодумцев, была направлена против происходивших параллельно процессов возвышения самодержавной власти, роста господства церкви, закрепощения крестьянства. Жизнь первого заступника страждущей «нищеты» закончилась в 1554 г. трагически. «Его велено было вывести из Кремля, посадить в деревянную клетку и сжечь» [3, с. 105].
Башкин не был одинок в своем стремлении помочь «срабным» — рабам. В их защиту с еще большей силой прозвучало «новое учение» Феодосия Косого. Беглый холоп Феодосий Косой, постригшись в монахи, создал учение, поставившее его в один ряд с выдающимися мыслителями XVI в. Он отвергнул не только феодальную церковь с ее иерархией, догматами и обрядами, но и всю систему феодальной эксплуатации, господства и подчинения, придал раннехристианскому вероучению черты совершенно радикальной системы, сделав принципиальное заключение о равенстве народов. В 1554 г. доставленный в Москву из Заволжья со своими учениками на собор Феодосий Косой успел до разбирательства и осуждения бежать в Литву, где его «новое учение» было быстро подхвачено простым людом и разнесено по Украине и Белоруссии.
В XVII в., несмотря на зарождение новых социально-экономических явлений, церковь стремилась сохранить свою роль. Между тем в жизни общества, особенно в городах, изменялось соотношение мирских и церковно-религиозных потребностей людей в пользу первых. Следствием этого стал рост религиозного индифферентизма. Неудовлетворенность церковными службами и обрядами способствовала росту влияния на духовную жизнь людей скоморошества и развлечений, которые церковь объявила языческими и несовместимыми с православной верой.
Кроме того, русская церковь за долгий период обособленного существования прониклась множеством всевозможных обрядов, разобщавших ее с общеправославной традицией. Из всех «нестроений» церкви особенно бросались в глаза беспорядочность и небрежность в богослужении, отсутствие единообразного богослужебного чина, что выражалось в сохранении местных различий в порядке совершения служб и обрядов, в разных составах почитаемых святых и отсутствии единообразных богослужебных текстов. «Нестроением» являлось также отличие богослужебного чина, принятого русской церковью, от чина других православных церквей, «зазорное» поведение «белого» и «черного» духовенства. Нужна была реформа церкви.
Церковные преобразования связаны с личностью Никона, возведенного на всероссийское патриаршество в 1652 г. Царь Алексей Михайлович считал его единственным иерархом, способным справиться с этой трудной задачей. Вместе с тем Никон имел устойчивое представление о превосходстве церковной власти над государственной, ставил своей целью победу над светским мировоззрением, которое постепенно утверждалось, мечтал превратить Московское государство из провинции христианского мира в центр, равный Царьграду. Таким образом, в деятельности Никона переплелись интересы государства, потребности церкви и личные амбиции властолюбивого патриарха, стремившегося занять по меньшей мере равное с царем положение в управлении Россией.
Следствием же умеренной церковной реформы явилось то, что русское общество оказалось в глубоком и трагическом расколе. Сама реформа, силовые методы ее проведения вызвали широкое недовольство. Введение новых обрядов и богослужения по исправленным книгам многие восприняли как введение новой религиозной веры, отличной от предыдущей, «истинно православной». Возникло движение сторонников старой веры — раскол, родоначальниками которого были провинциальные ревнители благочестия — протопопы Иван Неронов, Аввакум Петров, Даниил Логгин. Большинство же сторонников старой веры составили посадские люди и крестьяне, недовольные укреплением феодально-крепостнического режима и ухудшением своего положения, что они связывали с нововведениями, в том числе и в религиозно-церковной сфере.
Вместе с тем Никон не пожелал удовлетвориться второй ролью в государстве. Опираясь на принцип «священство выше царства», он попытался полностью выйти из подчинения светской власти. Будучи личностью незаурядной, энергичной, Никон все же не смог одержать верх в борьбе против царя. Его позиция отражала исторически обреченный, запоздалый всплеск претензий духовной власти на приоритет перед светской. Царю удалось добиться победы при поддержке зарубежных патриархов, которые в декабре 1666 г. осудили своего собрата и лишили его высшего церковного сана. Крушение Никона стало важным этапом на пути утверждения абсолютизма в России. Оно в известной степени подготовило радикальный шаг Петра I, связанный с фактическим упразднением патриаршества в 1700 г.