Однако около 1399 г. до Тимура дошли вести, что поведение Мираншаха совершенно изменилось, что после падения с лошади на охоте осенью 1396 г. у него стало обнаруживаться расстройство умственных способностей, что страна под его управлением приходит в полное расстройство и подвергается нападениям внешних врагов. Разрушительные наклонности, унаследованные Мираншахом от отца, приняли болезненные формы; Клавихо уверяет, будто он разрушал здания только для того, чтобы о нем говорили: «Мирза Мираншах не сделал сам ничего, а велел разрушить лучшие творения в мире». В это время в Самарканд прибыла «ханская дочь», жена Мираншаха, с жалобой на мужа и с известием о его мятежных намерениях.
Даулетшах рассказывает об этом событии с яркими подробностями, которых нет в других источниках, и которые едва ли соответствуют действительности; княгиня будто бы показала свекру свою окровавленную рубаху, и Тимур был так поражен поступком сына, что заплакал и целую неделю ни с кем не говорил. Официальная история говорит только о грубых обвинениях, возбужденных Мираншахом против жены; ей удалось опровергнуть обвинения, клеветники «из мужчин и женщин» поплатились жизнью; но разгневанная княгиня все-таки уехала в Самарканд.
Событиями 1399 г. был вызван последний, самый продолжительный (так называемый «семилетний») поход Тимура на запад, увенчавшийся победой над египетским султаном и «римским кесарем», т. е. османским султаном Баязидом. Мираншах и население его областей подчинились Тимуру без сопротивления; царевич был низложен, его советники и товарищи его веселой жизни казнены, растраченные им деньги возвращены в казну. Зато последующие события могли показать Тимуру, как непрочно согласие среди членов его династии.
«Отправляясь в поход, Тимур поручил Самарканд Мухаммед-Султану, сыну Джехангира, Фергану — Искендеру, сыну Омар-шейха. Еще зимою 1399/1400 г. между ними произошла ссора; весной 1400 г. Искендер по распоряжению Мухаммед-Султана был привезен в Самарканд и заключен под стражу; его атабек (Искендеру было тогда около 16 лет) и с ним 26 нукеров были казнены. В том же году сам Тимур низложил в Фарсе старшего брата Искендера, Пир-Мухаммеда; его обвиняли, во-первых, в том, что он под предлогом болезни уклонился от участия в одном походе, во-вторых, в приготовлении с неизвестной целью каких-то ядов. Советники царевича были казнены; сам он был привезен к Тимуру и по приговору „великого дивана " наказан палками; также было поступает в 1401 г. с Искендером.
В самом конце 1400 г., во время осады Дамаска, внук Тимура (сын его дочери) Султан-Хусейн перешел на сторону осажденных и сражался против своих; еще до сдачи города, во время одной вылазки, он был взят в плен и приведен к Тимуру, который и в этом случае наказал виновного только палками. Мухаммед-Султан в 1401 г. был вызван к Тимуру, с тем чтобы получить престол Хулагу-хана; он принял деятельное участие в походах первых годов XV в., особенно в Малой Азии, но в 1403 г. умер от болезни. "Престол Хулагу-хана" в 1404 г. был пожалован второму сыну Мираншаха Омару; ему были подчинены все войска Мираншаха и все царевичи, оставленные в Западной Персии и Месопотамии. Из них Пир-Мухаммеду еще в 1403 г. был возвращен Шираз; его брат Рустем получил Исфахан, старший сын Мираншаха Абу Бекр — Багдад, Искендер — Хамадан; о Мираншахе только сказано, что ему по просьбе его сына Абу Бекра было разрешено отправиться к этому сыну в Багдад. Клавихо видел Мираншаха в Султании, и царевич не произвел на него впечатления сумасшедшего (против этого говорит также участие Мираншаха в сражениях, о чем упоминает несколько раз и официальная история); он принял кастильских послов с соблюдением требований этикета и спросил о здоровии их короля.
Своим наследником Тимур после смерти Мухаммед-Султана назначил другого сына Джехангира, Пир-Мухаммеда, родившегося в 1376 г., через 40 дней после смерти отца (кроме Мираншаха, он с 1403 г. был старшим из находившихся в живых потомках Тимура); ему еще в 1392 г. был пожалован "престол Махмуда газневидского", т. е. области к юго-западу от Гиндукуша до Инда. Действия Тимура показывают, что он не только на провинившегося старшего сына, но и на младшего, Шахруха, никогда не подвергавшегося опале, возлагал меньше надежд, чем на своих внуков. Шахрух принимал участие в походах на запад до Палестины, но до конца жизни Тимура оставался в том звании, с которого начал свое поприще Мираншах, — в звании правителя Хорасана. Эта область (местопребыванием правителя, как и при Мираншахе, был Герат) была поручена ему в 1397 г., вместе с Сеистаном и Мазендераном.