В 1404 г. Тимур отклонил предложение вызвать сына в Самарканд. В последних политических комбинациях Тимура, связанных с его походом на Китай и прерванных его смертью, малолетним сыновьям Шахруха, как мы увидим, отводилось первое место, но сам Шахрух был из них совершенно исключен. О причинах такого отношения Тимура к Шахруху источники ничего не говорят; неизвестно, проявлял ли Шахрух еще при жизни Тимура то же чрезмерное преклонение перед шариатом и неуважение к законам Чингиз-хана, как во время своего царствования.
В 1404 г. посланный Тимуром Фахр ад-дин Ахмед Туси привлек к ответственности гератские власти и произвел среди них полный разгром; историк Фасих перечисляет целый ряд ходжей, которые в связи с этой ревизией были отправлены в изгнание в Ашпару и Сауран, но нет указаний на то, чтобы эти события оказали влияние на отношение Тимура к Шахруху и к его воспитателю Ала ад-дину Алике-кукельташу. Замечательно, что этот последний эмир, потом гордившийся тем, что Тимур доверил ему сына, в истории событий царствования Тимура совершенно не упоминается; неизвестно, мог ли он уже при Тимуре открыто проявлять те черты характера, которыми он… существенно отличался от других чагатайских военачальников и которые отчасти перешли на его воспитанника".
Халиль-Султан, сын Мираншаха, и Ахмед, сын Омар-шейха находились в Ташкенте. Султан Хусейн — в Ясах. Зима в тот год была страшно холодная. Это кстати и послужило причиной болезни и смерти Великого Эмира: он пытался согреться, употребляя много вина. Это его и сгубило.
Перед смертью эмир очень хотел видеть своего Шахруха, но понимал, что умрет раньше, чем тот приедет. Тимур был уже слаб, жить ему оставалось недолго. И он простился лишь с теми, кто сопровождал его в походе. Сразу после его смерти возникли и первые сложности: никто не знал, что делать дальше. Между детьми Тимура согласия не было. Боялись и мятежа в войсках.
И по словам хрониста, вельможи «…и другие приближенные собрались и поклялись усердно выполнить завещание всемогущего властелина. Так как поход еще не был отменен, они держали в тайне смерть эмира, запретили женщинам переодеться в траурную одежду и громко плакать и рыдать, чтобы враги как можно дольше не знали о случившемся. Они послали гонца к царевичу Халил Султону и другим вельможам Ташкента и оповестили их о случившемся. Отправили гонца в Яси и Сайран к царевичу Султан Хусайну (сыну дочери Темурлана) и сообщили ему об ухудшении здоровья всемогущего властелина, просили срочно приехать. Хизр Кучина с письмом отправили в казну к Пир-мухаммаду, сообщили ему о смерти эмира, его завещании о назначении Пирмухаммада наследником престола. Его просили как можно скорее отправиться в столичный Самарканд…
Всем царевичам и правителям в разных странах и областях были отправлены послания с извещением о трагическом событии и с предупреждением сохранять бдительность, укреплять власть и защищать свою территорию от посягательств врагов и недоброжелателей, которые, затаившись, годами ждали этого момента… В четверг ночью, во время молитвы „хуфтан“ указанного месяца (февраль), завернув гроб в драгоценные райские благословенные ткани, вынесли из Отрора и отправились в Самарканд. Ночью перешли реку Худжанда по льду и остановились в роще на берегу реки. Расстояние от Отрора до реки составляет два фарсаха (12–16 км).
Как только рассвет разорвал юдоль траурной ночи, людей охватила горечь и, потеряв всякое терпение и забыв осторожность, все люди: женщины и мужчины, сопровождавшие гроб, начали так громко рыдать и плакать, что это доходило до небес».
Самое трудное было — это скрыть смерть Тимура от Султан Хусейна, который и при жизни эмира показывал желание править самостоятельно, только железная рука Тимура сдерживала эти порывы. После его смерти можно было предположить худшее. Именно поэтому всем родственникам сказали о смерти эмира, а Султан Хусейну — об ухудшении его здоровья. Вельможи рассуждали так: Султан Хусейн отправится в Отрар, а тем временем Тимур будет уже покоиться в Самарканде, и на престол взойдет Пирмухаммед. Но у Султан Хусейна были, вернее всего, тайные осведомители. Вместо того, чтобы спешить к смертному одру Тимура, Султан Хусейн пошел на Самарканд.
«Он распустил часть своего войска, — писал Едзи, — взял их коней и вместе с тысячами отборных воинов, с запасными конями двинулся в путь и, переправившись через реку Худжанд, по дороге Казак отправился в Самарканд, чтобы обманом проникнуть в город. В тот же день, в полдень вернулся посланный к нему гонец и принес это известие. Так как время было неспокойное, всех охватил страх и смятение».