После смерти сунана ОИК провозгласила 15 декабря 1749 г. преемником его старшего сына под именем Пакубувоно III (1749—1788). Уже церемониал коронации подчеркивал его вассальную зависимость от Компании. Немедленно война обрела новый импульс. На следующий же день обосновавшийся в г. Джокьякарта Мангкубуми объявил себя суверенным государем. Большинство владетельных матарамских феодалов, возмущенных алчностью ОИК, поддержало его. Борьба была ожесточенной. Голландцы ценой крайних усилий сумели удержать Суракарту и оттеснить войска Мае Саида на запад. Но в декабре 1751 г. повстанцы нанесли экспедиционному корпусу ОИК сильнейшее поражение на р. Боговонто. Командующий де Клерк был убит, кавалерии уничтожена, пушки и обоз достались победителям. Победа позволила мятежным принцам занять большую часть Пасисира и даже угрожать Чиребону.
И вновь счастье улыбнулось голландцам: между принцами начались распри. Генерал-губернатор Я. Моссел склонил Мангкубуми к подписанию в местечке Гьянти исторического договора с ОИК (13 февраля 1755 г.), по которому Матарам разделялся на два вассальных Компании государства. Около 60%’ его территории на востоке — от Клатэна до Маланга — оставалась под властью сусухунана Пакубувоно III, получив название Суракарта; западная же часть, султанат Джокьякарта, отходил Мангкубуми, принявшему титул султана Хаменгкубувоно I. Хотя переход войск Мангкубуми в стан врага подорвал силы сопротивления, Мае Саид (Мангкунегара) продолжал борьбу на юге Матарама. Лишь в марте 1757 г. он согласился на подписание соглашения с ОИК, сусухунаном и султаном, по которому ему выделялось около 4 тыс. дворов из владений сунана. Позже эта территория оформилась в небольшое княжество Мангкунегаран.
Раздел Матарама на три княжества означал окончательное утверждение новоявленной голландской территориальной державы на Центральной и Восточной Яве, где не осталось более силы, способной противостоять колонизаторам. Последние получили желанную возможность играть на противоречиях трех своих вассалов, выступая в излюбленной роли третейского судьи. Аннексия севера и востока Явы была теперь окончательно закреплена.
Война в Матараме еще продолжалась, когда в Бантене разразилось крупное восстание. Непопулярная среди знати жена престарелого султана арабка Фатима путем интриг и сговора с генерал-губернатором фан Имхоффом (правил в 1743—1750 гг.) сумела побудить мужа лишить права на престолонаследие законного кронпринца — Пангерана Густи. Позже, в 1748 г., она инспирировала низложение и ссылку султана. Угодничеством перед ОИК и деспотичным нравом Фатима, ставшая регентшей при малолетнем сыне-султане, вызвала возмущение двора и народа, что привело в октябре 1750 г. к широкому восстанию, руководимому феодалом-военачальником Рату Багусом и мусульманским богословом Кьяи Тапой, популярным у бантенских крестьян. Повстанцы разгромили войско Фатимы и осадили столицу. Вскоре восстание охватило весь султанат. Рату Багус был провозглашен султаном и обратился за помощью в Бангкахулу к англичанам.
Войска ОИК все еще были поглощены военными операциями в Матараме. Сознавая масштабы опасности, преемник Имхоффа Якоб Моссел (1750—1761) круто изменил курс. Договорившись с феодальной знатью, он сверг сына Фатимы и возвел на престол брата старого султана Сантику. Большинство аристократии немедленно отошло от восстания. Но оба его лидера не сбавили активности. Скоро восстанием был объят и Лампунг. Отряды Тапы осадили Батавию, и лишь при поголовной мобилизации всего взрослого населения столицы и с помощью прибывших из Нидерландов подкреплений голландцам удалось деблокировать столицу, а затем разгромить войска Рату Багуса (1751). Но оба вождя продолжали сопротивление на Западной Яве, пока не были оттеснены в Матарам, где присоединились к антиголландским силам. В 1753 г. престол занял законный наследник принц Густи. По новому договору с ОИК он обязывался ежегодно приносить вассальную присягу Компании и не противиться возведению новых крепостей. Так Бантен утратил остатки самостоятельности. Лампунг также превратился в вассала Батавии.
Политическая история Явы конца XVII — первой половины XVIII в. убедительно продемонстрировала искусство, с которым ОИК обращала себе на пользу как вмешательство в династические распри высшей аристократии Матарама и Бантена, так и свое участие в подавлении народных восстаний, платой за которое стала утрата суверенитета яванскими султанатами.