Вступление в дело монголо-китайских войск не привело к немедленному успеху, сражения были ожесточенными, и только к концу апреля, когда противник был отбит от Маджапахита, когда лучшие силы Джаякатванга были уничтожены или рассеяны соединенными усилиями яванцев, мадурцев и юаньских войск, в ходе войны произошел перелом и Виджая оказался под стенами Дахи. После упорного боя город был взят и разграблен, причем юаньским войскам удалось захватить кроме сокровищ кедирийской казны и самого Джаякатванга, и он был отправлен в основной военный лагерь оккупантов в Уджунг Галух в низовьях Брантаса. Вскоре в заточении он был убит.
Виджая, его полководцы и ближайшее окружение (Рангга Лаве,. Сора, Намби, Вирараджа и другие) прекрасно понимали, что уничтожение кедирийского узурпатора не означает восстановления сильного яванского государства под эгидой Маджапахита, пока в стране хозяйничали полчища Хубилая. Они появились на Яве отнюдь не для того, чтобы помочь вернуть политическую стабильность и законное правление. И теперь, когда старые препятствия к этому были так или иначе преодолены, яванская сторона отнюдь не рассчитывала на сохранение контроля за страной со стороны Пекина. В данной ситуации это неизбежно вело к фактическому подчинению юаньской администрации, выплате грабительской дани, недовольству народа. Совет военачальников, собравшийся в Маджапахите во главе с Виджаей, принял решение о внезапном нападении на оккупантов.
События развивались довольно быстро: выступление началось в 20-х числах мая 1293 г. Если верить романтическому повествованию ряда нарративных источников («Параратона» и др.), все началось с того, что яванцы обманом разоружили и перебили большой отряд оккупантов, явившийся в Маджапахит за тумапельскими принцессами. Но главным ударом, видимо, было практически одновременное выступление против монголо-китайских отрядов в Дахе и других городах, нападение на их суда вдоль течения Брантаса.
Оккупанты потеряли в целом несколько тысяч человек, борьба против них была повсеместной, и в этой обстановке судьба индонезийской кампании Хубилая обещала быть еще более бесперспективной, чем во Вьетнаме или в Японии. И все же обращает на себя внимание поспешность, с которой воины Икхмиша, Гао Сина и Ши Би вернулись в устье Брантаса и погрузились на корабли, чтобы покинуть Яву. Это произошло уже на исходе мая, то есть всего через несколько дней после того, как яванцы решительно обрушились на монголо-китайские гарнизоны. Должно быть, значительная часть расквартированных на Яве войск так и не смогла вернуться в Китай, так как трудно предположить организованный отход и отплытие всех орудовавших на Восточной Яве оккупантов в столь короткий срок.
Несмотря на такой благоприятный для Виджаи поворот событий, он не решился сразу объявить себя монархом воссозданного государства. Положение в стране стабилизировалось не сразу. Виджая выжидал почти полгода, и когда стало ясно, что новой акции со стороны монгольских правителей Китая не последует, когда яванские войска, посланные в Мелаю, были отозваны в Маджапахит, когда была получена весть о смерти Хубилая, — тогда претендент на яванский престол короновался в новой столице, взяв пышное тронное имя Кертараджаса Джаявардхана. Событие это случилось в конце ноября 1293 г. и означало не только начало правления нового яванского махараджи, но и образование нового (впоследствии самого крупного в истории Индонезии) государства — Маджапахит.
Было бы ошибкой утверждать, что в результате борьбы против кедирийского узурпатора и монгольской агрессии яванское государство как территориальное объединение не претерпело изменений. В сущности, и переворот Джаякатванга, и монгольское нашествие прервали объединительную миссию правителей Сингасари, а возвращение к целостному государству на Яве стоило ослабления на несколько десятков лет связей с «умиротворенными» Кертанагарой внеяванскими территориями, не говоря уже об экономических потерях. Однако опыт истории свидетельствовал в пользу того, что военно-политические и хозяйственные ресурсы Восточной и Центральной Явы должны были стать основой нового витка интеграции Нусантары.