Поскольку ведущей тенденцией политического развития, наметившейся в Сингасари и Маджапахите, продолжала оставаться растущая централизация, постольку политика Кертараджасы и его преемника Джаянагары неизбежно наталкивалась на сопротивление определенных слоев «старой» и «новой» аристократии. И борьба за передел полученных от Кертараджасы привилегий, и недовольство наместников (превратившихся в чиновников) «собиранием» Явы побуждало недавних близких сторонников линии Раджасы и политики Нусантары к открытому мятежу и попыткам переворота.
Наиболее крупных мятежей такого рода за период правления Кертараджасы и Джаянагары (1295—1328) насчитывается девять. Но не более двух из этой серии выступлений приходится на время Кертараджасы.
По сведениям «Параратона» уже в 1295 г. восстал Рангга Лаве, недовольный назначением Намби, другого соратника Кертараджаеы,. на высочайший пост «канцлера» (мапатиха) и сам не получивший этого вожделенного места. Результатом вспыхнувшего на этой почве придворного конфликта явился уход Рангга Лаве в местечко Бубат, где он собрал большое войско, а затем выступил на Маджапахит. Ему удалось разбить высланный ему навстречу маджапахитский корпус под командованием посредственного полководца Намби. Но маджапахитская армия под водительством самого махараджи блокировала силы мятежников в районе Тубана, в одном из сражений Рангга Лаве был убит, и это предопределило конец мятежа.
Второй мятеж, происходивший в 1298—1300 гг., не носил такого ярко выраженного характера военного столкновения, как мятеж Рангга Лаве. Однако на этот раз в центре мятежа был еще более близкий махарадже сановник: бывший его личный советник Сора, получивший пост демунга (своего рода «мажордома») двора. Сора, как очевидный фаворит государя, имел реальные шансы занять место Намби на посту высшего государственного сановника, мапатиха, и, очевидно, он рассчитывал на это. Но его завистливые противники при дворе убедили государя возбудить против него дело по старому обвинению в убийстве видного военачальника Махиши Анабранга, вместе с которым он подавлял мятеж Рангга Лаве. Сора подвергся опале, но, не дожидаясь расправы, уехал с друзьями и слугами в свое имение, где и объявил о своем неподчинении и собрал войска. Борьба с непокорным Сорой и его сторонниками была упорной и продолжалась более двух лет. Когда же он был убит, то мятеж еще тлел до 1302 г.
Следующая полоса внутриполитической истории Маджапахита, приходящаяся на время правления махараджи Джаянагары (1309— 1328), была заполнена нараставшей волной мятежей, организовывавшихся в основном старыми соратниками Виджаи, не получившими льгот, которых они ожидали, и недовольных засильем «новых людей». Успешное и, как правило, решительное подавление этих выступлений и развернувшаяся затем внешняя экспансия Маджапахита показывает, что это были события, которые во многом отражали обратную сторону и противоречивый характер процесса сложения крупного централизованного государства яванцев.