После смерти махараджи Кертараджаеы в 1309 г. Джаянагара получил престол согласно воле покойного отца. Но первые годы царствования юного монарха высоким положением при дворе обладала его мать, одна из сакральных жен Кертараджасы, привезенная с Суматры. Это должно было обострить обстановку при дворе, тем более что Джаянагара был слаб здоровьем и, как предполагается, не пользовался популярностью из-за своих неяванских корней по матери. Как бы то ни было, а вскоре после воцарения Джаянагары волнения возобновились, продолжаясь практически беспрерывно около 10 лет. Это были: мятеж командующего войсками в одном из яванских периферийных округов; выступление соратника Соры Гаджах Биру; восстание населения восточнояванской области Мендана, а также области Вагал; мятежи в области Лазем и другие. Но наиболее серьезным испытанием для Джаянагары были мятежи Намби (1311 —1316 гг.) и Кути (1319).
Намби, которому покойный Кертараджаса даровал должность мапатиха, еще при жизни своего благодетеля был заподозрен в связях с мятежниками. Он отошел от дел и укрепился на крайнем востоке Явы, в Лумаджанге, где уже несколько лет практически независимо от Маджапахита жили его родичи. Он построил там крепость и к 1311 г. полностью порвал с центральной властью. С этого времени Лумаджанг стал наиболее крупной базой противников Джаянагары, где Намби вместе со своими родственниками и единомышленниками собрал военные силы численностью до 20 тысяч человек. Это грозило окончательным отпадением значительной части Восточной Явы.
Борьба шла с переменным успехом, и Намби со своей армией стремился прорваться к Маджапахиту, но в решающей битве был разгромлен и погиб вместе со многими своими военачальниками. Лумаджанг был покорен.
Непрерывной борьбе с мятежами сопутствовала атмосфера подозрительности и страха, в которой зрели новые, в известном смысле более опасные, ростки столичного мятежа. Он был организован в 1319 г. неким Кути, начальником полицейских сил, из числа старых друзей Кертараджасы. Кути, возможно, также попал в число обвиняемых в измене, но не покинул Маджапахита, а вместе с пятью-шестью привилегированными офицерами организовал заговор, целью которого было свержение Джаянагары. Ему удалось даже на некоторое время захватить столицу. Однако сам махараджа с группой телохранителей ускользнул из рук заговорщиков, верные ему люди проникли в город, совершили контрпереворот и казнили Кути. Решающую роль в этом сыграл начальник личной охраны государя Гаджа Мада, который и стал затем, при следующих правителях Маджапахита, мапатихом, а фактически — первым лицом в государстве, подлинным «строителем» империи.
К началу 20-х годов XIV в., когда полоса мятежей, угрожавших господству объявленной Кертараджасой династии Раджасы, кончилась, в стране наступил период внутренней стабильности, экономического и политического подъема. Смерть тяжело больного махараджи Джаянагары под скальпелем своего лейбмедика в 1328 г. мало что меняла в этой картине, хотя местные хроники и утверждают не без основания, что все это было инспирировано Гаджа Мадой, который к тому времени стал патихом Кедири.
В первой четверти XIV в. внешнеполитическая ситуация, по-видимому, не очень благоприятствовала Маджапахиту. Это определялось рядом причин. С конца XIII в. на северо-западных рубежах малайскоиндонезийских владений появилась новая мощная угроза: тайские королевства, и прежде всего наиболее сильное из них — Сукотаи. При короле Рама Камхенге (1275—1317) таи сокрушили монские княжества в долине реки Менам и нанесли ряд поражений кхмерскому Ангкорскому государству; уже в 80-х гг. XIII в. они приступили к захватам на Малаккском полуострове, где были старые малайские портовые города; они установили протекторат над Южной Бирмой и пытались овладеть Тямпой. К 90-м гг. столетия тайская держава подчинила неч только многие монкхмерские территории, но и значительную часть бывших владений Шривиджаи на Малаккском полуострове. Рама Камхенг вел умелую дипломатическую игру с монгольской династией Юаней в Китае. Важнейшим направлением его экспансии было южное, в сторону внешнеторговых форпостов в зоне Малаккского пролива. Не только малайские полуостровные территории, но и восточносуматранская область Мелаю стали объектами экспансии Сукотаи. Ни окончательно ослабевшая Шривиджая, ни яванское государство, которое еще недавно держало в Мелаю свои войска, но теперь было приковано к своим внутренним делам, не могли тогда эффективно бороться с этим противником.