Президент провел день 1 октября в штаб–квартире Движения, на аэродроме ВВС близ Джакарты. В его намерения, очевидно, входил арест и смещение захваченных Движением генералов, предание их суду и назначение нового командования сухопутной армии. Однако, узнав, что в нарушение первоначальных планов генералы перебиты и что Насутиону удалось спастись, он, предвидя яростную реакцию армии, предпочел выждать, как развернутся события. Не получив ожидавшегося согласия Сукарно возглавить Революционный совет, «прогрессивные офицеры» передали список Ревсовета в эфир вообще без упоминания о президенте. «Тем самым Движение как бы противопоставляло себя своему вождю», — отмечается в Заявлении ЦК КПИ «Ответ КПИ КОПКАМТИБу» (1979 г.). Войска Движения бездействовали.
Изложенные обстоятельства открыли перед вступившей в Движение на стороне президента группой генералов, подчиненных в служебном отношении перебитым участникам заговора, возможность круто повернуть фронт и выступить против «Движения 30 сентября» и «привязываемой» к нему КПИ. Командующий Кострадом генерал–майор Сухарто вывел из подчинения Движению и обратил против него один из двух батальонов своих парашютистов. При деятельной поддержке войск командующего столичным военным округом генерала У. Вирахадикусума он без труда рассеял немногочисленные подразделения, оставшиеся в распоряжении «прогрессивных офицеров». Аналогичная судьба постигла очаги «Движения. 30 сентября» в Соло, Семаранге, на Северной Суматре и Риоу. Одновременно Кострад, парашютный полк особого назначения РПКАД, входивший в его состав, и молодежные союзы мусульманских партий развернули кампанию широчайшего террора против ничего не подозревавшей массы коммунистов и левых националистов, объявив их душой антипрезидентского заговора и антинациональной силой.
В 1965—1966 гг. было физически уничтожено от 0,6 до 1 млн членов коммунистических и левонационалистических организаций; не менее 600 тыс. человек в разное время оказалось в тюрьмах. Было убито большинство руководителей КПИ (включая Айдита), уцелевшие ушли в подполье. Уже в конце октября компартия фактически оказалась вне закона. Это была форма классовой мести кабиров и сельских эксплуататоров КПИ и ее союзникам, левым националистам.
Заговор, затеянный Советом генералов, был реализован другой генеральской группировкой, мнимыми союзниками Движения, использовавшими просчеты последнего и провокационные действия не распознанных им агентов охранки, чтобы обратить против него оружие и встать на путь, ведущий к власти. Главкомом сухопутной армии, вопреки первоначальным распоряжениям президента, стал 14 октября 1965 г. командующий Кострадом генерал Сухарто. Он же возглавил специальный орган безопасности КОПКАМТИБ (Оперативное командование по восстановлению безопасности и порядка) — сыскной и карательный орган с неограниченными полномочиями.
Антикоммунистическая истерия, массовые убийства вызвали протесты прогрессивных и демократических сил мира. КПСС потребовала «положить конец преступным убийствам коммунистов, героических борцов за независимость Индонезии за интересы трудящихся». С протестами выступили другие коммунистические и рабочие партии, ВФП, другие международные организации. Но эти демарши не возымели действия.
Попытки Сукарно овладеть ситуацией оказались тщетными. Новое руководство армии, не скупясь на заявления о верности президенту и его доктринам (кроме насакома), саботировало его приказания прекратить преследования КПИ, Партиндо и левого крыла НПИ, положить конец террору и кровопролитиям. Оно парализовало активность Национальной партии и добилось прихода к руководству в ней правого крыла. Не рискуя в условиях патерналистской Индонезии прямо выступить против Сукарно самому, оно превратило в ударную антисукарновскую и антикоммунистическую силу возникшие в конце 1965 г. правые «фронты действия» студенчества и молодежи (КАМИ, КАППИ и др.), эксплуатируя их политическую незрелость и спекулируя на чаяниях демократических реформ и модернизации экономики. Президент, опасаясь раскола нации и проявив свойственные ему мелкобуржуазные колебания, не решился обратиться за поддержкой к еще верным ему войскам и массам. Вместе с тем ни парализующие столицу многотысячные демонстрации «фронтов действия», которые, по замыслу реакционных генералов, «олицетворяли» народ, ни нажим реакции не заставили его ни отказаться от своих концепций, ни запретить КПИ. Он даже перешел в наступление, потребовав роспуска КАМИ, переформировав свой кабинет и выведя из него Насутиона.