Надо сказать, что инквизиция вообще довольно часто пренебрегала мнением королей, считая делом принципа в любых ситуациях отстаивать свою независимость. В 1645 году Алонсо Муньос, коррехидор в Куэнке и по совместительству служитель трибунала, подослал убийц к одной женщине, с которой он находился в интимной связи; злодеи зарезали несчастную, а заодно и священника, жившего в ее доме. Дело вызвало в Куэнке большой шум: возмущенные люди требовали наказать Муньоса, и королевский суд постановил его арестовать. Но инквизиционный трибунал не дал исполнить это постановление и отлучил от церкви судей, которые посмели употребить власть в отношении его служителя. Горожане обратились с жалобой к Филиппу IV, и король потребовал от Супремы, чтобы отлучение было снято, а само дело передали королевскому совету. В ответ на это великий инквизитор Арсе-и-Рейносо заявил, что распоряжение короля оскорбляет инквизицию и не может быть принято во внимание. Возник спор, продолжавшийся несколько лет, в котором инквизиция все-таки сумела настоять на своем, и Муньос избежал наказания.
В 1649 году во время народных волнений в Валенсии Филипп IV потребовал, чтобы участвующие в грабежах служащие инквизиционных трибуналов привлекались к ответственности обыкновенными судами. Но Супрема вместо того, чтобы немедленно поставить в известность все трибуналы о воле короля, отправила циркуляр обратно в королевскую канцелярию под предлогом, что подобное распоряжение свидетельствует о плохом знании положения дел в Валенсии, где на самом деле инквизицию не в чем упрекнуть. Более того, вслед за этим королю была отправлена просьба, чтобы впредь без предварительного совещания с Супремой не издавались никакие циркуляры, могущие иметь какое-либо отношение к делам инквизиции. И Филипп вынужден был проглотить обиду, хотя прекрасно знал, что именно уже давно происходит в Валенсии.
Еще в 1632 году он получил из Арагона доклад маркиза Велеса, который сообщал о необходимости принять энергичные меры против служителей инквизиции, ставших во главе разбойничьих шаек. Они, писал Велес, знают, что ничем не рискуют, и потому открыто принимают участие в преступных деяниях; мало того, другие злодеи рассчитывают, что благодаря инквизиции и им удастся избегнуть королевского суда, и легко идут на преступления, если в них участвуют лица, пользующиеся особыми привилегиями. Велес приводит ряд имен: во главе грабителей в Валенсии находятся служащие трибунала Педро Реварт, Сиурана и Адель; в Вильяреале во главе разбойничьей шайки стоит член трибунала Хаиме Блау; в Бенигнамине руководят вооруженными бандами служители трибунала Грасиан Эспанья, Барсела и другие. По его утверждению, почти не бывает крупных преступлений, в которых не были бы замешаны служители инквизиции, и беда заключается в том, что против них никто не решается давать показания, так как свидетель очень многим рискует. Поэтому нет ничего удивительного в том, что беспорядки в Валенсии не поддаются усмирению. Велес предложил распустить штат инквизиции и предать всех виновных обычному суду. Особенное внимание, по его мнению, следовало обратить на жестокое убийство Мартина Сантиса. Королевский суд заподозрил в этом преступлении четырех служителей инквизиции и арестовал их, но дело в конце концов, по настоянию инквизиции, передали валенсийскому трибуналу, который признал виновным лишь одного Хаиме Блау и приговорил его к изгнанию и штрафу в 300 дукатов. Ясно, что даже самый снисходительный светский суд вынес бы за такое преступление более суровый приговор, но светские суды очень редко решались связываться с инквизицией.
Насколько светская власть вообще боялась подвергнуть какому-либо наказанию инквизитора, свидетельствует история, приключившаяся в 1695 году в Барселоне, во время войны с Францией. Генерал-губернатор маркиз Гастаньяра арестовал по подозрению в шпионаже француза Баля. Но тут же инквизитор Антонио Санс-и-Муньос потребовал выдать Баля инквизиции на том основании, что против него имеется также подозрение в ереси. Получив отказ, он отлучил от церкви помощника генерал-губернатора. Тем временем маркиз запросил у короля Карла II указаний, как ему вести себя в этой ситуации. Король приказал изгнать Санс-и-Муньоса из Барселоны, но сделать это просто так генерал-губернатор не решился. Он вызвал инквизитора и до прочтения королевского письма добился у него хитростью обещания, что он в точности исполнит волю короля, какой бы она ни была. Узнав о содержании письма, Санс-и-Муньос заявил протест, но тем не менее выполнил данное слово. Дабы как-то сгладить впечатление от своего обмана, маркиз распорядился предоставить в распоряжение Санс-и-Муньоса карету, стражу и деньги на дорогу; кроме того, для инквизитора снарядили в порту особое судно. Все это говорит о том, сколь слаба была светская власть по отношению к инквизиции, — в военное время генерал-губернатор, арестовавший подданного противостоящей стороны, имея прямое указание короля, сумел избавиться от вмешательства инквизиции лишь обманным путем. И то великий инквизитор счел, что Санс-и-Муньосу причинено оскорбление; обиженный инквизитор получил назначение в один из наиболее влиятельных трибуналов, и король с этим согласился.