Столь же осторожно с инквизиторами предпочитали вести себя и высшие представители духовенства, к которым обыкновенные инквизиционные трибуналы без всяких опасений за последствия применяли порой самые решительные меры. В 1609 году в Кордове, например, инквизиционные служители ворвались в епископский дворец, чтобы арестовать там досадившего им церковного чиновника, который, как было всем ясно, ни в чем не провинился. Позже в деле приняли участие король, Супрема и Римская курия; чиновник был оправдан, но и кордовский трибунал ничем не поплатился за свою дерзость.
Столкновения между трибуналами и епископами часто принимали весьма ожесточенный характер. В 1667 году на острове Майорке служитель трибунала Дамето в церкви Св. Франциска убил своего шурина Вальехо, также служителя трибунала. Инквизиция арестовала Дамето, но так как осквернение церкви подлежало юрисдикции епископского суда, майоркский епископ Манхаре требовал выдачи арестованного. Между трибуналом и епископом возник спор, закончившийся взаимным отлучением от церкви, причем обе стороны свое собственное отлучение игнорировали. Великий инквизитор Нитхард, принявший сторону трибунала, потребовал, чтобы епископ немедленно явился к нему для объяснений, но епископ отказался исполнить приказание, мотивируя это тем, что инквизиция не имеет права судить епископов, и обратился за помощью в Рим. Нитхард сумел привлечь на свою сторону королеву Марию-Луизу и упросил ее написать арагонскому совету, чтобы он принудил епископа повиноваться великому инквизитору. Но арагонский совет ее просьбу не исполнил и, в свою очередь, 21 января 1668 года отправил королеве послание, где подробно остановился на печальных следствиях, которые неизбежно наступят, если светская власть будет поддерживать инквизицию в ее конфликтах с епископами. Нитхард не смирился, и Супрема возбудила преследование против епископа. Это вызвало сильное брожение в церковных кругах, поскольку никогда прежде инквизиция не судила епископа без специального разрешения папы. А папа, до которого дошла епископская жалоба, как раз вступился за Манхаре, заявив, что его отлучение не имеет силы. Амбициозный Нитхард, похоже, был готов на полный разрыв с Римом и надеялся, что светская власть его поддержит, но он явно переоценил свое влияние — Карл II не собирался заходить так далеко. Кроме того, против Нитхарда выступил, как мы знаем «князь моря» Хуан Австрийский. Просчитавшись в своих комбинациях, великий инквизитор подал в отставку. Но характерно, что преследование инквизиции против Манхаре не было прекращено, и лишь смерть епископа в 1670 году положила конец этому делу.
Можно сказать, что Манхаре еще легко отделался. Многим представителям высшей духовной власти, которые имели несчастье попасть в жернова инквизиции, пришлось куда хуже. Лучшей иллюстрацией этому служит дело Карансы.
Бартоломе де Каранса-и-Миранда родился в 1503 году. Двенадцати лет от роду он поступил в университет в Алькала-де-Энаресе, в восемнадцать стал монахом-доминиканцем, в тридцать один был назначен старшим профессором богословия и членом суда в Вальядолиде. В 1540 году в Риме он удостоился степени доктора и получил от папы Павла III разрешение на чтение запрещенных еретических книг. По возвращении в Испанию его имя уже было окружено ореолом славы. При созыве Тридентского собора в 1545 году Карл V назначил его одним из делегатов, и своей деятельностью на этом соборе Каранса приобрел широкую популярность во всем христианском мире. В 1554 году, когда будущий король Филипп II отправился в Англию с целью жениться на королеве Марии I Тюдор и таким образом вернуть британский остров в лоно католической церкви, он взял с собою Карансу как человека, наиболее способного содействовать успеху задуманного им дела.
Сам Каранса впоследствии гордился тем, что за трехлетнее пребывание в Англии обратил на путь истины, сжег и изгнал из страны 30000 еретиков. В 1555 году, когда Филипп отбыл из Англии во Фландрию, он оставил при Марии Карансу в качестве советника по религиозным вопросам. В Англии Каранса оставался до 1557 года, и не раз его жизнь подвергалась опасности, ибо многие англичане видели в нем главного виновника своих страданий.