Насколько велико было уважение и доверие со стороны Филиппа II к Карансе, показывает тот факт, что после смерти толедского архиепископа Силицео он назначил его на освободившуюся архиепископскую кафедру. Каранса отказывался от этого предложения, рекомендуя других кандидатов, но король настоял на своем, и Каранса вынужден был подчиниться. Как высока была его репутация, видно из того, что представление о назначении, посланное в Рим, было утверждено немедленно, без соблюдения обычных формальностей.
Это возвышение простого монаха на высшую ступень церковной иерархии в Испании стало ударом для многочисленных честолюбцев. Говорили, что великий инквизитор Вальдес сам хотел занять архиепископскую кафедру и испытал горькое разочарование после назначения Карансы. Такую же мечту лелеял Педро де Кастро, епископ Куэнки, который был уверен, что Каранса занял его место. Тут надо добавить, что Каранса вообще не пользовался симпатиями среди духовенства из-за своего желания реформировать испанскую церковь. Здесь ему противостояли многие; особенно опасного врага он имел в лице доминиканского монаха Мельчора Кано, который был лидером испанских теологов в то время. Между ними давно существовала взаимная неприязнь, и быстрое возвышение Карансы вызвало в душе Кано лишь чувство горькой зависти.
Каранса представлял собой очень удобную мишень для нападок со стороны тех, кто по тем или иным мотивам желал его гибели. Находясь в возбуждении, он говорил несколько сумбурно, и употребляемые им выражения иной раз придавали сказанному такой смысл, какого он и сам не предполагал в них. Еще в 1530 году монах Хуан де Вильямартин обличал его в сочувствии Эразму Роттердамскому, чьи сочинения незадолго перед этим были признаны еретическими, да и во время пребывания в Англии он своими речами не раз подавал повод к неблагоприятным для себя комментариям.
Каранса, несомненно, был знаком с членами вальядолидской лютеранской общины, разгромленной весной 1558 года.
В нее входили многие известные люди, и во время допросов они рассказывали о встречах с Карансой; впрочем, если даже из них и выбили какие-то показания против него, они должны были померкнуть перед торжественным свидетельством монаха Доминго де Рохаса, который за несколько часов перед тем, как взойти на костер, заявил, что в Карансе он никогда не замечал ничего противного ни католической религии, ни римской церкви. Но, вероятно, не померкли. Во всяком случае, великий инквизитор Вальдес ухватился за собранные в Вальядолиде данные, дабы дискредитировать Карансу в глазах Карла V и Филиппа II. 12 мая 1558 года в докладе, представленном Карлу V, он просил разрешение арестовать одного весьма важного беглеца, якобы искавшего убежища у Карансы. Истинным мотивом этого ходатайства было, разумеется, желание нанести удар Карансе. После этого любой добытый от арестованных намек, который можно было использовать против Карансы, доводился до Карла уже как бесспорный факт.
Одновременно пошел в дело козырь, до поры приберегавшийся врагами архиепископа. Во время своего пребывания в Англии он написал весьма объемные, в 900 страниц, комментарии к Библии, которые должны были, по его замыслу, служить руководством к познанию незыблемых истин католической религии и охранять народ от предательского яда еретических учений. Но книга эта была столь же сумбурна, как и речи Карансы, и многое в ней при желании можно было обратить против автора. Вальдес с подачи Педро де Кастро лично поручил Мельчору Кано заняться исследованием этого сочинения, и Кано без затруднения насчитал в нем сто одну страницу с еретическими идеями. Таким образом, почва для судебного следствия была подготовлена.
Несмотря на глубокую тайну, которой все это было окружено, Каранса, находившийся в это время во Фландрии, узнал о происходящем. Друзья убеждали его не возвращаться в Испанию и бежать в Рим под покровительство папы. Однако он отказался, поскольку это неизбежно привело бы к потере покровительства Филиппа II. Вместо этого Каранса отправился к императору Карлу. Но Вальдес решил помешать этому свиданию, и 8 августа Карл получил письмо от принцессы Хуаны, в котором она, по просьбе Вальдеса, просила его проявить сдержанность в сношениях с Карансой, так как тот замешан в деле арестованных лютеран и сам должен был быть арестован. Встреча не состоялась, а через полтора месяца Карл умер, и надежды Карансы, что он найдет у императора защиту, рухнули.