Еще Хуан II в 1451 году по наущению своего любимца Альваро де Луны, которому и приписывают идею о введении в Испании инквизиции, обратился к папе Николаю V с просьбой назначить папских инквизиторов для наказания иудействующих новообращенных, и папа, разумеется, с большим вниманием отнесся к обращению короля. Этим инквизиторам были даны обычные полномочия, но имелось и одно чрезвычайно важное новшество: они получили право преследовать и епископов. Объясняется это тем, что в Испании было много епископов маранского происхождения. По ним Альваро де Луна и задумал нанести главный удар.
Если бы булла Николая V была действительно проведена в жизнь, инквизиция в Кастилии возникла бы уже в середине XV века. Но враги де Луны тоже не дремали. Они сумели опорочить его в глазах короля, ив 1453 года он закончил жизнь на эшафоте, а папская булла осталась мертвой буквой. Впрочем, сразу после гибели де Луны за учреждение инквизиции стал ратовать духовник Энрике IV Алонсо де Эспина, выдвинувший множество ужасных обвинений против евреев и маранов — «кровожадных волков, пробравшихся в овечье стадо». Особенно горько жаловался он на то, что возвращавшиеся в иудейство мараны нисколько не наказываются; так, в 1459 году в Сеговии случайно выяснилось, что мараны молились в синагоге в день еврейского праздника Кущей. Только инквизиция, по мнению де Эспины, могла положить конец подобного рода преступлениям. О том, что вся Кастилия переполнена иудействующими еретиками и дети новообращенных подвергаются обряду обрезания, постоянно говорилось королю, и тот в конце концов согласился принять меры. 17 сентября 1467 года в Льерене были привлечены к суду два новохристианина — Гарсия Фернандес Валенсия и Педро Франко де Вильяреал. Оба сознались в совершении еврейских религиозных ритуалов и были сожжены живыми; скомпрометированные при этом две женщины были приговорены к менее тяжкому наказанию, а дом, в котором совершалась ересь, разрушили. Этими немногими жертвами, однако, все и ограничилось. Инквизиция как институт введена не была.
Но идея ее не исчезла. Сразу после вступления Изабеллы и Фердинанда на кастильский престол к ним с предложением учредить в Кастилии инквизицию обратился папа Сикст IV.
Но сделано это было не вовремя, так как королевская чета, несмотря на свою религиозную лояльность, слишком дорожила своей независимостью и не желала, чтобы власть папы через посредство инквизиторов приобрела в Кастилии новую силу. Старания Рима на первых порах привели лишь к тому, что была создана комиссия из духовных лиц, дабы определить, насколько широко распространена в Севилье ересь иудействующих. Важную роль в этой комиссии играл ярый сторонник учреждения инквизиции настоятель доминиканского монастыря в Севилье Алонсо де Охеда.
В докладной записке, которую комиссия представила Фердинанду и Изабелле, утверждалось, что большая часть жителей Севильи охвачена ересью и при этом высокопоставленные лица не составляют исключения; ересь заразила, говорилось далее, не только Андалузию, но и Кастилию, и спасти страну от этой язвы может лишь инквизиция.
Действительно, новохристиане занимали в это время в государстве доминирующее положение. Два представителя семьи Кабальериа заседали в высшей королевской канцелярии, секретарями которой состояли Алмасан и Барачина, сыновья евреев. В Арагонии губернатором был Франсиско Гурреа, Луи Санчес — генеральным судьей, его брат Габриэль — генеральным казначеем, а Луи Гонсалес хранителем печати. Маран Мигель из Севильи служил секретарем министерства юстиции, а его заместителем был Мисер Хаиме де Луна. Алькальдом Памплоны был Мосен Луи Сантангел, генеральным викарием сарагосского епископства — Мисер Педро Монфор, кости которого были впоследствии сожжены, начальником кастильской счетной палаты — Гонсало Франко, епископом Корин — Хуан Малуэнда и т. д.
К выводам докладной записки присоединился духовник королевской четы Томас Торквемада, давно уже мечтавший об уничтожении еретиков в Испании. При таких обстоятельствах Фердинанд и Изабелла, уже достаточно укрепившие свою власть и не боявшиеся попасть в зависимость от церкви, обратились к Сиксту IV с просьбой издать буллу об учреждении в Испании инквизиции.
Для Сикста обращение королевской четы показалось неожиданным счастьем. Вскоре, однако, папе стало ясно, что инквизиция, об учреждении которой хлопочут Фердинанд и Изабелла, во многих отношениях отличается от той инквизиции, которая существовала в Средние века почти во всех государствах Европы и введение которой было так желательно римским первосвященникам. Кастильские монархи первым условием поставили, чтобы назначение инквизиторов зависело от светской власти. Второе — не менее важное — условие гласило, чтобы конфискованное у осужденных еретиков имущество переходило в собственность государственной казны. Таким образом, требование Фердинанда и Изабеллы сводилось к тому, чтобы за счет еретиков обогащалось государство и чтобы инквизиторы были орудием не папы, доминиканцев и францисканцев, а светской власти. Другими словами, чтобы инквизиция действовала по указанию не Рима, а Толедо. Условия эти казались тем тяжелее для Римской курии, что новохристиане были очень богаты, и на эту добычу папы давно уже обращали свои взоры. Но папа Сикст IV вынужден был, однако, уступить, и долгие переговоры между Кастилией и Римом закончились торжеством светской власти, закрепленным буллой 1 ноября 1478 года. В противоположность булле Николая V эта булла не предоставляла инквизиторам права обвинять епископов в ереси; по отношению к ним оставалось в силе решение папы Бонифация III, гласившее, что епископы должны отвечать только перед судом самого папы.