Заслуживает внимания история, происшедшая в это десятилетие с Хуаном Лойолой — родственником Игнатия Лойолы, основателя иезуитского ордена. Хуан, занимавший в Лиме высокое положение, в 1743 году был арестован по доносу негра-раба. Трибунал после долгих проволочек установил, что донос стал результатом заговора, составленного рабами, однако, даже арестовав четырех лжесвидетелей, продолжал держать Лойолу в заточении, где тот и умер 27 декабря 1745 года. Семья узнала о его смерти только на аутодафе 19 октября 1749 года, когда лжесвидетели были наказаны, и потребовала, чтобы ему были оказаны посмертные почести как истинному католику. Трибунал на это согласился, и изображение Хуана Лойолы с большой торжественностью под звуки музыки провезли по улицам на белой лошади. Супрема нашла подобный способ искупления ошибки инквизиторов совершенно излишним и сделала трибуналу выговор, прося впредь не выходить за пределы обычных процедур.
В 1646 году, когда Португалия вновь обрела независимость от Испании, перуанский вице-король маркиз Мансера по требованию инквизиционного трибунала приказал изгнать из Перу всех португальцев, число которых достигало 6000 человек. Но португальцы откупились, и Мансера разрешил им остаться в Перу (позже это поставили ему в вину). Быть может, эти деньги способствовали тому, что маранов, вышедших из Португалии, вообще перестали преследовать: по крайней мере в течение следующих двадцати лет никто из них не пострадал. И лишь в 1666 году был приговорен к отречению от иудейской ереси Леон Сиснерос, которого уличили в том, что он не покупал рыбы без чешуи и в субботу не посылал своих детей в школу. В дальнейшем случаи преследования иудействующих отмечаются в Перу все реже, а в XVIII веке и вовсе выходят из практики.
Любопытно, что не только родственник Игнатия Лойолы, но и он сам испытал гонения инквизиции. Когда слава о его проповедях распространилась по Испании, инквизиция, как это часто бывало в отношении проповедников, распорядилась навести о нем справки. Вскоре с одной женщиной во время речи Лойолы произошел припадок, и этого оказалось достаточно, чтобы обвинить Лойолу в иллюминатстве; в 1527 году он был заключен в тюрьму, где провел полтора месяца. Согласно приговору трибунала, отныне ему разрешалось проповедовать лишь по особому позволению епископа. Это заставило Лойолу покинуть Испанию и переехать в Париж.
Нельзя сказать, что инцидент с Лойолой был вызван лишь недоразумением. Инквизиция и впоследствии находила духовные упражнения, предлагавшиеся Лойолой (именно так — на латыни «Exercitia Spiritualia» — названо его главное сочинение), опасными и составляющими как бы первую ступень к учению мистиков. Недаром Мельчор Кано отказывался делать различие между иезуитами и иллюминатами, а инквизитор Монтойа, исследовавший в 1575 году иллюминатское движение и представивший Супреме соответствующий доклад, говорил, что иезуиты и иллюминаты проповедуют одно и то же и одинаково достойны наказания. Близкий к Монтойе доминиканец Алонсо де ла Фуэнте вздумал преследовать португальских иезуитов и с этой целью отправил духовной власти Португалии обширный мемориал, в котором указывал, что иезуиты такие же еретики, как иллюминаты, и что необходимо принять энергичные меры как против первых, так и против вторых. Но в Португалии в это время иезуиты находились у власти, и кардинал Энрике, португальский великий инквизитор и будущий король, отослал мемориал Алонсо испанской инквизиции, требуя покарать дерзкого монаха. Ввиду предстоящего в близком будущем присоединения Португалии к Испании Супрема весьма дорожила добрым расположением Энрике; поэтому монаху сделали выговор и отправили его в монастырь. Энрике не удовлетворился этим и потребовал либо выдать ему Алонсо, либо отдать это дело на рассмотрение в Рим. Возникшее недоразумение грозило серьезной ссорой между португальской и испанской инквизициями, но тут Алонсо очень вовремя умер, и конфликт удалось замять.