Вслед за этим последовал некоторый всплеск активности инквизиции. Отчасти это было связано с тем, что она получила мощную поддержку от вернувшихся в 1798 году в Испанию после изгнания иезуитов. В это время было возбуждено несколько дел против лиц, занимающих видное общественное положение. Как правило, их обвиняли в сочувствии идеям нидерландского епископа Янсения. У иезуитов были свои счеты с янсенизмом — в свое время они опасались, как бы янсенисты не отбили у них педагогической и исповедальной практики, и поэтому приложили руку к тому, чтобы это учение было признано еретическим, а позже делали все, чтобы добить врага. Их стараниями в янсенизме были обвинены графиня Мантихо, епископы Саламанки, Куэнки и Мурсии, мадридские каноники Родригальварес и Посадас. Однако налагаемые инквизицией наказания не носили прежнего сурового характера; жестокие приговоры произносились очень редко, а сожжение как живых людей, так и их изображений прекратилось еще в середине 80-х годов XVIII века. Чувство самосохранения заставляло инквизицию считаться с общественным мнением, которое крайне негативно стало воспринимать строгие наказания по обвинениям в политических преступлениях и религиозной ереси.
Это же чувство способствовало тому, что инквизиция сделалась готовой в любой момент принять сторону сильного. Показательно, что, когда Испания, по сути, оказалась во власти Наполеона, инквизиция одобряла все его действия и вносила свой вклад в подавление народного недовольства. 2 мая 1808 года в Мадриде вспыхнуло восстание против вошедших в город французских войск, которым командовал маршал Мюрат. Оно было жестоко подавлено: в течение нескольких часов были убиты 185 человек. Супрема отреагировала на эти события, заявив, что «чернь произвела скандальный бунт... против офицеров и солдат дружественной нации, которые никого не обижали и до сих пор давали прекрасные доказательства порядка и дисциплины». При этом она призвала инквизиционные трибуналы взять на себя обязанность всячески помогать установлению в стране спокойствия и порядка, то есть всеми средствами помогать оккупантам. Старший член Супремы Раймундо Этенард-и-Салинас (место великого инквизитора было в 1808—1814 годах вакантно) явился в Байонну, где его милостиво принял старший брат Наполеона — Жозеф, который через несколько дней под именем Иосифа I Наполеона стал испанским королем. Жозеф явно давал понять, что рассчитывает на поддержку инквизиции в своем правлении. Наполеон также заигрывал с инквизицией; во всяком случае, он не хотел превратить ее в противницу. Этим объясняется, что в выработанном Наполеоном проекте конституции для Испании католическая религия была объявлена государственной религией; инквизиция в нем не упоминалась, но при этом должна была сохранить свои старые привилегии, сделавшись, однако, учреждением, которое полностью подчинено государству. В том, что все отныне будет именно так, а не иначе, инквизиция имела случай убедиться еще до торжественного вступления в Мадрид Иосифа, которое состоялось 20 июля 1808 года. Ей вздумалось преследовать аббата Марчену, бежавшего в начале Великой французской революции во Францию и вернувшегося в качестве секретаря Мюрата. Но едва он был арестован инквизиционным трибуналом, как Мюрат отдал приказ освободить его силой, и Супреме пришлось с этим смириться.
А коль скоро Наполеон видел в инквизиции государственное учреждение, то она, как все учреждения, могла быть ликвидирована при изменении обстановки в государстве, что и произошло уже 4 декабря 1808 года. Дело в том, что, едва прибыв в Мадрид, король Иосиф вместе со своими приверженцами под давлением восставших испанцев вынужден был его покинуть. Тогда Наполеон решил лично навести порядок в Испании. В ноябре он дважды разбил повстанцев, а 4 декабря ему сдался Мадрид. «Нынешнее поколение, — заявил Наполеон при вступлении в город, — может питать различные убеждения, но внуки ваши будут праздновать день, в который я явился среди вас, и назовут его эрой счастья Испании». Тут же было издано множество указов, и один из них упразднял инквизицию, которая при этом была названа «противоречащим суверенитету и светской власти учреждением»; имущество ее было конфисковано в пользу казны.
Ситуация в самой инквизиции была к этому моменту ненормальной. Великий инквизитор Арсе-и-Рейносо еще в марте 1808 года сложил с себя обязанности, но на его место никого не назначили, так как Рим в это время был уже занят французскими войсками и сообщение с папой Пием VII отсутствовало. При этом ввиду трудных обстоятельств, переживаемых страной, никто не хотел даже временно занять пост великого инквизитора, из-за чего в прежде могущественной организации начался полный разброд. Следует заметить, что руководители повстанцев, желавшие использовать инквизицию в своих интересах, предлагали назначить великим инквизитором епископа города Оренсе Кеведо, который пользовался в народе популярностью по причине отказа сотрудничать с Наполеоном. Осуществить это назначение они, судя по всему, просто не успели.