На вопрос, чем был вызван указ об отмене инквизиции 4 декабря 1808 года, попытался дать ответ Франсиско Риеско — бывший инквизитор, позднее ставший депутатом кортесов, собранных в Кадисе на излете французской оккупации. По его словам, Супрема заявила Наполеону при взятии Мадрида, что она даст присягу верности лишь такому монарху, который будет избран нацией на законном основании и при соблюдении требуемых законом формальностей. Это «столь справедливое и столь патриотическое» заявление привело Наполеона в такую ярость, что он немедленно приказал арестовать инквизиторов и отправить их в Байонну, а также изъять все бумаги, документы и архивы. Этот рассказ, однако, сильно противоречит тому, что делал и говорил в Байонне инквизитор Этенард-и-Салинас, и распоряжениям Супремы во время французской оккупации.
Представляется, что все обстояло иначе. Когда 30 июля Иосиф I Наполеон покинул Мадрид, инквизиция, преклоняющаяся перед любой силой, сразу поступила на службу к хунте, возглавлявшей повстанцев, и четыре месяца верой и правдой действовала на пользу национальной независимости. Этого было достаточно, чтобы Наполеон подписал ей смертный приговор.
Следует между тем заметить, что 4 декабря 1808 года инквизиция была отменена не на всей территории Испании, а только в тех областях, которые занимали французы. Хунта, перебравшаяся из Мадрида в Севилью, весьма лояльно относилась к инквизиции, и во многих городах продолжали действовать инквизиционные трибуналы. Когда французы овладели 1 февраля 1810 года Севильей, они нашли там трибунал с полностью укомплектованным штатом. В Валенсии деятельность трибунала прекратилась лишь в 1811 году, когда в город вступил французский генерал Сюше; в это же приблизительно время барселонский трибунал перенес свой центр в Тарагону, которой не угрожала опасность со стороны французов.
Само собой разумеется, что в дни величайшего кризиса, когда на карту был поставлен вопрос о самом существовании Испании, инквизиция не могла проявлять особой энергии в преследовании еретиков, и число ее жертв становилось тем меньше, чем дальше продвигались к югу французы. В 1808 году испанские трибуналы рассмотрели 67 дел, в 1809 году — 22, в 1810 году — 17, в 1811 году — 25, в 1812 году — 1 и в 1813 году — 6. Смягчению репрессий способствовало то, что трибуналы опасались безмерной суровостью вызвать против инквизиции народное недовольство. Всегда мстительная, инквизиция старалась теперь подавить в себе это чувство, как об этом свидетельствует случай, происшедший в 1809 году в Сантьяго. Когда французы овладели Сантьяго, профессор местного университета Фелипе Собрино Табоада, назначенный начальником местной полиции, издал эдикт, в котором упразднение инквизиции называлось спасительной мерой. Но вскоре французы из Сантьяго ушли, и Табоада был арестован инквизицией. Все наказание его, однако, ограничилось пятимесячным заключением и запрещением занимать посты на государственной и общественной службе, тогда как в прежние времена он вполне мог угодить на костер.
31 января 1810 года хунта повстанцев уступила место регентству. Его возглавил епископ Кеведо, которого совсем недавно прочили на должность великого инквизитора. Он и другие члены регентства видели пусть к спасению страны в восстановлении учреждений государства, сметенных бурей последнего десятилетия. Как только эта политика проявилась в полной мере, Этенард-и-Салинас обратился к Кеведо с просьбой распорядиться о созыве Супремы, фактически прекратившей свое существование в последние два года. Это было сделано, но рассеянные по всей стране члены Супремы не откликнулись на призыв. Вскоре, правда, сторонники устройства Испании в духе прежних времен испытали разочарование: большинством 68 голосов против 32 собранные в Кадисе так называемые «чрезвычайные кортесы» приняли 18 октября резолюцию о свободе печати в политических вопросах. В отношении книг религиозного характера за духовенством было сохранено право цензуры, но тем не менее именно этот день считается началом борьбы не только со старым режимом в целом, но и непосредственно с инквизицией.