Когда принималась резолюция, инквизитор и депутат Риеско предложил кортесам засвидетельствовать перед страной, что она нисколько не направлена против инквизиции, ведавшей до сих пор цензурой книги. Но его предложение большинством собрания было отклонено, и в этом отразилось отношение кортесов к деятельности инквизиции.
Супрема между тем продолжала бездействовать, хотя Этенард-и-Салинас прилагал колоссальные усилия, чтобы собрать кворум. В конце концов ему это удалось, но фактически Супрема ничем себя так и не проявила. В 1811 году в кортесах много говорилось об этом, причем одни депутаты резко нападали на инквизицию, называли ее учреждением, оскорбляющим человеческое достоинство, даже характеризовали как антирелигиозный институт и требовали ее уничтожения, а другие, наоборот, сожалели об отсутствии назначенного великого инквизитора и требовали восстановления деятельности инквизиции в прежнем виде. Одним из аргументов против избрания великого инквизитора, однако, служило неведение относительно того, была ли отставка Арсе-и-Рейносо, ревностного сторонника короля Иосифа I, принята в 1808 году папой; ведь могла возникнуть абсурдная ситуация, когда одновременно в разных частях Испании действуют два великих инквизитора.
Так и не придя к компромиссу, кортесы никаких конкретных решений по инквизиции не приняли, хотя продолжали спорить о ней даже после того, как одобрили конституцию, в которой, как и в конституции для Испании Наполеона, об инквизиции не упоминалось. Враждебные инквизиции депутаты шаг за шагом усиливали свои позиции, и становилось ясно, что дело идет к неблагоприятному для нее исходу. Сначала они провели постановление, согласно которому Супрема лишилась функции высшего судебного учреждения, а затем еще одно — о передаче на рассмотрение специальной комиссии всех законов на предмет выяснения, нет ли в них какого-либо несоответствия конституции государства.
Доклад этой комиссии об инквизиции был представлен кортесам 8 декабря 1812 года. В нем говорилось, что комиссия просила правительство предоставить в ее распоряжение все какие только возможно документы, воспользовалась помощью историков и изучила произведения испанских писателей, в которых говорится об инквизиции. Исследовав доступные ей материалы, комиссия пришла к выводу, что инквизиция несовместима с конституцией. Причин этому было названо множество. Главная же, по мнению комиссии, заключалась в том, что инквизиция сама создает законы, применяет их и контролирует их исполнение. Решения инквизиционных судов, даже самые несправедливые, не могут изменить ни епископы, ни архиепископы, ни даже сам папа, ни тем более гражданские власти. Ход следствия, который ведет инквизиция, не поддается никакому контролю со стороны. Составив протокол о преступлении, инквизиторы могут немедленно арестовать преступника, и даже к верховному совету инквизиции они обращаются только в случае, если внутри инквизиционного суда возникают разногласия. Арест сопровождается всегда секвестрацией имущества подозреваемого, и жене и детям оставляются самые скудные средства, которые едва ли могут обеспечить их пропитание. Подсудимые подвергаются одиночному заключению и лишены свиданий с родителями, женами, детьми, родными и друзьями. Защитники и духовники допускаются к ним только по особому разрешению инквизиционного суда, причем разговор подсудимых и защитников обязательно проходит в присутствии инквизиторов. Допрос производится очень тщательно, пытки пускаются в ход постоянно; при этом от подсудимых усиленно скрывается причина ареста и свидетели обвинения. Если же подсудимые раскаиваются в своих преступлениях или заблуждениях, их все равно покрывают позором — например, лишают права занимать доходные и гражданские должности, причем это наказание распространяется на их семьи.
Кортесы обязаны следить за исполнением законов в стране. Но как могут они контролировать деятельность инквизиторов, если те окружают ее глубокой тайной? Для обеспечения самостоятельности и политической свободы нации кортесы установили такую систему ответственности и гармонии власти, что все виды власти контролируют друг друга и несут ответственность за свои поступки. Только священная особа короля не считается ответственной, но зато ни один королевский приказ не считается действительным, если он не скреплен подписью ответственного секретаря. А перед кем ответственны инквизиторы? Жалобы в Рим запрещены, от общественного мнения действия инквизиторов скрыты, и каждое лицо, осуждающее инквизицию, объявляется отлученным от церкви. Таким образом, создается следующее положение: в Испании существуют суды, которые держат в своих руках свободу, честь и имущественное положение граждан, действуя при этом скрытым путем, и эти суды не ответственны ни перед какой властью; эти суды издают по своему усмотрению законы, не только не соответствующие, но даже противоречащие законам государства. Разве можно считать свободным и независимым народ, подвластный подобным судьям?