Доклад комиссии произвел на кортесы огромное впечатление; противники инквизиции считали свое дело выигранным. Противоположная сторона, однако, не сложила оружия. Не надеясь на свои силы в кортесах, она повела в стране энергичную агитацию, и когда 4 января 1813 года открылись прения по докладу, кортесы были завалены многочисленными петициями, докладными записками, протестами, мемориалами и прошениями о сохранении инквизиции. Среди протестовавших против предполагаемой ее отмены были два архиепископа, 24 епископа, советы провинций Галисии и Алавы, нескольких крупных городов, а также представители высшей знати и некоторые высокопоставленные военные. Сами прения проходили в том же ключе: бывшие в меньшинстве сторонники инквизиции заявляли протест за протестом и требовали хотя бы отложить решение вопроса, пока не выскажутся все провинции, в том числе и заморские. Они надеялись, что за это время что-то поменяется в государстве и вопрос отпадет сам собой.
Чтобы выиграть время и еще более запутать прения, консервативные депутаты даже готовы были согласиться с несоответствием инквизиции принятой недавно конституции, но при этом втягивали собрание в бесконечные дискуссии, имеют ли кортесы вообще право самостоятельно изменять «национальное учреждение, вызванное к жизни двумя сторонами, королем и св. отцом», доказывая, что для этого необходимо также согласие Римской курии. С обеих сторон выступали выдающиеся ораторы. «Причиненный инквизицией государству и церкви вред не подается определению, — говорил либеральный депутат духовного звания Руис Падрон. — Инквизиция не заботилась о просвещении народа, не распространяла среди него истинных начал религии; наоборот, она стремилась лишь к ухудшению его положения, к умственному и нравственному его порабощению. Она преследовала печать, сеяла предрассудки, распространяла ложь; вот почему разум, справедливость и народное право, объединенные мучительно долгим периодом ужасных преследований, обращаются к трону с мольбой принять их под свою высокую руку. С другой стороны, кровь многочисленных невинных людей, сделавшихся жертвами клеветы, вероломства, фанатизма и корысти, вопиет о мести, как некогда ее требовала кровь Авеля. Из глубины гробов невинных поднимается величественный и властный голос, требуя справедливости и протестуя против инквизиции, несовместимой с правами человека. И если инквизиция по существу своему является кровавым учреждением, то я осмелюсь сказать, что и матерь церковь должна требовать ее полного и окончательного уничтожения. Ведь если Давиду не было дано построить храм Иерусалима, потому что этот царь защищал народ Божий с мечом в руках, то как может в лоне церкви существовать инквизиция, посылающая людей на костер?» В ответ инквизитор Риеско произнес дифирамб инквизиции, продолжавшийся почти два заседания. Это переполнило чашу терпения собравшихся, и 22 января председатель кортесов поставил на голосование предложение о прекращении дальнейших дебатов ввиду того, что собрание уже выяснило сущность вопроса. В тот же день прошло поименное голосование — 90 голосами против 60 кортесы признали, что инквизиция несовместима с конституцией 1812 года.
5 февраля был принят эдикт об отмене инквизиции; его сопровождал обращенный к народу манифест. «Ужас инквизиции, — говорилось в манифесте, — заключается не в ее темных и сырых тюрьмах и не в ее страшных кострах. К этим средствам некогда прибегали во многих государствах, и Англия, Германия и Франция также жгли и преследовали еретиков. Ужас испанской инквизиции в том, что она составляет единое, прекрасно организованное, хорошо дисциплинированное, всемогущее и ничему не повинующееся учреждение, действующее путем отлучения от церкви и пыток там, где она это находит необходимым. Ужас инквизиции в том, что она заглушает всякую мысль, всякое движение вперед, убивает всякое проявление творчества, порабощает общество и низводит человека на степень животного. Она — вечно неизменная — вступила в страшное единоборство с всегда мятущимся, ищущим все нового и нового и никогда не удовлетворяющимся человеческим духом». Эдикт и манифест должны были, начиная с 7 марта, три воскресенья подряд читаться в церквах и муниципалитетах.