Накануне 7 марта состоялось специальное собрание духовенства, на котором было решено предложить правительству отложить приведение эдикта в исполнение. Вслед за этим папский нунций архиепископ Педро Гравина отправил регентству послание, в котором заявил, что отмена инквизиции светской властью противоречит примату святого престола, а потому регентство должно побудить кортесы отсрочить публикацию эдикта до тех пор, пока отмену инквизиции не одобрит папа. Одновременно Гравина написал епископу Хаэна и капитулам Гранады и Малаги конфиденциальные письма, предложив им примкнуть к кадисскому капитулу и вообще всячески бороться против нечестивых законов, издаваемых кортесами. По-видимому, все это происходило не без предварительного согласия регентства, мало сочувствовавшего деятельности кортесов и находившегося на стороне защитников инквизиции.
Собственно, кортесы давно подозревали регентство в тайных интригах против конституции, и уж точно между исполнительной и законодательной властью не существовало единства. Кортесы недоверчиво воспринимали каждый шаг исполнительной власти, и регентство давало к тому немало оснований — например, оно изо всех сил мешало проведению в жизнь законов в отношении монастырей. Тем не менее кортесы были застигнуты врасплох, когда 6 марта стало известно, что регентство внезапно сменило губернатора Кадиса, который выступал на стороне кортесов, на своего ставленника. Чтение эдикта и манифеста на следующий день не состоялось, а еще через день министр юстиции переправил кортесам полученное регентством заявление капитула Кадиса о невозможности для духовенства подчиниться требованиям эдикта, что, в сущности, означало согласие регентства с этим документом. Оправившиеся от столбняка кортесы истолковали это как начало государственного переворота и потребовали заменить состав регентства, что и случилось, — обнаружив, что народ их не поддерживает, прежние его члены во избежание худшего сами подали в отставку.
В состав нового регентства вошли толедский архиепископ Луис де Бурбон, Педро Агар и Габриэль Сискар. Они потребовали, чтобы эдикт и манифест были на следующий день прочитаны во всех церквах Кадиса и других провинций, свободных от французов, и большинство духовенства, натолкнувшись на их твердую волю, в точности все исполнило. Но регентство не удовлетворилось этим запоздалым повиновением и тщательно расследовало поведение капитула в последние недели. Викарий и три члена капитула были обвинены в участии в изменническом заговоре и отправлены в тюрьму, а их имущество конфисковали. Папскому нунцию Гравине после обмена резкими письмами возвратили верительные грамоты и предложили покинуть Испанию; его имущество также было конфисковано. Гравина выбрал местом жительства Тавиру, небольшой городок на испано-португальской границе, где создал своего рода штаб по борьбе с кортесами.
Были, однако, и такие священники, которые отказывались читать в своих церквах направленные против инквизиции документы. Но энергия правительства, арестовавшего наиболее строптивых из них — в том числе, между прочим, епископа Овьедо, — заставила в конце концов покориться всех. Но победа эта далась реформаторам высокой ценой: с этого времени кортесы и регентство стали олицетворением насилия по отношению к представителям духовенства, которые, в свою очередь, сделались в глазах простых людей мучениками за веру.
В такой обстановке в сентябре 1813 года состоялись выборы новых кортесов. Они прошли под влиянием духовенства и оказались для сторонников конституции гораздо менее благоприятны, нежели выборы 1810 года. Правда, и в новых кортесах они были в большинстве, но только потому, что одни депутаты побоялись прибыть в Кадис из-за разразившейся эпидемии чумы, а другие вообще не желали ехать на крайний юг страны, требуя перенесения кортесов в освобожденный от французов Мадрид.
Реформаторы не хотели покидать Кадис, центр просвещения и либерализма, не без основания опасаясь переноса кортесов в оплот консерватизма Кастилию. Однако под давлением общественного мнения они вынуждены были 15 января 1814 года согласиться с переездом в столицу, тем более что еще 5 января туда перебралось регентство. Испания быстро очищалась от французов, и все ждали прибытия в Мадрид короля, долгое время находившегося в плену.