Арестованные в день государственного переворота политические деятели — всего 52 человека — провели в тюрьме более полутора лет. Когда они предстали перед судом, трибунал не нашел в их деяниях ничего преступного, если не считать голосования и выступлений в пользу конституции 1812 года. Но такое обвинение могло быть предъявлено почти всем депутатам кортесов, даже многим из тех, кто принимал активное участие в разгоне кортесов. Поэтому суд оправдал всех заключенных, но король собственной властью распорядился 17 декабря 1815 года отправить их на каторгу, в отдаленные тюрьмы и монастыри. Еще тяжелее была судьба депутатов духовного звания, так как в их поведении помимо политического преступления усматривалось еще и преступление против церкви. Епископа Муньоса Тореро долго пытали и продержали в тюрьме до самой смерти в 1829 году. Иоакин Лоренсо Вильянуэва провел в монастырском заключении шесть лет. Руис Падрон был приговорен астурийским епископом к вечному заключению в монастыре, и среди предъявленных ему обвинений фигурировало произнесение речи против инквизиции в кортесах. Во избежание апелляции на этот приговор епископ передал дело в вальядолидский инквизиционный трибунал, и лишь через четыре года Падрону, к тому времени дряхлому старцу, удалось выйти на свободу.
Еще до вступления Фердинанда в Мадрид инквизиция стала организовывать народные манифестации, на которых раздавались требования восстановить инквизиционные трибуналы. В Севилье инквизиция возобновила свою деятельность, никого не спрашивая, 7 мая 1814 года. Во многих церквах, богато украшенных по этому поводу, прошли торжественные богослужения, и бывший служитель трибунала Хуан Гарсиа де Негра, сохранивший старое знамя инквизиции, водрузил его на башне замка района Триана. Пример севильского трибунала оказался заразительным, и многие другие трибуналы стали готовиться к возобновлению своей деятельности, но тут выяснилось, что далеко не везде это возможно, так как не существует ни Супремы, ни великого инквизитора, которые могли бы назначить недостающих служителей. Валенсийский капитул, а за ним отдельные епископы, бывшие инквизиторы, монахи, городские и сельские советы обратились к Фердинанду с просьбой официально восстановить инквизицию, без которой религии угрожает большая опасность. И Фердинанд, хотя формально без Римской курии не имел на это права, издал 21 июля 1814 года соответствующий эдикт.
В эдикте, в частности, говорилось:
«Из всех христианских королей одни лишь испанские монархи носят славный титул католических, потому что они никогда не допускали в своем государстве иной религии помимо католической, апостолической, римской; этот великий титул служит для меня особым стимулом, побуждающим меня употребить все средства, данные мне Господом Богом, чтобы заслуженно носить звание католического короля. Недавние беспорядки, шестилетняя война, истощившая все мои провинции, столь же продолжительное пребывание в них иностранных солдат, принадлежавших к различным сектам и почти поголовно относившихся враждебно к католической религии, беспорядок, являющийся неизбежным результатом подобных несчастий, безучастное отношение к религии в течение всего этого времени — все это в сильной степени способствовало разнузданности страстей, дало возможность скверным людям жить так, как им хотелось, и вызвало появление в Испании испорченных и отвратительных взглядов, которые распространены в других государствах.
Желая избавить мою страну от этих ужасных зол и сохранить для нее в чистоте святую религию Иисуса Христа, которую так любит мой народ и которая давала ему столь счастливую жизнь; желая также исполнить долг, который основные законы государства возлагают на монарха и которому я поклялся служить верно; понимая, что сохранение религии есть лучшее средство спасти народ от междоусобных неурядиц и обеспечить ему мир и спокойствие, я решил, что при настоящих обстоятельствах крайне важно восстановить святой трибунал и дать ему возможность действовать в том объеме, в каком он действовал ранее. Мною было получено много адресов от ученых и добродетельных прелатов, от корпораций и частных лиц, занимающих высокое положение; все они без исключения заявляют, что Испания обязана инквизиционному трибуналу тем, что в XVI веке не была заражена злом, которое причинило столько несчастий другим европейским государствам... Все согласны также с тем, что главнейшим средством, к которому прибег притеснитель Европы, чтобы сеять семена продажности, испорченности и беспорядка, было разрушение этого трибунала под лживым предлогом, будто прогресс и культура не совместимы с его дальнейшей деятельностью. Так называемые общие и чрезвычайные кортесы руководствовались теми же мотивами, что и чужеземный притеснитель, когда они отменили этот трибунал к крайнему огорчению народа...