Уступая воле и желанию народа, который из любви к вере своих отцов сам восстановил некоторые трибуналы, я решил восстановить Супрему и желаю, чтобы она организовалась в том виде, в каком она существовала в 1808 году. Необходимо, чтобы Супрема, как только соберется, избрала из своей среды двух членов, которые вместе с двумя членами государственного совета составят хунту для рассмотрения вопроса о том, каковы в настоящее время методы и принципы деятельности инквизиции; если хунта найдет, что в этом отношении нужны какие-либо реформы, то пусть доложит об этом королю».
Хунта эта действительно состоялась, но она, по-видимому, не нашла необходимым что-либо изменить: по крайней мере она функционировала еще в 1816 году, не представив никаких докладов королю. Еще до избрания этой хунты, согласно королевскому эдикту, инквизиция организовалась в своей старой форме. В августе 1814 года великим инквизитором был назначен епископ Альмерии Франсиско Миэре-и-Кампильо, и тогда же были заняты вакантные места в Супреме.
8 августа Супрема разослала инквизиционным трибуналам извещение о том, что она вступила в исполнение своих обязанностей в прежнем объеме. От трибуналов требовалось немедленно начать свою деятельность и для этого как можно скорее сформировать свои штаты. Списки с именами служителей необходимо было представить Супреме, причем о каждом служителе следовало дать подробные сведения с указанием того, что делал он во время французской оккупации и правления кортесов; особенный интерес для Супремы представляло то, выступали ли служители с либеральными речами и не нападали ли на прежнюю деятельность инквизиции. Скомпрометированные лица должны были быть из списков удалены за безверие и бесчестие.
7 апреля 1815 года Супрема издала новый циркуляр, в силу которого в категорию подлежащих увольнению попали и те инквизиционные служители, которые поздравляли кортесы с принятием конституции. Так, было рассмотрено дело служителя мадридского трибунала Паломино-и-Лосано, который в 1812 году подписал приветствие кортесам. Паломино-и-Лосано стал доказывать, что он сделал это по принуждению и из боязни за свою жизнь. Видимо, Супрема удовлетворилась этим ответом, так как он остался на службе. В Лиме под колпак Супремы попал служивший при инквизиционном трибунале монах Рекалде. Он объяснял, что подписал представленный университетом Лимы благодарственный адрес кортесам, не читая и не зная, что в нем сказано, как он это часто делал, когда ему приходилось подписывать большое число бумаг. Обо всем этом лимский трибунал доложил Супреме; дальнейшее нам неизвестно, так как сведений о том, что ответила Супрема и вообще был ли Рекалде удален со своего места или остался на службе, в архивах не сохранилось.
Само собой разумеется, что для действенного функционирования трибуналов недостаточно было формального восстановления инквизиции. Нужно было позаботиться и о материальной стороне. Эдиктом об отмене инквизиции в собственность государства было передано все ее имущество, как движимое, так и недвижимое, и теперь трибуналы вынуждены были снимать дома, в которых можно было бы заседать и производить суд, строить новые тюрьмы и т.д. Средств для этого у них не было, и неудивительно, что тотчас после опубликования эдикта от 21 июля к Фердинанду посыпались просьбы вернуть трибуналам отнятое у них имущество. 18 августа 1814 года последовал еще один эдикт, которым вся недвижимость, перешедшая от инквизиции к государству, возвращалась обратно. Этим, однако, инквизиция не удовлетворилась, и 3 сентября Фердинанд VII издал новый эдикт, коим трибуналам возвращалась конфискованная у них собственность иного рода, в том числе ценные бумаги и предметы.
Но, по-видимому, этот эдикт короля не получил настоящего осуществления, так как Супрема неоднократно жаловалась на невозвращение отнятых у инквизиции денег и в конце концов попросила короля о выдаче ежемесячного пособия в размере 8000 реалов. Фердинанд отклонил эту просьбу, сославшись на критическое положение государственных финансов; в то же время он обещал оказывать инквизиции необходимую финансовую помощь в делах первостепенной важности.
Супрема между тем продолжала бить в одну точку и добилась того, что в январе 1815 года трибуналам были переданы сборы с конфискованных в пользу государства земель. Правда, вскоре она стала жаловаться, что это распоряжение не исполняется и инквизиции по-прежнему не хватает средств для удовлетворения самых насущных потребностей. 3 июля 1815 года Супрема заявила, что не в состоянии платить находящейся при ней прислуге и оплачивать официальную корреспонденцию; на это, впрочем, министерство финансов ответило, что, согласно особому эдикту от 1799 года, Супрема уже пользуется льготами при отправке почты, и переписка, например, великого инквизитора давно уже не облагается никаким сбором.