При таких обстоятельствах деятельность севильского трибунала, как легко понять, должна была принять широкие размеры; со всех концов Испании к нему поступали доносы, свидетельствовавшие о большом распространении ереси и доказывавшие необходимость введения инквизиции и в других частях государства. Однако возможное расширение поля деятельности инквизиции вызвало недовольство со стороны лица, от которого меньше всего можно было ожидать какого-либо протеста на этот счет. Речь идет о папе Сиксте IV. Видя, что обогащается королевская казна, а Римская курия не получает никаких выгод, он всячески стремился под тем или иным предлогом отменить действие буллы 1 ноября 1478 года.
29 января 1482 года папа обратился к Фердинанду и Изабелле с буллой, в которой порицал деяния севильского трибунала, заключающего в тюрьму ни в чем не повинных людей, подвергающего ужасным пыткам мнимых еретиков и конфискующего имущество лиц по одному лишь недобросовестному доносу. Папа заявил, что необдуманно издал буллу о введении инквизиции и хотел бы сместить инквизиторов Мигеля де Морильо и Хуана Сан-Мартина, однако не делает этого из уважения к королевской чете, но предупреждает, что в случае новых жалоб на инквизиторов он поступит с ними согласно закону. При этом папа отказал Фердинанду в его просьбе устроить экстраординарные инквизиционные трибуналы в других частях Испании.